总结
组织
大脑
单细胞
组织细胞
病理学
疾病
免疫的
血液
子单元格
细胞系
结构
相互作用
这些抗体被指定为单克隆的mAB和多克隆的pAb。
抗体首次发布的人类蛋白质图谱的发布。
抗体已通过的所有测定进行验证。分析和注释提供不同分析的详细说明。饼图表示验证.
免疫细胞化学用于验证抗体染色以及评估和验证所选人类细胞系中的蛋白表达模式。
标准或增强验证的验证结果。
标准验证基于与UniProtKB/Swiss-Prot数据库中可用的实验基因/蛋白质特征数据的一致性。标准验证结果为支持、批准或不确定分数。
使用siRNA敲除、标记的GFP细胞系或独立抗体进行增强验证。对于siRNA验证,评估了靶蛋白下调后抗体染色强度的降低。对于GFP验证,评估抗体染色和GFP标记蛋白之间的信号重叠。对于独立抗体验证,评估基于两个(或多个)针对蛋白质独立表位的独立抗体染色的比较。
对于除siRNA验证外的所有情况,都会显示抗体染色模式的代表图像。对于siRNA验证,显示了结果的方框图。
免疫细胞化学中使用的抗体的可靠性分数是通过比较细胞系中的染色模式和蛋白质定位的外部实验证据来确定的。分数被称为支持、批准和不确定。
免疫组织化学通过评估44个正常组织的染色模式来验证抗体的可靠性。验证分数包括增强、支持、批准和不确定。
根据44个正常组织中抗体性能的评估,通过标准验证或增强验证的验证结果。
标准验证结果为支持、批准或不确定分数。显示了抗体染色模式的代表图像。
增强验证结果得分增强,包括两种方法:正交验证和独立抗体验证。对于正交验证,显示了高表达和低表达的代表性图像。对于独立抗体验证,显示每个独立抗体的四个图像。
抗原回收是一种在组织保存固定治疗期间用于恢复/回收交联并因此被掩盖的靶蛋白表位(抗体免疫区域)的方法。
表达模式与科学文献中可用的基因/蛋白质特征数据和生物信息学预测数据的一致性。UniProt被用作基因/蛋白质特征数据的主要来源,并在相关情况下,深入研究可用出版物和其他信息来源。广泛或充分的基因/蛋白质数据要求在蛋白质水平上存在证据,并且可以从文献和公共数据库中获得大量已发布的实验数据。有限的蛋白质/基因特征数据不需要蛋白质水平上存在的证据,而是指只有生物信息学预测和稀少的公开实验数据可用的基因。
免疫组化数据与共识RNA水平分为五类:i)高稠度,ii)中稠度,iii)低稠度,iv)极低稠度和v)无法评估。
对一组人体组织和细胞系进行Western blot分析,以评估抗体特异性。对于结果不可靠的抗体,使用过表达裂解物进行重新验证。
Western印迹用于项目中产生的多克隆抗体的质量控制。纯化后,抗体用于检测裂解液和不同组织中的条带。然后将结果评分为增强、支持、批准或不确定。
增强验证包括五种不同的方法:基因验证、重组表达验证、独立抗体验证、正交验证和捕获质谱验证。
该方法基于使用两个没有重叠表位的独立抗体比较染色模式。Western blot通过对至少两种细胞裂解物的样品进行分析,比较两种抗体的染色,这两种裂解物最好在不同水平上表达目标蛋白。结果显示,使用独立抗体可以获得类似的Western Blot模式。
该方法基于抗体显示的染色带的分子量与捕获质谱法获得的蛋白质大小之间的比较,捕获质谱法从RT4和U-251细胞裂解物的电泳分离中切下多个凝胶片,并用蛋白质组学分别进行分析。抗体检测到的条带应与预期目标蛋白及其肽相同。
该方法基于靶蛋白在细胞系中的过度表达,优选不表达靶蛋白。通过对目标蛋白重组表达和未重组表达的细胞裂解物样品进行分析,通过Western blot评估抗体的染色。结果显示,未经修饰的细胞株裂解液中没有或只有弱条带,而重组表达的细胞株中有强条带。
使用包含384种不同抗原(包括抗体靶点)的蛋白质阵列来分析抗体特异性。根据阵列相互作用情况,抗体得分为支持、批准或不确定。
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结构部分提供了来自Alphafold蛋白质结构数据库的预测结构,包括与uniprot条目对应的结构映射到我们的基因集,其中至少有一个剪接变异体与结构序列具有100%的同源性。
单个剪接变异体可以在蛋白质浏览器的顶部选择(见下文),与整个结构匹配的转录本和仅与全长AlphaFold结构部分对应的转录本均显示出来。通过单击蛋白质浏览器中的相应特征,可以在结构中显示不同的转录相关特征,如跨膜区、InterPro结构域和抗体的抗原序列,然后与所选转录物对应的结构部分也将以浅蓝色显示。通过使用结构右侧的滑块,可以突出显示临床和人群氨基酸变体,也可以通过残基指数对整个结构着色或使结构自动旋转。使用NGL查看器也可以手动放大和旋转。
蛋白质浏览器显示目标蛋白质上的抗原位置和目标蛋白质的特征。蛋白质视图部分顶部的选项卡可用于在抗原映射到的不同剪接变体之间切换。
在视图顶部,抗原的位置(由相应的HPA标识符标识)显示为绿色条。条形图上的黄色三角形表示与蛋白质目标的序列一致性<100%。
在抗原下方,使用10 aa残基(HsID 10)或50 aa残基可滑动窗口显示该蛋白质与其他人类基因中所有其他蛋白质的最大百分比序列一致性。抗原设计总是选择具有最低识别度的区域,设计单一目标抗原时允许的最大识别度为60%(阅读更多信息).
蓝色曲线显示了预测的抗原性,即蛋白质不同区域产生免疫反应的趋势,预测峰值区域抗原性更强。该曲线显示了基于使用内部倾向量表的滑动窗口方法的平均值。(阅读更多信息).
如果大多数信号肽预测因子预测信号肽SPOCTOPUS公司,信号P 4.0、和菲比乌斯(绿松石色)和/或跨膜区(橙色)预测如下MDM公司,将显示这些。