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自然医学。作者手稿;PMC 2014年10月9日提供。
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2013年11月7日在线发布。 数字对象标识:10.1038/3336海里
预防性维修识别码:项目经理4190672
NIHMSID公司:NIHMS615921
PMID:24202396

肿瘤上皮间质可塑性的表观遗传学研究

摘要

在恶性肿瘤进展过程中,肿瘤细胞在多种表型状态之间进行动态和可逆的转换,其极端状态由上皮和间充质表型的表达决定。这种可塑性是由表观遗传调控的潜在变化所实现的。一小群多效性作用转录因子被广泛认为通过控制关键靶基因的表达来影响这些转变。这些主调控因子依赖于复杂的表观遗传调控机制,尤其是诱导染色质相关组蛋白修饰的变化,以实现上皮-间充质转化(EMT)期间观察到的广泛基因表达变化。这些关联表明,了解这种EMT诱导转录因子和染色质结构调节剂之间的功能性相互作用将为深入了解癌症进展的基本机制提供关键的见解,并且从长远来看,产生新的诊断和治疗方法来治疗高度恶性肿瘤。

单个人类癌症中的肿瘤细胞存在一系列表型状态,从完全分化的上皮状态到去分化的间充质状态,每种状态都与不同的功能特征有关。虽然它们存在于原发性肿瘤中,但大部分癌细胞通常表现出主要的上皮特征。然而,为了侵袭、扩散到远处组织并随后形成转移集落,肿瘤上皮细胞必须至少暂时转变为间充质表型。这种转变是通过激活称为EMT的复杂细胞生物学程序来实现的。在EMT期间,癌细胞摆脱了分化的上皮特性,包括细胞间粘附、极性和缺乏运动性,获得了间充质特性,包括运动性、侵袭性,重要的是,干细胞的许多特性12

在正常和肿瘤上皮组织中,EMT程序的生理激活似乎取决于细胞从其附近微环境接收的多种信号的聚合。各种旁分泌信号因子可以通过激活相应的多种细胞内信号级联来触发EMT程序的诱导——5(方框1图1). 作为回应,一组EMT-诱导转录因子(EMT-TF)表达并功能激活67研究发现,单个EMT-TF的强制表达,如TWIST、SNAIL、SLUG或ZEB1,可激活上皮细胞中的EMT程序,并且在侵袭性肿瘤中其表达升高已被充分记录8——15虽然单个细胞外信号因子在原则上可能激活EMT程序,但这些传入信号更有可能以各种组合的方式激活EMT-TF的表达,进而激活EMT项目。

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将细胞外信号与EMT转录因子联系起来。自分泌或旁分泌信号网络产生的背景信号,如TGF-β、WNT蛋白、血小板衍生生长因子(PDGFs)和白细胞介素-6(IL-6),可以激活细胞内信号因子,从而影响EMT期间EMT转录因子网络的激活或维持。TGFβR1和TGFβR2是两种TGFβ受体;PDGF-CC是PDGF家族的一个特定成员;PDGFR-α/β表明两种不同的受体丝氨酸/苏氨酸激酶;STAT3是信号转导子和转录激活子3;IL-6R是IL-6受体;gp130是一种膜糖蛋白;SMAD2/3表示SMAD2和SMAD3;c-JUN/FRA1是AP-1复合物的异二聚体亚单位(请注意,AP-1在方框1); NK细胞是自然杀伤细胞。

方框1

维持EMT程序的自分泌和旁分泌信号网络

各种细胞外配体以自分泌或旁分泌方式激活和维持EMT程序(在参考文献。5131132). TGF-β信号转导是胚胎发育和癌症进展过程中EMT的主要诱导因子133134TGF-β通过两种不同的受体丝氨酸/苏氨酸激酶,TGF-βR1和TGF-βR2发出信号,然后磷酸化细胞质SMAD2和SMAD3蛋白。活化的磷酸化SMAD2和SMAD3与SMAD4形成复合物,然后转运到细胞核中,调节对控制细胞命运至关重要的基因。在各种癌症中,TGF-β信号通常被过度激活,并促进侵袭和转移135——137因此,抑制TGF-β信号传导有可能阻止EMT程序的诱导,从而阻碍疾病进展。TGF-β信号转导也被证明直接导致下游靶基因的表观遗传调控。例如,SMAD2和SMAD3与某些表观遗传调控因子相关,例如含有33的三分基序(TRIM33),它们取代抑制性组蛋白修饰,从而创建可被转录调控因子访问的稳定染色质结构138此外,小鼠肝细胞暴露于TGF-β可以减少异色H3K9me2标记的体积,增加H3K4me3常染色和H3K36me3转录延伸标记的数量139这些激活修饰的获得似乎对EMT介导的表型如细胞运动性至关重要。

WNT信号转导是另一种重要的发育途径,在多种肿瘤中失调,并有助于这些肿瘤中CSC的扩张和维持140——143在小鼠胚胎发育过程中,WNT激活β-catenin活性,这是原肠化(一种EMT驱动的过程)所必需的144145高活性WNT信号可触发EMT样程序,导致β-catenin–TCF级联的异常激活和肿瘤进展146147乳腺癌细胞中的EMT可能通过WNT激活引起的SNAIL活性的稳定或b-连环蛋白-TCF复合物对间充质标志物波形蛋白的反式激活介导148149

由肝生长因子、表皮生长因子、成纤维细胞生长因子和PDGF配体激活的各种受体酪氨酸激酶也可以以上下文相关的方式促进EMT程序的表达,这种方式在不同的癌症中不同42150——153大量研究表明,间充质癌细胞依赖这些信号分子的高表达来诱导和维持EMT转录程序。

虽然指导EMT的信号网络类型已被很好地定义,但其下游效应蛋白(如SMAD和b-catenin)用于EMT程序诱导的方式尚不清楚。推测它们介导多效性作用的EMT转录因子的转录激活。某些功能反应元件,如SMAD结合元件、TCF-LEF结合位点、E-box和激活蛋白1(AP-1)位点蜗牛SLUG公司基因,可能为响应细胞外信号提供切入点(W.L.T.,未发表的数据)。例如,在小鼠胚胎的神经嵴发育过程中,Smad1的骨形态发生蛋白依赖性激活导致其补充到鼻塞启动子并导致其精确的时间激活154侵袭性结直肠癌中腺瘤性息肉病大肠杆菌基因突变(APC)导致组成性WNT信号,β-catenin–TCF4复合物与ZEB1号机组启动子及其转录上调155

在癌细胞中,EMT程序激活后新获得的间充质特征赋予了这些细胞执行侵袭-转移级联大多数步骤所需的多种特征1这种级联包括癌细胞在原发肿瘤附近局部侵袭、灌注、通过循环、渗出、在远处器官的实质中存活并形成微转移沉积物的能力,其中一些可能最终形成宏观转移。最后一步称为“定植”,可能涉及癌细胞对外来组织微环境的适应。

重要的是,癌细胞获得间充质属性不一定是永久性的,因为在原发肿瘤中通过EMT的细胞稍后可能通过间质-上皮转换(MET)恢复到上皮状态1617强调了这些变化的可塑性(图2). 事实上,在传播部位,新到达的癌细胞不太可能遇到诱导其原发肿瘤前体激活EMT程序的背景信号;这可能会使它们恢复到上皮状态。EMT过程的可逆性涉及基因表达的广泛重编程,并暗示表观遗传调控因子在这一过程中具有重要作用,如下所述。

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上皮-间充质可塑性允许癌细胞在侵袭-转移级联过程中进行功能适应。作为对EMT促进信号的反应,肿瘤侵袭边缘的上皮细胞亚群可能会失去上皮特征。随着这些细胞进一步从肿瘤主体分离,它们暴露于上皮信号的程度降低,并在基质细胞提供的EMT信号存在的情况下获得更多的间充质特性121——124亚稳间充质细胞适合侵袭周围组织。完全间充质表型有助于毛细血管内灌注或引流淋巴管。在某些情况下,巨噬细胞可能会协助这一过程125扩散的癌细胞对环境和遗传毒性应激也有更强的抵抗力,这一特性对循环中的生存至关重要126到达远处器官后,间充质表型促进外渗和侵入异物。此处弥散细胞暴露于不同于原发肿瘤的信号,间充质状态可能赋予单个癌细胞生存优势,或者可能支持长期休眠127当合适的上下文信号可用时,播散细胞可能经历MET并逐渐重新获得上皮特性,如快速增殖能力1617上皮信号通过自分泌和旁分泌信号增强,从而稳定上皮表型。这有助于主要由上皮细胞组成的大转移瘤的生长。

近年来,“表观遗传学”一词有多种含义18传统上,它被用来描述在细胞基因组没有伴随变化的情况下,即在其核苷酸序列没有变化的情况下,施加细胞表型的机制。然而,最近,该术语有了新的含义,因为表观遗传调控在很大程度上是通过DNA的共价修饰实现的,特别是某些胞嘧啶残基的甲基化(即DNA甲基化),以及通过组蛋白的共价修饰形成DNA相关核小体。这里我们将催化这些不同生化反应的酶称为表观遗传调节剂。

在过去十年中,由多种组蛋白修饰酶催化的转录活性和抑制性组蛋白标记的产生被认为是基因调控的基石19例如,组蛋白甲基转移酶和去甲基化酶可以添加或删除核小体亚单位,特别是组蛋白H3和H4的赖氨酸残基上的甲基化标记。通过组合作用,这些修饰有助于确定DNA如何包装在染色质中,从而决定潜在基因的转录潜能。最近的研究揭示了EMT-TF之间有趣的联系,EMT-TFs以序列特异的方式与DNA结合,以及这些组蛋白修饰导致的染色质构型控制。

癌细胞的表型可塑性

EMT计划在促进癌细胞侵袭和转移方面的作用在许多类型的癌症中都有很好的记录,包括发生在乳腺癌、前列腺癌、结肠癌、头颈部癌、卵巢癌和肺癌220此外,已经发现这种程序可以生成具有干细胞特性或准备进入干细胞状态的细胞821——25这种干样特征的获得对于成功完成播散癌细胞的侵袭-转移级联具有重要意义。通过EMT通常会使癌细胞具有致瘤特性,而这些特性似乎对播散的癌细胞在解剖距离较远的部位作为新肿瘤集落的创建者的能力至关重要。更有趣的是,各种证据越来越多地表明,在癌症中运行的干细胞程序与在相应的正常来源细胞中起作用的程序非常相似,也就是说,那些位于最初发生癌症的组织中的细胞8926

上述实验观察与临床证据相关并得到支持。高级别肿瘤,尤其是那些与患者预后不良相关的肿瘤,通常包含表达与EMT程序表达相关的分子特征的细胞。例如,在乳腺癌中,癌细胞特征性间充质基因的表达通常在肿瘤的基础亚型和三阴性亚型中富集,这两种亚型都与较差的临床结果相关27这种肿瘤包含的细胞表现为至少经历了部分EMT,获得了间充质标记物的表达,并保留了某些上皮特征28——30从这些肿瘤中分离出来的细胞也显示出肿瘤起始癌干细胞(CSC)的许多特征,例如CD44中的细胞富集你好CD24型抗原状态和对多种癌症治疗的高抵抗力,以及增强的侵袭性和转移性220

短暂细胞状态谱

癌细胞通过表型可塑性来深刻改变其行为并不是肿瘤形成的发明,而是反映了在正常后生动物发育和组织修复中发挥重要作用的转分化程序231例如,EMT程序在原肠胚形成和神经嵴形成期间很早就被激活。随后出现的胚胎上皮片也以可逆或不可逆的方式进行显著的重塑,导致心脏、肌肉骨骼系统、颅面特征和周围神经系统的形成2在成年哺乳动物的组织修复过程中,上皮细胞如角质形成细胞最初经历EMT,并且在上皮细胞片重建后经历MET32,表明细胞状态之间的可逆转变是对正常发育和组织稳态至关重要的自然过程。

虽然EMT通常被描述为简单地获得明确的间充质标记,同时完全失去上皮特征,但实际上它通常产生位于中间表型范围内的细胞。不同的说法是,细胞可以通过EMT程序以不同的程度前进,在脱落上皮细胞时逐渐获得间充质特征;事实上,进入EMT程序的细胞很少会脱落所有原有的上皮特征。因此,在癌症发病机制的背景下,肿瘤细胞可能处于新获得的间充质标记物与保留的上皮标记物共存的状态,通常称为“部分EMT”33——37正常细胞和肿瘤细胞可能仅在这些中间状态下处于亚稳态,表面上已准备好迅速转变为表达完全上皮或间充质表型的细胞。在癌症中,这些变化通常且可能总是由肿瘤微环境(肿瘤相关基质)中的背景信号引起。

这种表型可塑性的其他证据可以在正常上皮干细胞室的细胞分化和脱分化程序中找到。尽管这些小生境中的干细胞在发育过程中会分化产生专门的后代,但必须通过自我更新的过程来持续维持罕见的干细胞池。干细胞层次的传统描述表明,从多能干细胞向分化程度更高的后代的单向变化。然而,最近的工作指出了与这一方案的背离:特别是,乳腺中的非干细胞似乎会重新繁殖干细胞在体外通过尚不清楚的机制去分化3839随后,研究表明,这发生在肠道肿瘤发生过程中的癌症背景下体内40重要的是,观察到EMT将分化的上皮细胞推向干细胞状态,并且EMT程序在各种生理过程中被激活,这似乎表明这种去分化确实是正常上皮细胞行为储备的一部分,而且,他们的肿瘤衍生物。

有人提出上皮分化程序是间充质状态细胞的默认途径41如果没有持续增强间充质或干细胞状态驻留的信号,EMT的间充质产物可能会自然恢复到上皮状态(图3). 这个假设隐含着这样一个概念,即居于间充质状态必须得到上下文信号的积极和持续支持。例如,各种上皮细胞通过激活间充质基因的表达,对转化生长因子-β(TGF-β)信号作出反应,至少是暂时的。然而,在停用TGF-β后,这些细胞恢复到上皮状态。与这种持续依赖的模型相反,也有证据表明,CSC可以通过激活自分泌信号回路来维持其在间充质状态的亚稳态,自分泌信号环路似乎可以使其摆脱对组织内其他部位产生的持续旁分泌EMT诱导信号的依赖42

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表观遗传景观控制着上皮-间充质可塑性的稳定性。上皮表型是上皮细胞的默认状态。背景信号通过引入组蛋白修饰来促进关键上皮基因(例如编码E-cadherin的基因)的表观遗传抑制,组蛋白修饰有助于定义上皮细胞的可塑性和细胞在过渡期间特定表型状态的驻留。越来越稳定的间充质表型的获得取决于有效EMT促进信号的持续存在。如果没有它们,亚稳态间充质细胞可能会简单地恢复到更上皮的表型,除非它们得到适当的表观遗传修饰的支持。H3Kac,组蛋白H3赖氨酸乙酰化。

表观遗传和转录调节因子之间的相互作用

E-cadherin(由CDH1型基因)是上皮状态的基石,这种粘附连接蛋白的下调是通过EMT程序的标志。这解释了为什么它的表达必须被精确地调节。许多研究表明,一些EMT-TF被招募到CDH1型激活EMT程序后,抑制其转录11然而,表观遗传学调节因子在促进和稳定这些变化中的确切作用尚不清楚。最近的研究表明,E-钙粘蛋白的表观遗传沉默是高度复杂的,并且是由各种组蛋白修饰酶协调的,这些修饰酶协同作用,对CDH1型发起人。

多梳阻遏物介导的沉默

多梳群(PcG)蛋白构成一组表观遗传调节因子,在调节E-cadherin的表达中起关键作用。它们通过指导早期发育和干细胞分化过程中的谱系选择而发挥转录阻遏物的作用4344例如,它们有助于在发育过程中保持同源基因的抑制,从而确保祖细胞或干细胞保持未分化状态45重要的是,PcG蛋白还能够通过控制癌细胞的表型状态来驱动肿瘤的发展。

PcG蛋白与其他支架蛋白组装形成多亚单位多梳抑制复合物(PRCs),通过修饰组蛋白和招募多种额外的阻遏物来沉默转录46。两种不同类别的多梳复合物PRC1和PRC2参与促进EMT,但作用方式不同。通常,PRC2最初被招募到靶基因,随后可能会招募PRC14347zeste同源物2增强子(EZH2)与zeste 12同源物抑制子(SUZ12)一起起作用,是一种PRC2亚单位,催化启动子周围核小体中组蛋白H3(H3K27me3)上K27的三甲基化,从而导致转录抑制48

在癌症发病过程中,某些PRC2亚单位的高表达被认为通过EMT程序驱动恶性进展49——51这在一定程度上归因于它们抑制关键遗传靶点的能力,包括CDH1、,这对增强肿瘤细胞的上皮状态至关重要。PRC2被招募到某些靶基因的方式尚不清楚,但似乎涉及PRC2和某些序列特异性转录因子之间的物理相互作用。许多EMT-TF包含DNA结合域,可识别某些基因启动子上的增强子盒(E-box)核苷酸序列基序11; 这种识别赋予转录因子定位于特定基因组靶点所需的特异性。例如,在胰腺癌和结肠腺癌细胞中,SNAIL与CDH1型启动子并与EZH2和SUZ12物理相互作用,催化附近核小体中H3K27的三甲基化,从而沉默CDH1型基因转录50随后,持续镇压CDH1型似乎依赖于SNAIL的持续存在50因此,序列特异性主转录因子(在本例中为EMT-TF)最初被招募到关键靶位点;它们的持续存在使染色质修饰酶随后得以补充,为转录控制与调控EMT的表观遗传调控机制耦合提供了一个模型52(图4).

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转录因子和表观遗传调控因子之间的相互作用。()PRC1和PRC2介导的上皮基因沉默,如编码E-钙粘蛋白的上皮基因,涉及EMT-TF(例如SNAIL)向基因启动子的初始募集。SNAIL招募PRC2,PRC2催化转化为PRC1识别的抑制性H3K27me3标记。(b条)EMT-TFs通过基因启动子的去乙酰化抑制基因活性。EMT-TF与NuRD复合物相关,其中包含HDAC,可催化组蛋白赖氨酸残基中乙酰基的去除。H3K9/14、组蛋白H3赖氨酸9和赖氨酸14。(c(c))SNAIL介导的LSD1向靶基因的招募可能导致相反的功能结果。LSD1可能催化H3K4中甲基的去除,导致转录活性丧失,或导致抑制性H3K9me2或H3K9 me3转化为H3K9-me1,从而允许转录活性与额外的表观遗传修饰结合。H3K4me1/2、H3K4的甲基化或二甲基化。(d日)SNAIL通过募集G9a和SUV39H1介导稳定的沉默,这两种物质协同导致H3K9的三甲基化。H3K9me3标记是随后DNMT招募的先决条件,DNMT招募导致基因启动子的CpG甲基化。常染色质或兼性异染色质转化为结构性异染色素会稳定地阻断转录活性。SUV39H1/2、SUV39H1和SUV39H2。

一些证据已经开始阐明PRC2在某些癌症发生的病理性EMT中的临床重要性。例如,基底乳腺癌和巴西航空公司1-缺陷肿瘤,两者都具有EMT基因表达特征28——30,倾向于过度表达EZH2型(参考文献。53——57). EZH2可能在这些乳腺肿瘤中的癌细胞亚群中加强E-cadherin表达的沉默。事实上,E-钙粘蛋白自身的缺失可以驱使某些上皮细胞进入间充质状态58类似地,升高EZH2型在侵袭性膀胱和前列腺肿瘤中检测到表达,并与CDH1型表达49然而,这些观察结果至多是相关的,并不能直接证明EZH2通过驱动与肿瘤细胞相关的H3K27残基的三甲基化来促进这些癌细胞的间充质细胞状态CDH1型发起人。

PRC2最初形成H3K27me3有助于随后的含染色质蛋白质的招募,这些蛋白质识别并结合先前甲基化的组蛋白;这些蛋白质的例子是PRC1的CBX2、CBX4和CBX8亚单位(参考59). PRC1包含另一个功能重要的亚单位,即多梳无名指癌蛋白BMI1,其在许多癌症中的表达失调60——63近年来,BMI1也被认为是驱动CSC功能的干细胞因子,其上调与侵袭性肿瘤表型密切相关64——67鉴于越来越多的人认识到癌内CSC表现出EMT程序的组成部分,BMI1在促进细胞状态转变(导致更多间充质类CSC细胞的形成)中发挥关键作用是可能的。

鼻咽癌,BMI1公司过度表达本身可诱导间充质样表型,从而增强相关肿瘤细胞的侵袭性和运动性68BMI1介导靶基因抑制的确切机制尚不清楚。然而,很明显,BMI1可以转录下调肿瘤抑制因子的表达PTEN公司,这反过来导致磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-AKT信号的激活和SNAIL的翻译后稳定68; 由此产生的SNAIL积累可能有助于激活EMT程序。另一系列证据表明,BMI1的高表达实际上可能与EMT程序直接相关,因为TWIST已被发现与BMI1公司启动子并上调其表达。因此,TWIST和BMI1似乎对EMT项目的执行和CSC表型的获得至关重要6970

组蛋白去乙酰化酶和沉默

赖氨酸残基的乙酰化是导致组蛋白修饰的另一种途径。组蛋白乙酰化通常与转录激活有关,而去乙酰化则导致抑制。组蛋白乙酰转移酶将乙酰基添加到几个不同的赖氨酸残基上,如组蛋白H3的K9和K14残基,而组蛋白脱乙酰酶(HDAC)催化其去除。与PcG蛋白类似,组蛋白乙酰转移酶和HDAC形成多聚体复合物。在转移过程中,作为Mi-2核小体重塑和去乙酰化酶(NuRD)抑制复合物成分的HDAC1和HDAC2被小鼠蜗牛招募到加拿大存托凭证1启动子并促进其沉默7172用HDAC抑制剂曲古菌素A治疗可阻断蜗牛的抑制作用并防止转移71

蜗牛沉默靶基因的能力似乎是由其N末端SNAG结构域赋予的,该结构域有助于招募转录抑制因子,如HDAC和Sin3A。因此,含有SNAG结构域缺失或截断的蜗牛突变体不能抑制E-cadherin的表达7173此外,TWIST可以直接与NuRD复合体结合,以沉默人类和小鼠乳腺癌细胞中的E-cadherin,但似乎以不同于蜗牛的方式招募NuRD,这是通过其识别和结合NuRD复合物的其他亚单位的能力实现的,如Mi-2b和MTA2(参考74).

组蛋白去甲基化酶:一类新兴的EMT调节因子

最近的研究已经开始将赖氨酸特异性去甲基酶LSD1与EMT和癌症进展联系起来。LSD1是第一个被鉴定的组蛋白去甲基化酶,最初被证明可以从激活转录的H3K4me3标记中去除甲基。LSD1通过其胺氧化酶结构域实现这一点,该结构域催化生物胺的氧化,包括甲基化组蛋白的N末端,导致基因抑制75在混合白血病细胞中,LSD1通过阻止分化和凋亡来调节白血病干细胞潜能76在乳腺癌中,LSD1在雌激素受体阴性肿瘤中高度表达,这些肿瘤往往具有间充质基因特征77指出其可能参与促进EMT。事实上,SNAIL驱动的人类乳腺上皮细胞EMT涉及LSD1的募集,它利用LSD1沉默上皮基因,包括编码E-cadherin、claudins和细胞角蛋白的基因78LSD1与SNAIL之间的这种相互作用取决于LSD1的胺氧化酶结构域和SNAIL的SNAG结构域。有趣的是,SNAG结构域似乎与组蛋白H3的N末端具有序列相似性,这使得LSD1能够识别SNAG区域,导致在基因启动子上形成LSD1-SNAIL复合物73

这些实验结果,以及LSD1过度表达与其他几种癌症的低生存率相关的临床观察,促使人们对LSD1抑制剂的治疗效用进行了研究。在混合白血病细胞中,LSD1的药物靶向降低了其白血病启动能力,并增加了与髓系分化相关的基因的重新表达7679这些效应还伴随着这些启动子处H3K4me2的伴随增加79用靶向胺氧化酶的药物抑制剂治疗强烈表达LSD1的乳腺癌细胞,产生生长抑制,导致H3K4me3的全球增加(参考77).

值得注意的是,其他研究结果似乎与LSD1致癌特性的这些报告直接矛盾。一些研究发现,LSD1可以抑制乳腺癌细胞的侵袭性并抑制其转移潜能80对LSD1功能的这些矛盾观察可能归因于它能够修饰的多组蛋白赖氨酸底物。除了将活性H3K4me2或H3K4me3转换为活性较低的H3K4-me1标记外,已知LSD1会导致非活性H3K9me3标记去甲基化,将其转换为抑制性较低的H3K9me1或H3K 9me2标记,从而导致基因去表达81综上所述,LSD1活性的功能结果取决于不同亚群基因的激活和抑制之间的平衡,这些相互冲突的功能似乎源于其修饰H3K4me3或H3K9me3或两者的能力。因此,针对LSD1的治疗策略的设计需要对其已知的多效性作用作出反应。

双价组蛋白修饰与稳定转录

染色质位点对基因转录的允许性最初通过获得各种表观遗传修饰来调节,随后通过染色质结构中的高阶变化来巩固。这些高阶变化涉及常染色质(包含活性转录基因)或异染色质(包含抑制基因)结构域的形成。重要的是,DNA的某些片段可能与兼性异染色质有关,这意味着有能力在诱导和抑制表达状态之间交替;这种行为与已知的组成异染色质的行为形成对比,该异染色素与永久沉默的基因有关。H3K27me3已被发现与兼性异染色质有关,可轻易转换为活性常染色状态46例如,在胚胎干细胞中,某些启动子上的H3K27me3和H3K4me3修饰共存,标志着基因处于“二价”状态,没有被积极转录。然而,在特定分化线索导致抑制性H3K27甲基化标记去除的情况下,存在于该结构中的基因仍将被激活82这一发现表明,二价基因并没有被稳定地抑制,而是对某些生理信号的动态调节保持响应。

事实上,表型可塑的癌细胞似乎在ZEB1号机组启动子,促进其快速脱分化为干样状态83在某些表现出干细胞样特性的癌细胞中也观察到双价启动子。CD44内+原发性人类乳腺上皮组织中富含干细胞的人群CDH1型启动子在沉默的同时携带二价H3K4me3和H3K27me3修饰,而分化程度更高的CD24+表达丰富E-cadherin的细胞只携带活性H3K4me3标记84CD44中的染色质结构+干细胞在逻辑上应该能够快速分化为CD24+上皮状态,通过在CDH1型基因,很可能还有其他上皮特异性基因。同样扭转功能梯度2基因,尽管在CD24中是沉默的+非干细胞似乎具有一些二价特征,而CD44+表达这些相同基因的细胞只含有H3K4me3激活修饰84这些观察结果可能表明,CD24中至少有一部分+非干细胞准备去分化为CD44+干细胞38

某些EMT相关基因的二价结构可能允许基因表达的动态调节,并有助于这些乳腺上皮细胞的可塑性。然而,尚不清楚细胞可塑性的调节是否在很大程度上取决于二价基因的变化,以及这种二价基因是否普遍存在于已知具有可塑性细胞的基因组中。值得注意的是,延时显微镜显示上皮细胞可以在上皮细胞和间充质细胞表型之间快速可逆地相互转换1485在这些情况下,细胞分裂对于观察到的细胞状态转换似乎是必不可少的,这突出表明需要在染色质水平上迅速、动态地改变表观遗传调控,表面上涉及组蛋白修饰的实质性改变。

稳定的压抑标记和长期沉默

如上所述,二价基因与长期、持久的沉默无关,因为它们需要对周围信号作出快速、可逆的反应。相反,在侵袭-代谢级联的某些步骤中,上皮基因必须被长时间抑制。例如,为了使入侵细胞从原发性肿瘤中分离出来并保持与原发性肿块的分离,需要在延长的入侵期内加强其在准间充质状态下的亚稳态驻留(包括某些上皮基因的稳定沉默)。

这种稳定的阻遏可以用某些组蛋白修饰的特殊性质来解释。因此,H3K9的三甲基化产生的结构性异染色质比H3K27me3修饰产生的染色质对转录激活更具抵抗力。最近发现SNAIL与G9a(也称为EHMT2)相关,G9a是一种主要的组蛋白甲基转移酶,负责产生H3K9me2抑制标记86随后,SUV39H1(另一种组蛋白甲基转移酶)向H3K9中添加第三个甲基,导致H3K9me3修饰,从而产生比H3K9-me2更稳定和持久的抑制状态。事实上,在TGF-β或SNAIL诱导的EMT期间,SNAIL还与SUV39H1相互作用,并介导细胞沉默CDH1型发起人87SUV39H1在抑制上皮基因方面的作用是一致的,它似乎在乳腺癌细胞的间充质、基础亚型中比管腔亚型中的上皮细胞表达更丰富87

启动子相关染色质中H3K9me3标记的形成对长期基因沉默有重要影响,因为这种修饰被认为是催化DNA甲基化的DNA甲基转移酶(DNMT)招募的前奏46基因启动子附近CpG二核苷酸的甲基化与高度稳定的基因沉默有关,该基因沉默可以在多次连续的细胞分裂过程中高保真地遗传。因此,最初经历特定CpG甲基化的细胞的后代继续表现出间充质特征,这反过来可能支持其入侵或传播的能力。事实上,在人类乳腺癌的克劳丁-罗亚型(claudin-low亚型)中,SNAIL能够将G9a和DNMT招募到乳腺癌细胞中CDH1型启动子,导致DNA甲基化,从而稳定关闭E-cadherin表达86

总之,各种组蛋白修饰酶的参与及其产生的修饰与以下观点一致:当细胞从完全上皮状态过渡到完全间充质状态时,EMT程序包含一系列变化,而不是细胞表型的单一协调变化。在染色质水平上,这些细胞生物学变化可能伴随着一系列逐渐稳定的表观遗传变化,这些表观遗传改变控制着EMT的不同阶段(图3). 例如,上皮基因的抑制可能涉及H3K27me3的初始增益,以与H3K4me3形成二价修饰(参考88)创造了一种可逆的高塑性状态。这可以通过丢失H3K4me3来实现,这有助于随后形成更稳定的组成异色H3K9me3修饰。随后,在持续存在有效的EMT诱导信号的情况下,H3K9me3为DNMT的招募奠定了基础,DNMT会使赋予上皮特性的基因启动子的DNA甲基化,从而产生高度稳定的CpG二核苷酸,可在多代细胞中持续存在。

全基因组表观遗传学重组

大多数染色质修饰研究,如上述研究,都集中于少数表观遗传调控的基因启动子。然而,这些研究并没有解决整个基因组(即表观基因组)的表观遗传“景观”在细胞状态转换期间是如何改变的。活跃的全基因组表观遗传重组对正常发育、分化和疾病至关重要,染色质修饰酶实际上很少针对小组基因启动子。组蛋白的这种广泛修饰常常导致整体染色质结构的显著变化,从而导致细胞内大量基因的表达发生变化。此外,最近的研究发现,通过大基因组域的激活或抑制,“长期”表观遗传重构可能是肿瘤发生的主要驱动力8990

通常,长程表观遗传沉默被认为涉及抑制性组蛋白修饰的获得,例如脱乙酰化和K9和K27三甲基化,以及跨越几个兆基的结构域的DNA甲基化;这些区域可能含有肿瘤抑制基因或与上皮细胞状态调节相关的基因9091最近,在某些癌症细胞类型中描述了这种域基因解除调控的另一种机制,这种机制也通过长程表观遗传激活起作用。这些区域以活性染色质标记的增加和抑制标记的丢失为特征,往往包含致癌基因、microRNA和癌症生物标记8992

在细胞可塑性的背景下,尚不清楚EMT相关基因是否也作为大基因组域的一部分受到表观遗传调控。我们认为,长程表观遗传重塑本身可能不会直接驱动上皮或间充质细胞状态的转变。然而,它可以通过改变上皮细胞的总表观基因组来创造一种允许细胞状态,从而允许EMT效应器的后续更集中的动作。因此,我们注意到,随着与表观遗传景观大规模重塑相关的复杂性变得明显,目前采用的、更简单的局部染色质调控方案(涉及EMT-TF对一小群关键靶基因的定向作用)需要在未来进行修订。

针对EMT的表观遗传治疗

在癌症发展过程中,罕见的CSC人群被认为会导致肿瘤的发生、复发和转移93-96这些细胞往往表现出一定的间充质特性,也比大块非CSC更能抵抗多种治疗药物的攻击,因此对获得良好的临床反应造成了很大障碍。表观遗传调控、CSC状态和上皮-间充质可塑性之间的分子联系的发现可能会揭示治疗干预的新靶点,更具体地说,是建议针对更多间充质CSC的治疗。

例如,恢复上皮相关调节因子的表达,包括某些microRNA(方框2图5)这有助于促进CSC分化为上皮状态,可能通过表观遗传疗法实现。DNA去甲基剂5-氮杂胞苷(5-azaC)似乎能够恢复上皮特异性microRNA miR-200的表达(参考文献。9798)因此,可能有助于通过诱导分化使CSC对传统治疗药物敏感。同样,靶向组蛋白去乙酰化酶sirtuin 1(SIRT1)活性的抑制剂可能有助于促进E-cadherin或miR-200的表达99100用5-azaC、曲古抑菌素A或两者联合治疗白血病细胞似乎可以阻止白血病的进展,其作用部分归因于诱导细胞分化或肿瘤抑制基因的重新激活101——103作为骨髓增生异常综合征和白血病联合治疗的一部分,这两种单一药物现已应用于一些临床环境101103104

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完整的microRNA转录调节器网络控制上皮-间充质可塑性。诸如miR-34、miR-200和let-7等微RNA通过与某些转录因子和表观遗传调节因子相互作用促进EMT或MET10125199128——130双向负反馈回路似乎是调节细胞在两种不同状态下的双稳态驻留的一个常见特征。

方框2

EMT的微调节器

一系列microRNA通过转录后抑制编码EMT-TF的mRNA来维持上皮表型。miR-200 microRNA家族和miR-205通过与ZEB1号机组ZEB2型(参考文献。128——130156——158). 在肿瘤形成的早期阶段,原发肿瘤中的大多数肿瘤细胞是上皮细胞;这种状态是通过靶向miR-200家族的表达来实现的ZEB1号机组ZEB2型mRNAs在其非翻译区的许多结合位点10激活EMT程序后,ZEB1和ZEB2的诱导通过直接抑制miR-200 microRNA的转录mir-200型发起人;由此导致的miR-200缺失减轻了ZEB1和ZEB2的抑制,从而维持间充质状态12因此,miR-200家族成员促进上皮分化,并且在浸润性乳腺癌细胞中失去表达。当ZEB1或ZEB2的表达因EMT诱导信号的丢失而下调时,MET发生相反的过程;这允许miR-200的重新表达。

miR-200还可以通过靶向SUZ12蛋白表达来表观遗传调节E-cadherin51在乳腺CSC中,miR-200的缺失增加了SUZ12的表达,这导致多梳介导的抑制CDH1型基因及其上调ZEB1号机组ZEB2型(参考51). 组蛋白去乙酰化酶SIRT1和miR-200进一步观察到microRNA和表观遗传调节因子之间的联系。TGF-β驱动的乳腺上皮细胞EMT可以上调SIRT1的表达,从而表观遗传学沉默mir-200型组蛋白脱乙酰化启动子99SIRT1和miR-200似乎参与了一个负反馈回路,因为miR-200靶向SIRT1的3¢非翻译区域。

有助于表型可塑性的微RNA自身受到表观遗传调控97159——162CpG岛超甲基化引起的表观遗传失活稳定地沉默mir-200型在对化疗药物耐药的高度侵袭性非小细胞肺癌以及浸润性膀胱癌和乳腺癌中观察到的启动子97160161有趣的是200毫升在支气管上皮细胞中观察到启动子,首先是通过H3K27me3的获得,然后是通过DNA甲基化,这些细胞对致癌物的暴露产生去分化反应162.用DNA脱甲基剂治疗可以缓解mir-200型启动子高甲基化与促进上皮细胞再分化98161同样,miR-200类似物的引入可恢复上皮表型,抑制肿瘤生长和转移,并赋予其他耐药细胞化疗敏感性97159

预防癌症转移的一个潜在策略可能包括使用上皮特异性microRNA(如miR-200、miR-34或let-7)迫使CSC分化为上皮状态,从而使其对传统疗法敏感。尽管microRNA疗法作为癌症管理的选择正在被越来越多地探索163,这些分子向实体肿瘤的传递仍然是一个巨大的障碍。然而,日益创新的合成、包装和输送这些核酸的方法可能会解决这些挑战164

最近,人们发现长非编码RNA(lncRNAs)主要通过表观遗传调控机制影响肿瘤发生和癌症进展165166例如,lncRNA HOTIAR的强制表达足以促进乳腺癌转移,通过与PRC2结合并调节PRC2和H3K27me3在整个基因组的某些位点的定位来实现这一点167168鉴于lncRNAs在基因表达的表观遗传控制中的作用日益突出,它们很可能在调节细胞状态转换方面具有新的功能。

尽管这种表观遗传疗法对少数癌症具有明显的临床疗效,但这些药物对正常细胞生理学和组织功能的长期影响仍存在争议。尽管这些药物可能通过影响某些靶向基因发挥作用,但它们对无数其他非靶向基因表达的影响无法轻易评估,这使得减少副作用毒性的尝试变得复杂。例如,一些研究指出,缺乏Dnmt1活性的小鼠的DNA低甲基化促进染色体不稳定并增加肿瘤发病率105——108此外,这种表观遗传调节剂可能会产生相互矛盾的病理后果,这取决于它们在癌症形成后何时应用:在肿瘤进展的早期阶段,这些药物可能导致间充质细胞在原发肿瘤内分化或阻止其进行细胞状态转换的能力;随后,它们可能通过作用于已经扩散到远处器官的癌细胞来促进转移定植。

虽然HDAC抑制剂在治疗某些血液肿瘤方面很有用,但到目前为止,它们对实体肿瘤,尤其是肿瘤的影响有限。这些抑制剂在调节细胞状态转换方面似乎也有相互矛盾的作用。早期的报告表明,HDAC,尤其是HDAC1和HDAC2,在以TGF-β依赖的方式促进EMT方面发挥了作用。事实上,HDAC活性的抑制被发现可以阻断肝细胞以及头颈部鳞癌细胞的细胞状态转换109——111然而,最近的研究发现HDAC抑制剂可以在前列腺癌和鼻咽癌细胞中诱导EMT112113因此,这些治疗对癌症的效用尚不清楚,需要仔细评估。

到目前为止,大多数表观遗传药物的目的是抑制表观遗传“写入器”和“橡皮擦”,这两种酶分别附着或去除各种组蛋白上的共价标记。最近的策略被应用于靶向表观遗传“读者”,后者识别并结合某些修饰组蛋白。有趣的是,这两个明显不相关的发现结合起来,揭示了一种抑制剂以细胞状态或类型特异性方式靶向表观遗传标志的能力。首先是成功开发了JQ1细胞可渗透小分子,该小分子与乙酰赖氨酸识别基序(称为溴代多巴胺)结合,从而抑制了溴代多巴素转录辅激活子BRD4的功能(参考文献。114115). 后来人们认识到,多个主转录因子和介体辅激活物复合物与某些基因组位点的同时结合在关键细胞身份基因上产生了所谓的“超级增强子”;事实上,BRD4是被发现与这种超级增强子结合的蛋白质之一116117。超级增强子定位于细胞状态不同的独特的相对较小的基因子集,这些复合物中单个关键成分(如介体或BRD4)的丢失会导致超级增强器介导的基因表达丢失。例如,超级增强子通常存在于关键致癌基因,例如MYC、,BRD4的抑制可能优先影响MYC的功能,并可能以高度选择性的方式靶向肿瘤细胞117沿着这些路线,似乎位于上皮或间充质状态的细胞在其基因组中携带不同组的活性超级增强子。由这种超级增强子调控的基因的身份可能为不同细胞状态的关键调控标志提供线索。因此,对含溴结构域蛋白质的抑制可能会破坏癌细胞在间充质状态下的持续驻留,这可能依赖于超级增强子驱动基因的活性来维持其在这种状态下的长期驻留。

视角

靶向癌症的新的表观遗传学疗法的开发将需要对区分间充质CSC和上皮非CSC的表观遗传学图谱进行更全面的描述。许多表观遗传酶和组蛋白阅读器,如溴代多巴胺和染色域蛋白,似乎在细胞状态之间有差异表达(W.L.T.,未发表的数据);这一观察结果表明,CSC对某些蛋白质具有依赖性,这些蛋白质可能被设计成针对这些蛋白质的小分子靶向118119事实上,针对CSCs的特定靶向性实施了类似的策略,CSCs更强烈地依赖于某些激酶信号网络,导致选择性消除间充质CSCs,而对大体积上皮部分影响甚微,原则上可以通过使用常规治疗剂来消除120,Tam等人,2013年。http://dx.doi.org/10.1016/j.ccr.2013.08.005

在未来几年中,染色质修饰酶可能会参与上皮细胞和间充质细胞状态程序的转录调控,从而参与EMT的调控。这些不同监管机构的行动也可能与EMT-TF的行动密切相关。再加上目前可实现的转录因子、染色质调节剂、组蛋白和DNA修饰标记全基因组定位的精确绘图,高分辨率、,EMT项目的组织和表达所依据的全基因组转录和表观遗传蓝图将在不久的将来产生。这些图谱可能会揭示基因组中以前未确定的标志性结构,如保守的调控序列元件和被新的转录调控因子占据的元件,包括参与转录调控各个方面的辅因子。

重要的是,正如这里所强调的,越来越明显的是,EMT程序并不是以简单的二进制方式运行,它控制着细胞在两种极端细胞状态之间的交替。相反,它现在被认识到是一个高度动态的过程,涉及一系列过渡和位于这两个端点之间的多个中间状态的频谱。细胞在这些替代状态之间的相互转化,导致观察到的表型可塑性,取决于尚不清楚的表观遗传调控机制的调节。因此,先前专注于这些极端状态的EMT研究现在必须开始以更精细的方式阐明调控这些中间状态的调节器,这些中间状态似乎是实际人类癌症中更典型的细胞。由此产生的信息可能会为EMT和MET项目启动期间发生的一些早期事件提供有价值的见解,并很可能揭示有关所涉及的上下文信号类型的线索。我们预计,这些信号,特别是那些起源于癌细胞附近微环境的信号,将被发现在通过EMT计划控制癌细胞进展方面发挥关键作用,从而决定肿瘤进展和癌症患者的临床结局。

致谢

我们感谢J.A.Krall的宝贵意见和T.DiCesare的插图。温伯格实验室的研究得到了美国国立卫生研究院(P01CA080111)、乳腺癌研究基金会、麻省理工学院路德维希分子肿瘤学中心和科茨沃尔德信托基金会的资助。R.A.W.是美国癌症协会和路德维希基金会的教授。W.L.T.由麻省理工学院路德维希分子肿瘤学中心提供支持。

脚注

竞争性财务利益:作者声明没有竞争性的经济利益。

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