ELIXIR核心数据资源是一组对更广泛的生命科学界和生物数据的长期保存具有根本重要性的欧洲数据资源。

ELIXIR核心数据资源的识别涉及对数据资源的多个方面进行仔细评估。评价中使用的指标分为五类：

• 科学焦点与科学质量
• 资源服务的社区
• 服务质量
• 法律和融资基础设施以及治理
• 影响力和转化故事

F1000R ELIXIR轨道文章中描述了选择标准的详细信息确定ELIXIR核心数据资源'. 初始核心数据资源列表于2017年7月确定。对于该过程的概述，观看2017年9月举行的ELIXIR网络研讨会。名单将定期审查。有关核心数据资源列表的介绍请查看此摘要. 

ELIXIR致力于将开放获取作为公共资助研究的核心原则。ELIXIR核心数据资源应反映这一承诺，并具有允许重复使用和重新混合数据的使用条款或许可证。知识共享许可证CC0、CC-BY或CC-BY-SA均符合开放定义(http://opendefinition.org/licenses网站/)，以及等效的开放使用条款。¹

正在进行的活动的CDR时间表可在此处找到.

ELIXIR核心数据资源列表

核心数据资源	数据类型
阵列Express	功能基因组学：来自高通量功能基因组学实验的数据。
BacDive公司	细菌多样性-关于细菌菌株的分类、形态、生理学和生态学的信息，以及基因组和其他分子数据。BacDive是一个细菌元数据库，提供有关细菌和古生物多样性的菌株关联信息。
生物研究	生物研究数据库包含生物研究的描述、EMBL-EBI或外部其他数据库中这些研究的数据链接，以及不适合EMBL-EBI结构化档案的数据。该数据库可以接受通过简单格式描述的各种类型的研究。它还使手稿作者能够提交补充信息并从出版物链接到它。
布伦达	跨所有分类群的酶和酶信息数据库，从主要文献中手动提取，并通过文本挖掘程序扩展，集成外部数据和预测算法。
CATH公司	蛋白质数据库中蛋白质结构的层次结构域分类。
赛龙	细胞系知识资源。它试图描述生物医学研究中使用的所有细胞系。
中国电子商务研究院	专注于“小”化合物的分子实体词典。
ChEMBL公司	生物活性药物（如小分子）数据库，包含二维结构、计算属性和抽象生物活性。
EGA公司	生物医学研究项目产生的个人可识别遗传和表型数据。
EMDB公司	电子显微镜数据库（EMDB）是一个公共存储库，用于存储大分子复合物和亚细胞结构的电子冷冻显微镜图和层析图。它涵盖了各种技术，包括单粒子分析、电子层析成像、亚层析平均、纤维衍射和电子晶体学。
ENA公司	欧洲核苷酸档案（ENA）提供了世界核苷酸测序信息的全面记录，包括原始测序数据、序列组装信息和功能注释。
合奏	脊椎动物基因组的基因组浏览器，支持比较基因组学、进化、序列变异和转录调控的研究。
集合基因组	非脊椎动物基因组的比较分析、数据挖掘和可视化。
欧洲PMC	欧洲PMC是一个知识库，可以访问世界各地的生命科学文章、书籍、专利和临床指南。
GWAS目录	NHGRI-EBI GWAS目录：由EMBL-EBI和NHGRI合作制作的所有人类全基因组关联研究的精选集。
HGNC公司	HGNC（HUGO基因命名委员会）是经批准的人类基因命名资源，包含约42000个基因符号和名称以及1300多个基因家族和集合。
IMEx联盟：由完整的和薄荷	IntAct为分子相互作用数据提供了一个免费可用的开源数据库系统和分析工具。MINT专注于由专家馆长从科学文献中挖掘出的经实验验证的蛋白质相互作用。
InterPro公司	蛋白质序列的功能分析，将其划分为家族，并预测结构域和重要位点的存在。 注：这是一个伞形资源，许多协作数据库都对其作出贡献。在将InterPro命名为核心数据资源时，认识到了组成数据库的关键作用。
MGnify公司	MGnify平台有助于微生物组衍生核酸序列的组装、分析和存档。该平台提供了对近50万个分析的分类分配和功能注释的访问，这些分析包括元条形码、元转录组学和元基因组数据集，这些数据集来自广泛的不同环境。
LIPID MAPS®（脂蛋白图®）	LIPID MAPS旨在成为一种开放、系统和标准化的脂质组学资源。提供有关脂质及其结构、性质和在生物过程中的功能的信息。
Orphadata科学	Orphadata Science平台以可重用和可计算的格式为科学界提供与罕见疾病和孤儿药物相关的全面、高质量数据集。
PDBe公司	生物大分子结构。
PomBase系列	PomBase是裂变酵母裂殖酵母pombe的综合数据库，提供结构和功能注释、文献整理和大规模数据集访问。
荣耀	基于质谱的蛋白质组学数据，包括肽和蛋白质表达信息（识别和量化值）以及支持的质谱证据。
反应途径	REACTOME是一个开源、开放访问、手动管理和同行评审的路径数据库。
瑞亚	Rhea是一个由专家管理的生物感兴趣的化学和转运反应的知识库，也是UniProtKB中酶和转运蛋白注释的标准。
SILVA公司	SILVA为生命的所有三个领域（细菌、古生菌和真核生物）提供了全面、质量检查和定期更新的对齐小亚基（16S/18S，SSU）和大亚基（23S/28S，LSU）核糖体RNA（rRNA）序列的数据集。
字符串	已知和预测的蛋白质相互作用。
瑞士模式	SWISS-MODEL是一个全自动蛋白质结构同源建模服务器，可通过Expasy网络服务器或程序DeepView（瑞士Pdb-Viewer）访问。该服务器的目的是使全球所有生命科学研究人员都可以访问蛋白质建模。
UniProt公司	蛋白质序列和注释数据的综合资源。
VEuPathDB（车辆路径数据库）	VEuPathDB提供了对与真核病原体和疾病无脊椎动物载体相关的各种基因组和其他大规模数据集的访问。该资源支持的生物体包括（但不限于）基于美国的NIAID新发和再发传染病列表。

除了核心数据资源外，ELIXIR还编制了一份推荐的实验数据存储库列表ELIXIR存款数据库.

更多信息

• ELIXIR Hub联系人：法比奥·利伯兰特和加文·法雷尔(核心资源[时间]elixir-europe.org)
• 文件：
  • Drysdale R、Repo S、Roman Garcia P等人。实施核心数据资源选择流程[第1版；未经同行审查]。F1000研究2018年7月7日（ELIXIR）:1711（文件）(https://doi.org/10.7490/f1000research.1116247.1)
  • Drysdale R、McEntyre J、Durinx C和Blomberg N。ELIXIR核心数据资源的选择过程[第1版；非同行评审]。F1000研究2018，7（ELIXIR）：1712（文档）(https://doi.org/10.7490/f1000research.1116248.1)
  • Drysdale R、McEntyre J、Durinx C等人。年度指标监测和定期审查过程：ELIXIR核心数据资源和沉积数据库[第1版；非同行审查]。F1000Research 2020，9（ELIXIR）：114（文档）(https://doi.org/10.7490/f1000research.1117816.1)

¹如果核心数据资源失去资金，并且唯一可行的选择需要恢复到非开放许可证，则ELIXIR节点负责人委员会可能会重新审查许可证状态和例外情况（例如行业共同资金的要求）。返回文本.