介绍
什么是序列？
聚合物中氨基酸或DNA或RNA核苷酸的特定顺序称为其序列。在PDB档案中，氨基酸或核苷酸通常用FASTA格式的一个字母代码表示。
这里显示了哪些序列？
所有实体的蛋白质和核酸序列显示在“序列”选项卡中。外部序列数据库中的参考序列与可用的聚合物实体序列一起显示。此外，来自不同来源（PDB、UniProt和各种生物信息学资源）的各种结构和功能注释也标记在该图形显示中。
为什么要探索序列？
查看序列显示可以快速评估PDB条目的聚合物序列与参考序列（例如UniProt序列）的关系。此显示可用于回答许多问题，例如
- PDB入口中的聚合物是完整的蛋白质，只有一个或两个结构域，还是仅仅是从蛋白质中提取的短肽？
- PDB中的聚合物有任何突变吗？
- 突变是否发生在重要的功能位点（例如酶或金属结合位点中的催化残基）？
- 结构中是否有建模不良或坐标缺失的部分？
文档
界面
序列选项卡显示PDB聚合物和参考序列以及各种注释：
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| 图1:PDB条目7lad的细胞色素P450蛋白序列视图。金属结合氨基酸的位置用红色和蓝色圆圈表示。红色椭圆突出显示的超链接打开所选氨基酸或序列特征的3D视图。 |
- 显示屏的第一行列出了PDB条目中蛋白质的序列。
- 第二行显示紫色矩形中的参考序列，例如UniProt。
- 直接从PDB导出的数据或根据PDB数据计算的数据在显示屏左侧用蓝线标记。
- 从各种生物信息学资源中集成的注释在显示屏左侧用橙色线标记。
- 显示器是交互式的，因此您可以放大和缩小以检查序列。
- 点击任何残留物或序列特征以黄色突出显示，以便于分析。
- 通过单击“在3D中浏览序列注释”超链接（用红色框标记），也可以在3D中显示选定的残留物/特征。
- 学习有关使用的约定的更多信息用于显示序列和注释。
了解结构
交互式序列显示提供了结构中存在的蛋白质和核酸聚合物的快速摘要。它们有助于整合各种资源中的信息，并以易于访问的格式将其映射到结构上。浏览本页可以了解聚合物的结构和功能-活性位点、结合位点等的位置；亲水区域和疏水区域位于何处；突变（如有）出现的位置；还有更多。
根据所显示的聚合物及其可用信息的数量，序列视图页面可能非常长且复杂。请参阅一个例子在这里。
探索其他结构
Sequence Summary（序列摘要）页面主要用于从各种数据资源中集成有关所研究聚合物的各个方面的信息。但是，在显示UniProt序列的行中，序列的UniProt ID包含在超链接中。点击该按钮（参见蓝色箭头）可以打开一个页面，显示PDB中映射到UniProt序列全部或部分的聚合物链实例。
另请参见结构摘要页面（UniProt映射的资源）以获得访问此信息的另一种方式。
