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3D-DOCK套件
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包括-FTDock，用于在生物分子之间进行刚体对接；RPScore，使用一对电位屏蔽FTDock的输出；和MultiDock，执行多副本侧链优化 |
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3决策®
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一个基于web的协作平台，允许您以轻松有趣的方式执行高级结构分析。包括配体设计工具、大规模口袋相似性搜索和序列分析。 |
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鲍鱼
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鲍鱼，是一个通用的分子建模程序，专注于生物聚合物的动力学。 |
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琥珀色
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AMBER（能量精炼辅助建模）是一个分子动力学和能量最小化程序 |
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ANM公司
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ANM（各向异性网络模型）是一种简单的NMA工具，用于分析分子系统中的振动运动 |
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自动停靠
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一套自动对接工具，用于预测小分子（如底物或候选药物）如何与已知3D结构的受体结合 |
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查姆
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CHARMM（哈佛大学分子力学化学）是一个分子动力学和能量最小化程序 |
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深度追踪
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DeepTracer是一个自动预测工具，用于快速从头开始利用电子密度图预测高分子复合物结构 |
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FTDOCK公司
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生物分子刚性对接程序 |
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GNM公司
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GNM（高斯网络模型）：oGNM使用高斯网络模型（GNM）计算以PDB格式提交的任何结构的平衡动力学，该模型是用于表示生物分子的网络模型。 |
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GROMACS公司
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蛋白质、膜系统等的完整建模包，包括快速分子动力学、正常模式分析、基本动力学分析和许多轨迹分析实用程序 |
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GROMOS公司
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GROMOS是一个通用的分子动力学计算机模拟软件包，用于研究生物分子系统 |
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集成电路管理
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MolSoft ICM程序和模块的应用包括结构分析、建模、对接、同源建模和虚拟配体筛选 |
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回路
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蛋白质电势的线性优化。康奈尔理论中心序列和结构潜在优化和校准项目 |
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Macromoltek公司
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简化了分子模拟。抗体建模、侧链包装、重新编号和其他基于web的抗体开发计算工具可在易于使用的工作区中使用。Macromoltek还为需要更专业分析的客户提供咨询服务。 |
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MCCE公司
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Multi-Conformation Continuum Electrostatics软件：计算蛋白质残基的理论pKas，并基于PDB格式的结构提供pKas的调节因子 |
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膜编辑器
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交互式生成具有不同脂质成分和半自动蛋白质放置的异种PDB基膜。支持膜贴片和囊泡、微结构域以及单层和/或双层膜的堆叠。 |
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建模师
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蛋白质同源性自动建模程序 |
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MOIL公司
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公共领域分子建模软件 |
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NAMD公司
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一个面向对象的并行分子动力学仿真程序 |
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OpenContact（打开联系人）
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OpenContact是一个开源的PC软件工具，用于快速绘制给定蛋白质链或域之间能量主导的原子-原子相互作用。为用户提供了一个简单的GUI来执行映射，不需要了解底层程序。向用户输出的文件采用彩色图形、电子表格和文本文件的形式。 |
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包装与运动分析
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该软件包使用一种简单但信息丰富的特性，即蛋白质包装，重点研究分子结构及其动力学。 |
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亚萨拉
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一个完整的分子图形和建模程序，包括交互式分子动力学模拟、结构确定、分析和预测、对接、电影和适用于Windows、Linux和MacOSX的eLearning。 |
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ZMM公司
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内部坐标分子建模程序，用于任何复杂系统的理论研究：小分子、肽、蛋白质、核酸和配体受体复合物。ZMM在扭转角、键角、键长、自由分子和离子的位置以及自由分子的取向等空间中搜索最优结构。ZMM包括图形用户界面（MVM）。 |
