常见操作

当你想象一个结构时，你会做什么？

当可视化任何生物分子结构[实验结构或计算结构模型（CSM）]时，通常会执行以下五个操作：
1.查看整体形状和组成（使用Mol*的默认模式）
2.更改分子的全部或部分表示（使用Mol*的默认模式）
3.检查一个或多个残基或配体的邻域（使用默认模式Mol*）
4.选择要测量的分子的全部或部分、颜色、标签等（使用Mol*的选择模式）
5.自定义和保存视图（使用3D画布中垂直切换菜单中的选项）

这里描述了这些操作及其各种选项。

查看整体形状和组成

当生物分子3D结构加载到Mol*中时，以下内容有助于查看该结构的外观以及其中包含多少蛋白质、核酸、配体等。

在3D画布

这个鼠标控件可用于旋转、放大和查看3D画布中的整体形状
聚合物（蛋白质和核酸）显示在卡通图中，而小分子配体、辅因子、修饰残基等显示在球杆图中。
结构中的每个聚合物链（具有唯一的链标识符）都用不同的颜色着色，表示结构的组成（参见示例PDB ID 4hhb). 注意，在某些情况下，组件中的多条链可以根据晶体学对称性进行计算，在这种情况下，与对称性相关的链可能具有相同的颜色（参见示例PDB ID 9dna). 对称相关的聚合物链可以通过实例着色（而不是通过链ID），以不同的颜色着色。

在“序列”面板

该结构的所有内容都可以在这里识别，包括聚合物、非聚合物、水、离子等

在“组件”面板控制面板的部分

从结构中不同组件的各种预设和默认视图中进行选择。使用这些来了解有关所查看结构的形状和组成的更多信息
在大型复杂结构中，通过单击旁边的眼睛图标暂时隐藏一个或几个组件可能有助于清晰地看到不同的组件。

更改表达方式

在组件控制面板的面板部分

对于已经存在的感兴趣组件或正在创建的新组件，单击“添加表示”选项将表示更改为卡通、球和棒、空格填充等。。

使用选择选项（通过单击“切换”菜单中的箭头打开）

选择感兴趣的原子、残基、配体、聚合物链，并创建具有所需表示形式的组件。

检查附近

分析特定残基或配体的位置、方向和相互作用需要（a）选择它；（b）显示它及其邻近的残基/配体，（c）显示其邻近的共价和非共价相互作用。

对于特定残留物（氨基酸/核苷酸）或配体-单击3D画布或序列面板中的残基/配体（在Mol*默认模式下），放大并查看其附近的残基和相互作用。学习关于这个选项的更多信息，请关注残基/配体.
对于感兴趣的特定配体-在结构的结构摘要页面中，单击小分子查看配体及其结构中的邻域。
对于一组残基或配体-使用适当的方法选择感兴趣的残基/配体选择逻辑。要显示所选内容附近的残基/配体，请激活选择模式然后单击添加/合并选择选项。从打开的下拉菜单中的可用选项中选择操纵选择，然后选择的周围残留物（5Å）或此处提供的其他选项。通过此选择，应创建2个组分-一个以球状和棒状表示显示选定的残基/配体，另一个显示此选择中的非共价相互作用。学习关于组件逻辑的更多信息.

图1：选择邻近的残基、原子、配体等的选项。

选择要测量的全部或部分分子、颜色、标签等。

查看、隐藏和更改一个或多个组分的表示可以更好地了解所研究分子的形状和相互作用。

选择被可视化的分子的全部或部分是各种功能的第一步。这将需要激活选择模式摩尔*的。学习关于选择逻辑的更多信息.

使用这些选项，您可以选择原子、残基或配体、聚合物链、特定实体的所有实例等。可以对选择应用各种操作，并在此处进行描述。

显示或隐藏

一旦选择了原子、残基、链，就有两个选项可用——在选择仍处于活动状态时提供特定的指令，或者为其创建一个组件，以便稍后提供指令。

当所选内容在3D画布和序列面板中显示为绿色光环时，单击选择模式菜单以将其隐藏起来，使其不显示在3D画布上。
如果组件已创建可以通过单击“组件”面板中它旁边的眼睛图标来查看或隐藏它。可以创建组件的特定表示来满足探索的需要，例如，查看分子表面、卡通、球和棒或其他表示。

颜色

有三种使用Mol*给结构上色的方法。

A.使用选择模式

当寻求将自定义颜色应用于结构时，此方法是最好的。

选择要在“选择模式”（Selection Mode）中着色的结构部分，当选择仍处于活动状态（以绿色高亮显示）时，单击位于“选择模式（Selection Model）”工具栏中的（画笔图标）以激活着色选项。
使用预设颜色选择所需颜色，或使用RGB工具或“亮/暗”按钮创建新颜色以选择所需的颜色。
单击“表示”选项，选择要应用颜色的选择级别。
单击“应用主题”按钮为所选内容着色。

注意：此工具还可以通过在“操作”选项中选择“重置颜色”来重置选择的颜色。