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结构预测

结构预测软件

软件

阿尔法折叠2 AlphaFold的开放源代码
罗斯塔福尔德 一种基于有限信息，利用深度学习快速准确预测蛋白质结构的软件工具。
OpenFold（打开折叠） AlphaFold 2的PyTorch复制版具有可训练性、内存利用率高、GPU友好
欧米茄折叠 OmegaFold释放代码
螺旋折叠 使用PaddlePaddle实现AlphaFold 2的高效改进
螺旋折叠单 基于单序列语言模型的预测网络
ESM折叠 进化尺度建模（esm）：蛋白质的预训练语言模型

Web服务器

ColabFold公司 使用MMseqs2的AlphaFold2
I-TASSER公司 （迭代线程装配优化）是一种用于蛋白质结构预测和基于结构的功能注释的分层方法

预计算模型数据库

AlphaFold蛋白质结构数据库 AlphaFold是由DeepMind公司根据氨基酸序列预测蛋白质的3D结构
模型存档 大分子结构理论模型库
ModBase（ModBase） 比较蛋白质结构模型数据库
SWISS-MODEL存储库 注释蛋白质结构同源模型数据库

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上次更新时间：2022年9月8日