下载GEO数据

各种格式和补充文件的实验系列下载链接在每个GEO系列记录的底部提供。这些文件使用gzip（.gz或.tgz扩展名）进行压缩。要解压缩和读取这些文件，请使用WinZip或7-拉链.

所有GEO记录和原始数据文件均可从我们的FTP站点。请参阅我们的自述文件有关目录结构和文件格式的详细信息。然而，GEO现在拥有如此大量的提交，以至于一些父目录由于超时错误，无法再使用web浏览器访问。在这种情况下，需要绕过父目录，直接转到目标目录，例如，对于GSE1000系列：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1000/matrix公司/

请注意，FTP站点上的大多数文件都是使用gzip（.gz或.tgz扩展名）进行压缩的。要解压缩和读取这些文件，请使用WinZip或7-拉链.或者，如果您有UNIX，请使用tar和gunzip命令来解压缩文件，例如。，

命令行： $tar-xf GSExxxx_RAW.tar
$gunzip*gz

提供了有关访问NCBI FTP服务器和优化批量FTP传输的更多一般信息在这里.

如果您计划执行大量下载，您可能会考虑高吞吐量文件传输使用Aspera Connect-请联系我们geo@ncbi.nlm.nih.gov了解详细信息。

这个登录显示栏位于每个GEO记录的顶部并可用于下载或查看完整或部分记录或相关平台，样品和系列记录。这个范围该功能允许显示单个登录号（Self）或与该加入相关的任何（平台、样本或系列）或所有（系列）记录。数量指示显示的数据量，选项仅包括元数据（Brief），元数据和数据表的前20行（快速），仅数据表（数据），或完整元数据/数据表记录（完整）。格式控制记录是以HTML、SOFT（纯文本）还是MINiML（XML）格式显示。

使用上述访问显示栏的另一种方法是构造一个URL来检索数据。URL的格式如下：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi？符合=gpl96&防水布=自身&看法=简短&形式=文本

此URL将检索包含登录GPL96“简要”视图的文本文件。

每个组件的可能值为：

• 符合=有效的GEO加入，即gplxxx、gsmxxx或gsexxx
• 防水布=自身、gsm、gpl、gse或全部
• 看法=简短、快速、数据或完整
• 形式=文本、html或xml

请注意，当选择html格式进行特别大的检索时，浏览器可能会超时。或者，如果您有perl，可以使用此机制检索数据，如下所示：

$perl-MLWP:：Simple-e“getprint”https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi？acc=GSM313800&targ=self&view=full&form=text'"

可以使用一套称为Entrez编程实用程序（E-Utils），请参阅更多信息。。。

可以使用Entrez GEO数据集接口。通过将页面顶部的工具栏设置为“发送到：文件”，可以导出结果。

链接到DataSet SOFT文件可以在每个数据集记录的“下载”按钮下找到。这些文件使用gzip（.gz或.tgz扩展名）进行压缩。要解压缩并读取这些文件，请使用WinZip或7-拉链.

所有GEO数据集记录都可以从我们的FTP站点.这些文件使用gzip（.gz扩展名）进行压缩。要解压缩和读取这些文件，请使用WinZip或7-拉链. 或者，如果您有UNIX，请使用gunzip命令解压缩文件，例如。，

命令行： $gunzip*gz

可以使用一套称为Entrez编程实用程序（E-Utils），请参阅更多信息。。。

使用顶部的“下载配置文件数据”按钮Entrez GEO配置文件检索页下载查询中找到的基因的表达值。

可以导出Entrez GEO数据集和Entrez GEO配置文件文档摘要（按设置）将页面顶部的工具栏设置为“发送到：文件”。