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项目：20

1

跨越11个器官和4个发育阶段的大鼠RNA-Seq转录体Bodymap

（提交人提供）大鼠已被广泛用作评估化学毒性和了解药物机制的模型。然而，其跨多个器官或发育阶段的转录组尚未见报道。在这里，作为SEQC联盟工作的一部分，我们展示了通过对来自幼年、青春期、成年和老年Fischer 344大鼠11个器官的320个样本执行RNASeq而创建的综合大鼠转录体图。更多。。。
生物体：
褐家鼠
类型：
通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL14844型
320个样本
下载数据：TXT
系列
加入：
GSE53960标准
身份证件：
200053960

公共医学 PMC中的全文 类似研究 SRA运行选择器

2

大鼠microRNA BodyMap在11个器官、四个年龄段和两种性别中的分布

（提交人提供）大鼠已被广泛用作生物学研究的模型系统。然而，其microRNA（miRNA）转录组尚未建立。在这里，我们基于取自幼年、青春期、成年和老年Fischer 344大鼠11个器官的320个miRNA-seq样本构建了一个全面的大鼠miRNA-BodyMap。我们量化了993种大鼠miRNA的表达谱，其中包括268种新的miRNA候选物。更多。。。
生物体：
褐家鼠
类型：
通过高通量测序进行非编码RNA分析
平台：
GPL18694公司
320个样品
下载数据：CSV、XLSX
系列
加入：
GSE172269
身份证件：
200172269

公共医学 PMC中的全文 类似研究 SRA运行选择器

三。

SEQC毒理学研究：RNA-Seq数据集

（提交人提供）在综合研究设计的背景下评估了RNA-Seq和微阵列在转录组分析中的比较优势。来自Illumina RNA-Seq和Affymetrix微阵列的基因表达数据来自暴露于27种药物（包括7种作用模式）的大鼠肝脏；他们被分成训练集和测试集，并用实时PCR进行验证。
生物体：
褐家鼠
类型：
通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL17116型 GPL14844型
116个样品
下载数据：PDF、TXT
系列
加入：
GSE55347标准
身份证件：
200055347

公共医学 PMC中的全文 类似研究 SRA运行选择器

4

SEQC毒理学研究：微阵列数据集

（提交人提供）在综合研究设计的背景下评估了RNA-Seq和微阵列在转录组分析中的比较优势。来自Illumina RNA-Seq和Affymetrix微阵列的基因表达数据来自暴露于27种药物（包括7种作用模式）的大鼠肝脏；他们被分成训练集和测试集，并用实时PCR进行验证。投稿人：DrugMatrix，国家毒理学计划（NTP）
生物体：
褐家鼠
类型：
按数组进行表达式分析
平台：
GPL1355型
105个样品
下载数据：CEL
系列
加入：
GSE47875型
身份证件：
200047875

公共医学 PMC中的全文 类似研究 用GEO2R分析

5

用于化学风险评估的顶端和转录分离点之间的时间一致性

（提交人提供）没有毒性参考值的遗留化学品的数量，加上新化学品的开发速度，正压倒传统风险评估范式的能力。需要更有效的方法来定量评估化学风险。在这项研究中，大鼠被多次口服六种化学品，持续5天、2周、4周和13周。使用微阵列分析靶器官的传统组织学和器官重量变化以及转录变化。更多。。。
生物体：
褐家鼠
类型：
按数组进行表达式分析
平台：
GPL16985型
720个样本
下载数据：CEL
系列
加入：
第45892页
身份证件：
200045892

公共医学 类似研究 用GEO2R分析

6

苯并[a]芘处理HepG2细胞的转录组反应

（提交人提供）本超级系列由下列子系列组成。
生物体：
智人
类型：
按数组进行表达式分析；通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL9052型 GPL13695标准
16个样品
下载数据：CEL、TXT
系列
加入：
GSE36244标准
身份证件：
200036244

公共医学 类似研究 用GEO2R分析

7

HepG2细胞对苯并[a]芘处理的转录组反应（Affymetrix）

（提交人提供）全基因组转录组测量对于表征化学品的致癌机制和预测体外和体内试验的毒性类别（如遗传毒性）至关重要。DNA微阵列已经发展成为这方面的金标准。近年来，已开发出深度测序技术，有望以比微阵列更准确和无偏见的方式用RNA-seq测量转录组。更多。。。
生物体：
智人
类型：
按数组进行表达式分析
平台：
GPL13695标准
8个样本
下载数据：CEL、TXT
系列
加入：
GSE36243标准
身份证件：
200036243

公共医学 类似研究 用GEO2R分析

8

HepG2细胞对苯并[a]芘处理的转录组反应（RNA-Seq）

（提交人提供）全基因组转录组测量对于表征化学品的致癌机制和预测体外和体内试验的毒性类别（如遗传毒性）至关重要。DNA微阵列已经发展成为这方面的金标准。近年来，已开发出深度测序技术，有望以比微阵列更准确和无偏见的方式用RNA-seq测量转录组。更多。。。
生物体：
智人
类型：
通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL9052型
8个样本
下载数据：TXT
系列
加入：
GSE36242标准
身份证件：
200036242

公共医学 类似研究 用GEO2R分析SRA运行选择器

9

妊娠第12天猪子宫内膜转录组的深度测序

（提交人提供）猪胎在妊娠第11天到第12天期间，其滋养层膜经历快速分化和扩张。伴随着滋养层细胞的伸长、胚胎雌激素的产生，猪胚胎妊娠识别信号增强。胚胎附着于子宫表面上皮在第13天开始上皮绒毛膜胎盘形成。为了分析母体识别妊娠（MRP）过程中子宫内膜的转录组变化，使用Illumina RNA Seq对第12天妊娠动物（n=4）和相应的非妊娠对照（n=4）的子宫内膜RNA样本进行了深度测序。更多。。。
生物体：
苏斯克罗法
类型：
通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL15064型
8个样本
下载数据：GTF、TXT
系列
加入：
GSE48862型
身份证件：
200048862

公共医学 PMC中的全文 类似研究 SRA运行选择器

10

人类支气管内膜活检的下一代转录组测序（RNA-Seq）：哮喘与对照

（提交人提供）理由：哮喘的细胞和分子途径非常复杂。通过无偏见的转录组分析（RNA-Seq）可以提高理解力。假设和目的：我们假设哮喘患者和对照组之间整个人类支气管内膜活检的转录组特征不同。首先，我们研究了从适用于RNA-Seq的整个支气管活检中获取RNA的可行性。更多。。。
生物体：
智人
类型：
通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL14603型
2个样品
下载数据：CSV
系列
加入：
GSE38994标准
身份证件：
200038994

公共医学 类似研究 SRA运行选择器

11

RNA-Seq特应性皮炎转录组分析提供了对具有潜在治疗意义的新疾病机制的见解

（提交人提供）目的：提供证据证明RNA-seq可以将信息添加到其他技术已经发现的特应性皮炎转录组分析中，结果：RNA-seq为AD转录组IL-36和TREM-1提供了互补基因
生物体：
智人
类型：
通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL10999标准
40个样品
下载数据：TXT
系列
加入：
GSE65832标准
身份证件：
200065832

公共医学 类似研究 用GEO2R分析SRA运行选择器

12

使用全基因组RNA-seq评估小鼠大脑皮层卒中后转录组

（提交人提供）进行RNA测序，以分析缺血后小鼠皮层在多个再灌注时间点的转录组。在不同的再灌注时间点（6小时、12小时或24小时；每组三个独立的生物复制）从假手术和大脑中动脉闭塞（MCAO）手术的小鼠中分离RNA，转化为cDNA文库，并在NexSeq500仪器上用于Illumina深度测序。更多。。。
生物体：
小家鼠
类型：
通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL19057型
12个样品
下载数据：GTF
系列
加入：
GSE112348标准
身份证件：
200112348

公共医学 类似研究 SRA运行选择器

13

通过RNA-Seq揭示人类参考基因组中缺失的新转录序列

（提交人提供）这两个转录组测序数据集是由美国FDA领导的微阵列质量控制项目利用Illumina下一代测序技术建立的两个参考RNA样本生成的。参考RNA样品A（UHRR，目录#740000）由从10种不同来源的人类细胞系提取的总RNA组成：B淋巴细胞、脑、乳腺、宫颈、脂肪肉瘤、肝、巨噬细胞、皮肤、睾丸和T淋巴细胞。更多。。。
生物体：
智人
类型：
高通量测序的表达谱分析；通过高通量测序进行非编码RNA分析
平台：
GPL9115型
2个样品
下载数据：BED
系列
加入：
GSE30251标准
身份证件：
200030251

公共医学 PMC中的全文 类似研究 用GEO2R分析

14

RNA-Seq对人脑和不同细胞系中人类蛋白编码和非编码RNA的比较分析

（提交人提供）这两个转录组测序数据集是由美国FDA领导的微阵列质量控制项目利用Illumina下一代测序技术建立的两个参考RNA样本生成的。参考RNA样品A（UHRR，目录号740000）由从10种不同来源的人类细胞系中提取的总RNA组成：Blymphocyte、brain、breast、certculace、lipsomarcoma、liver、macrophage、skin、testis和T淋巴细胞。更多。。。
生物体：
智人
类型：
高通量测序的表达谱分析；通过高通量测序进行非编码RNA分析
平台：
GPL9115型
2个样品
下载数据：BED
系列
加入：
GSE30250标准
身份证件：
200030250

公共医学 PMC中的全文 类似研究 用GEO2R分析

15

脑和各种细胞系的RNA-seq

（提交人提供）本超级系列由下列子系列组成。
生物体：
智人
类型：
高通量测序的表达谱分析；通过高通量测序进行非编码RNA分析
平台：
GPL9115型
4个样品
下载数据：BED
系列
加入：
GSE30222标准
身份证件：
200030222

公共医学 PMC中的全文 类似研究 SRA运行选择器

16

Affymetrix HTA阵列和Illumina RNAseq在肿瘤分析中的性能比较

（提交人提供）本超级系列由下列子系列组成。
生物体：
智人
类型：
按数组进行表达式分析；通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL17585型 GPL11154号机组
36个样品
下载数据：CEL
系列
加入：
GSE84788
身份证件：
200084788

公共医学 PMC中的全文 类似研究 用GEO2R分析

17

Affymetrix HTA阵列和Illumina RNAseq在肿瘤分析中的性能比较

（提交人提供）在这里，我们比较了Affymetrix HTA 2.0微阵列和Illumina 2000 RNA测序技术在从肺鳞状细胞癌患者收集的临床样本上的性能。
生物体：
智人
类型：
按数组进行表达式分析
平台：
GPL17585型
18个样品
下载数据：CEL
系列
加入：
GSE84784型
身份证件：
200084784

公共医学 PMC中的全文 类似研究 用GEO2R分析

18

Affymetrix HTA阵列和Illumina RNAseq在肿瘤分析中的性能比较[RNA-seq]

（提交人提供）在这里，我们比较了Affymetrix HTA 2.0微阵列和Illumina 2000 RNA测序技术在肺鳞癌患者临床样本中的性能。
生物体：
智人
类型：
通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL11154号机组
18个样品
下载数据：TXT
系列
加入：
GSE84776型
身份证件：
200084776

公共医学 PMC中的全文 类似研究 用GEO2R分析SRA运行选择器

19

RNA-seq分析生成了一个完整的转录组图谱，并揭示了中国HBV相关肝细胞癌的复杂转录模式

（提交人提供）RNA-seq是在基因和外显子水平全面表征整个转录组的有力工具，具有识别新剪接变体的独特能力。迄今为止，HBV相关HCC的RNA-seq分析尚未见报道。在本研究中，我们在Solexa/Illumina GAII平台上使用36bp单端测序方法对来自中国HBV相关肝癌患者的10对匹配的癌组织和非癌组织进行转录组分析。更多。。。
生物体：
智人
类型：
通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL9052型
20个样品
下载数据：TXT
系列
加入：
GSE25599标准
身份证件：
200025599

公共医学 PMC中的全文 类似研究 用GEO2R分析SRA运行选择器

20

高分辨率昆士兰Amphimedon转录组时间进程

（提交人提供）昆士兰Amphimedon海绵59个单胚胎和幼虫样本的转录组数据
生物体：
大堡礁海绵
类型：
通过高通量测序进行表达谱分析
平台：
GPL18214公司
59个样品
下载数据：CSV、GTF
系列
加入：
GSE54364标准
身份证件：
200054364

公共医学 PMC中的全文 类似研究 SRA运行选择器

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