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分子图形软件

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BioViz工作室 Dark Star Systems的BioViz Studio是一个基于网络的工具，可以帮助科学家创建蛋白质和其他分子的美丽视频短片。它简单快捷；新用户可以在20分钟内从头开始创建视频。它包括专业设计的背景和电影摄影机动作。最终渲染是在云中使用Blender自动完成的，不需要图形体验。
CCP4毫克 创建精美的出版物质量图像和电影。用户还可以叠加和分析结构。该程序在Linux、MacOSX和Windows平台上“开箱即用”。
奇梅拉 交互式分子建模系统，用于分析和显示分子结构和相关数据的图形，包括密度图、序列比对、轨迹和对接结果；非商业用途免费，适用于Windows、Linux和Mac OS X。
奇美拉（ChimeraX） 下一代交互式分子建模系统，用于分析和显示分子结构和相关数据的图形，包括密度图、序列比对、轨迹和对接结果；优点包括环境隔离照明、大数据高性能、Toolshed插件库、虚拟现实界面；非商业用途免费，适用于Windows、Linux和Mac OS X。
Cn3D公司 同时显示结构、序列和对齐，具有注释和对齐编辑功能，用于NCBI Entrez中的三维结构；适用于Windows、Macintosh和Unix
CrystalMaker公司 用于构建、显示和操作各种晶体和分子结构的程序。
ePMV公司 嵌入式Python分子查看器（ePMV）是一个开源插件，直接在专业3D动画应用程序中运行分子建模软件
EzMol公司 这是一个简单易用的基于web的分子可视化工具，专为偶尔使用的用户设计，可与大多数常见浏览器协同工作，因此无需任何安装或许可。最终的可视化模型可以下载以供发布或保存以供后续使用。
蛋白质折叠 Foldit是一款基于蛋白质建模的众包电脑游戏。
ICM-浏览器 软件（免费下载），用于浏览分子和制作完全交互式的3D分子文档，以便使用ActiveICM嵌入PowerPoint和Web。
IcmJS公司 免费JavaScript/HTML5 3D分子查看器，不需要任何插件或浏览器扩展，可在任何现代浏览器中运行。IcmJS为web应用程序带来了桌面质量的图形。
iMol公司 打开GL图形程序显示小分子、大分子和多分子；测量距离和角度，叠加结构，计算原子坐标之间的RMSD，在结构上对齐链，并显示动力学轨迹。适用于Mac OS X，包括10.2
iMolview公司 一款适用于iPhone/iPad和Android的应用程序，可以让你以3D方式浏览蛋白质、DNA和药物分子。该应用程序与蛋白质数据库（PDB）和DrugBank有直接链接，并具有快速易用的界面。
焦耳（Jmol） Jmol是一个免费的开源分子查看器，面向学生、教育工作者和化学和生物化学研究人员。它是跨平台的，运行在Windows、Mac OS X和Linux/Unix系统上。
法师和动态图像 用于研究和教育的交互式分子显示器。Windows和Mac（OSX或PPC）、Unix和Linux的免费开源软件。Java版本无需插件即可进行三维Web显示。
马文 Marvin是一个工具集合，用于绘制、显示和描述所有操作系统、网页和自定义应用程序的化学结构、查询、高分子和反应。
膜编辑器 交互式生成具有不同脂质成分和半自动蛋白质放置的异种PDB基膜。支持膜贴片和囊泡、微结构域以及单层和/或双层膜的堆叠。
MOE（分子操作环境） 可以在分子操作环境（Molecular Operating Environment，MOE）中生成出版物质量的图形，该环境还提供了一系列分析和显示分子级系统的创新方法。MOE还包含蛋白质和小分子建模以及药物发现方面的广泛最新应用。Windows、Linux和Mac操作系统支持MOE。
分子世界 Molecule World 2.1是一款iPad应用程序，用于查看和操作3D化学和分子结构。结构可以从PubChem、PDB和NCBI结构数据库以及蛋白质和核酸序列下载和显示。结构可以绘制为管、球和杆或空间填充模式。着色选项包括残留物、电荷、疏水性、彩虹和分子。可以使用混合着色和绘图模式隐藏或显示结构的部分。
分子世界DNA结合实验室 一款可用于课堂的iPad应用程序，用于探索化学物质和蛋白质与DNA的结合方式。DNA结合实验室使用Molecule World的渲染引擎和显示功能来突出显示不同的分子并了解它们是如何完好无损的。DNA结合实验室包括说明书、三个例子和40个可以分配给学生的未知数。照片共享功能允许学生与老师分享他们的工作，以帮助评估。
分子 用于PDB结构的iPhone应用程序
MolScript语言 用于以详细格式和示意图格式显示结构并以Unix的各种格式写入图像的程序
MolviZ.org网站 免费的交互式可视化教程
纳米 用于沉浸式分子设计、可视化和协作的虚拟现实界面。从数据库导入分子结构并将其导出为PDB/MMCIF格式。用手抓取、旋转或放大分子结构。与全球同事实时共享虚拟实验室。或者通过2D界面观看VR会话。
PDBWORDS公司 PDB条目中的Curated字母表。
个人可视化工具 iPad应用程序专为四种不同风格的PDB文件动态三维建模而设计。具有简单的界面，非常适合演示和教学。
PMV（Python分子查看器） 用于操作和查看多个分子的交互式分子可视化和建模环境。
POLYVIEW-2D公司 利用序列图谱进行蛋白质结构注释
POLYVIEW-3D公司 大分子结构的多功能注释和高质量可视化
POLYVIEW-MM公司 大分子运动的分析与可视化
普洛萨特 将蛋白质序列注释映射到蛋白质结构上，并将其与结构同时可视化。
蛋白质成像仪 一个免费的在线分子查看器，天生易于使用，但同时能够以多种不同的风格进行复杂的可视化，并与服务器端系统集成，以轻松生成公开质量的插图。蛋白质成像仪适用于分子可视化领域的初学者和专家。支持所有主要的web浏览器（及其移动版本）。
PyMOL公司 一个免费的开源分子图形系统，用于可视化、动画、编辑和出版质量的图像。PyMOL是可编写脚本的，可以使用Python语言进行扩展。支持Windows、Mac OSX、Unix和Linux
QTree树 QTree是一个使用四叉树算法生成CPK、Ball and Stick和蠕虫分子图片的程序。QTree提供了许多设施，包括通过残留物类型、原子类型、链、温度因子或残留物范围、旋转、背景着色、修改的照明模型和通过结构的板进行着色。提供了交互式帮助工具。QTree的一个独特功能是能够通过在一组残留物周围画一条线来突出显示它们。
QuteMol公司 一个开源（GPL）、交互式、高质量的分子可视化系统。QuteMol通过OpenGL着色器利用当前的GPU功能，提供一系列创新的视觉效果。
RasMol公司 在Mac（PPC）、Windows、Unix和Linux系统上运行的PDB坐标文件的免费查看系统。开放源代码版本
光栅3D 一套用于生成蛋白质或其他分子的高质量光栅图像的工具。Mac OSX、Windows、Unix和Linux的免费软件
RasTop（2.0版） RasMol分子可视化软件（v.2.7.2.1）的免费用户友好图形界面，适用于Windows和Linux
RCSB MBT观众 MBT工具包是一个允许创建各种查看器的框架。它用于RCSB PDB网站上的4个不同观众。
房间显示器II Tcl/Tk脚本负责将PDB文件或RasMol脚本重定向到多个RasMol会话；可以用作Web浏览器助手应用程序，也可以用作Mac（OSX或PPC）、Windows或Unix的独立程序
薛定谔产品套件 薛定谔的全部产品包括从通用分子建模程序到一套全面的药物设计软件，以及一套最先进的材料研究套件。所有产品都使用Maestro运行，这是所有Schrödinger软件的统一界面，适用于Mac、Windows和Linux。
铲刀 结构蛋白质组学应用开发环境（SPADE）为开发和部署基本结构和序列设备提供了社区工具。包括一个化学探测套件，用于支持预测结构模型的实验验证。用Python编写，并提供脚本工具。在Windows、Linux和Mac上运行。
束带 通过序列和3D结构对齐蛋白质。
瑞士PDB查看器 一个3D图形和分子建模程序，用于同时分析多个模型并将模型构建为电子密度图。该软件适用于Mac（OSX或PPC）、Windows、Linux或SGI
乌根 一个免费的开源工具，支持PDB格式的可视化，使用快速内存高效的C++代码编写。支持Windows、Mac OSX、Unix和Linux。
供应商管理部 VMD（Visual Molecular Dynamics）可以在许多平台上运行，包括MacOS X以及Unix和Windows的多个版本。VMD提供可视化、分析和Tcl/Python脚本功能，最近还添加了序列浏览和体积渲染功能。VMD是免费分发的。
WebMol公司 基于Java的蛋白质查看器和分析程序。
亚萨拉 一个完整的分子图形和建模程序，包括交互式分子动力学模拟、结构确定、分析和预测、对接、电影和适用于Windows、Linux和MacOSX的eLearning。
宙斯 支持PDB、MOL、MOL2/SYBYL和XYZ文件格式的分子可视化工具。渲染引擎可以输出高质量的分子图形。宙斯提供了一种可以在分子结构中突出显示的序列搜索。可以生成和导出内二面角的Ramachandran图。PDB文件可以从RSCB PDB自动下载。
ZMM公司 ZMM是一个分子建模程序，用于任何复杂系统的理论研究：小分子、肽、蛋白质、核酸和配体受体复合物。

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上次更新时间：2024年2月26日