跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2009年11月；18(11):2346-55.
doi:10.1002/pro.245。

用重组人蛋白片段作为抗原预测抗体反应

约翰·罗克伯格 1, 马蒂亚斯·乌伦
附属公司

用重组人蛋白片段作为抗原预测抗体反应

约翰·罗克伯格等。 蛋白质科学. 2009年11月.

摘要

为了产生针对蛋白质靶点的抗体，需要预测抗体反应。早期的研究表明，基于亲水性倾向标度的预测方法（其中计算了氨基酸在水溶剂中的暴露程度）的价值有限。在这里，我们展示了基于12634个亲和纯化抗体的对比分析，这些抗体是以标准化的方式针对人类重组蛋白片段生成的。对抗体反应（产量）进行了测量，并与基于大量（544）已公布倾向量表的理论预测进行了比较。结果表明，尽管总体皮尔逊相关系数相对较低（0.2），但一些量表具有预测能力，即使是表现最好的氨基酸指数。基于当前数据集，计算了一个新的倾向量表，皮尔逊相关系数为0.25。这些值在一定程度上与早期的尺度相关，包括疏水性残基和半胱氨酸残基的较大惩罚以及酸性残基的高正贡献，但碱性残基的正贡献相对较低。如果选择具有高倾向性得分（＞0.48）的免疫原，与具有较低得分（＜0.29）的免疫原相比，产生低抗体反应的免疫原的比例从30%降低到约10%。研究表明，倾向量表可能有助于预测重组蛋白片段免疫产生的抗体反应。本文提供的数据集可用于进一步研究，以设计新的预测工具，用于产生针对特定蛋白质靶点的抗体。

PubMed免责声明

数字

图1
图1
有关人类染色体和氨基酸含量的选定基因和PrEST的分布。A： 计算每个人类染色体上的基因数。总共分析了7231个基因，显示了每条染色体上的基因数（黑色条），以及Ensembl版本50.36预测的每条染色体上基因总数（白色条）。B： 根据Ensembl版本50.36和用于产生抗体的所有9107 PrEST片段（白色条）计算所有蛋白编码基因（黑色条）的氨基酸组成。
图2
图2
按抗体量分组的抗体特异性失败率（A）和重新免疫之间抗体量的变化（B）。（A） 根据用相同数量的抗体进行亲和纯化后获得的数量，将12634个抗体分为五个家族。使用标准化评分系统对每种抗体进行评估，并评估不同类别的成功率（通过率）和失败率。如果抗体与目标抗原的特异性结合没有超过蛋白阵列上所有其他抗原特异性信号15%的信号，则获得支持分数（及格）。如果抗原具有目标蛋白获得的信号的40%以上，或与目标抗原结合的信号相比，三种抗原显示的信号超过15%，则给出非支持性验证分数（失败）。（B） 将2456个PrEST在不同的兔子中免疫两次，并将其纯化后的相应抗体量进行比较，将其分为五个大小相等的组。大多数（63%）免疫原在相同或最近的相邻类别中产生抗体。纯化后获得的15%的抗体级分差异显著，多达三类（11%）或四类（4%）。
图3
图3
亲和纯化后抗体浓度最低和最高的两类抗体的氨基酸组成。所有抗体的氨基酸组成是根据20%最低（0.11 mg以下）和最高（0.60 mg以上）的抗体计算的。将所得氨基酸组成与图1（B）所示12634抗体对应的所有PrEST的平均氨基酸组成进行比较，并计算并显示低量（白色条）和高量（黑色条）抗体类别的差异。
图4
图4
544个倾向量表与免疫重组PrEST获得的12634抗体量的相关性。对于每个PrEST，使用544种倾向量表方法计算理论倾向值，并与获得的抗体数量进行比较。将理论值与相应的实验抗体量进行比较，计算并绘制每种方法的皮尔逊相关系数和趋势线斜率值。八种选定的方法用颜色和字母表示，并在表I中进行了更详细的描述。表现最好的方法（通过最高的正相关和负Pearson相关进行测量）用绿色（B–D）表示。早期预测抗原区（G）和蛋白质水疗（F）的方法用红色表示。所有抗原序列与其相应抗体量的最小二乘拟合产生了一个新的倾向量表（支持信息表1），它与其他方法类似，用于预测抗体数量，并以黄色（H）绘制。
图5
图5
最佳表现倾向量表中每个氨基酸的值。标度从最低（0）分到最高（100）分进行了标准化，并绘制了每个残差。方法如表I所示，但方法（D）Wimley（蓝色）和方法（E）Zaslavsky（黄色）的反相关标度除外，这些方法已颠倒以便于澄清。氨基酸残基的顺序根据本研究的倾向量表（绿松石）。
图6
图6
理论倾向值和实验抗体量之间的相关性分为五组，每组大小相等。对所有12634个PrEST计算表一中描述的八个倾向量表获得的理论值，并将PrESTs分为五个大小相等的箱子。类似地，抗体数量被分类为五个箱子，每个箱子有20%的数据点。然后计算每类抗体的分数，并绘制每种方法的频率。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

查看所有类似文章

引用人

工具书类

    1. Lundegaard C、Lund O、Kesmir C、Brunak S、Nielsen M。自适应免疫系统建模：预测和模拟。生物信息学。2007;23:3265–3275.-公共医学
    1. Sjolander A、Stahl S、Nygren PA、Aslund L、Ahlborg N、Wahlin B、Scherf A、Berzins K、Uhlen M、Perlmann P。恶性疟原虫抗原Pf155/RESA重复序列融合到葡萄球菌蛋白A的两个免疫球蛋白G结合域的兔的免疫原性和抗原性。感染免疫。1990;58:854–859.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Delmas A，Partidos CD。嵌合肽与GM1神经节苷脂的结合能够在鼻内免疫后诱导抗体反应。疫苗。1996;14:1077–1082.-公共医学
    1. Atassi MZ。肌球蛋白的抗原结构蛋白质的完整免疫化学解剖和有关蛋白质抗原结构的结论。免疫化学。1975;12:423–438.-公共医学
    1. Barlow DJ、Edwards MS、Thornton JM。连续和不连续蛋白质抗原决定簇。自然。1986;322:747–748.-公共医学

出版物类型

LinkOut-更多资源