查询GEO数据集和GEO配置文件

快速示例

该数据库存储原始提交者提供的研究描述以及策划的基因表达数据集。数据集是GEO高级数据显示和分析工具的基础，包括基因表达谱图和聚类。

搜索示例：

搜索依据。。。	搜索文本
自由文本	吸烟性癌症
关键词和种类	（吸烟或饮食）和（哺乳动物[生物体]非人类[生物体]）
在NIH路线图表观基因组学项目	“表观基因组学路线图”[项目]
研究类型	“通过高通量序列分析表达式”[DataSet Type]
对100至500个样本的研究	100:500[样本数]
CEL文件研究	“cel”[补充文件]
将“年龄”作为实验变量的数据集	“年龄”[子集变量类型]
作者	史密斯a[作者]
2007年1月至6月出版	2007/01:2007/06【出版日期】
平台加入	GPL570型
PubMed标识符研究	“gds pubmed”[过滤器]

该数据库存储来自精选数据集的单个基因表达谱。基于基因注释或预先计算的剖面特征搜索感兴趣的剖面。

搜索示例：

搜索依据。。。	搜索文本
自由文本	吸烟P450
基因符号	CYP1A1[基因符号]
数据集中包含特定关键字的基因符号	（CYP1A1[Gene Symbol]或ME1[Gene Symbol]）和（吸烟或饮食）
特定数据集中的部分基因名称	激酶【基因描述】与GDS182
GenBank加入	NM_014033号
特定数据集中的基因本体（GO）术语	凋亡【基因本体论】与GDS182
染色体区域和种类	（8[染色体]和10000:300000[基础位置]）和小鼠[生物体]
在检验代理效果的数据集中显示子集效应的基因	agent[标志信息]和“值子集效果”[标志类型]
平台加入	GPL570型

如何构造查询

GEO数据集和GEO配置文件是NCBI的一部分Entrez数据库网络. 与这些其他数据库一样，只需在GEO数据集或GEO配置文件搜索框。链接在GEO数据集和GEO配置文件页面顶部的高级搜索和限制页面，极大地帮助构建复杂查询。要构造复杂查询，请指定搜索词、其字段和布尔运算使用以下语法执行术语：术语[字段]操作员术语[字段哪里学期是搜索词，领域是搜索字段，并且操作员是布尔运算符（'AND'、'OR'、'NOT'必须大写）。
下表提供了其他查询构造注释和功能：

注释和功能	例子
中提供了所有支持字段的完整列表和说明下表.	表中提供了每个字段的搜索示例
字段可以通过全名或别名指定。全名和别名列在下表.	gds[条目类型]和gds（希腊语）执行相同的搜索
一些字段有一个允许搜索词的固定列表，其他字段是自由文本。这个下表指示哪些字段具有固定列表。通过从下拉菜单中选择相关字段并单击“显示索引”，可以在“高级搜索”页面上浏览允许的术语列表。	“年龄”是“子集变量类型”字段的固定术语年龄[子集变量类型]
使用引号表示短语。	盐胁迫检索描述中任何地方都提到盐和压力的研究，而 “盐胁迫” 检索单词作为短语存在的研究
使用括号正确组合多个搜索条件。括号中的术语将作为一个单元进行处理，然后合并到整个搜索中。	人类[有机体]和（烟熏或饮食）特别检索了提及吸烟或饮食的人类研究，而人类[有机体]与烟雾或饮食还返回了所有涉及饮食的研究，不管是什么生物体
使用星号以使用通配符扩展搜索。通配符可以放在文本字符串的开头或结尾，但不能放在中间。	烟雾*将检索包含诸如smoke、smoking或smoker等单词的文档
使用冒号表示范围。	2007/01:2007/06[出版日期] 检索2007年1月至6月发表的研究
使用“高级搜索”页面底部的“历史记录”部分合并以前的查询或查找多个查询的交集。您最近执行的每个查询都分配了一个特定的编号，可以包含在搜索语句中。	#1不是#2 （#1或#2）和人类[有机体]

查询字段和示例

字段全名	字段别名	描述	搜索术语值和规则	例子
所有字段	所有人*	所有可搜索字段中的所有术语。默认字段。	支持自由文本、通配符（*）	查找包含“癌症”一词的任何记录癌症[所有领域]
作者	AUTH，AU，作者姓名	与研究相关的贡献者或作者	自由文本，支持通配符（*），作者缩写是可选的	查找由A Smith编写的记录史密斯a[作者]
数据集类型	GTYP、gdsType	数据集或系列类型	固定列表，检查高级搜索索引术语列表页面	查找通过高通量测序检查基因表达的所有研究通过高通量序列分析表达式
描述	DESC、DSC、DESCR	数据集、系列或示例描述、摘要和其他元数据字段中提供的文本	支持自由文本、通配符（*）	查找描述中包含吸烟相关术语的研究烟雾*
条目类型	ETYP，条目类型	记录类型	固定列表，使用gds（DataSet）、gse（Series）或gpl（Platform）	仅查找数据集记录 gds[条目类型]
过滤器	过滤器、过滤器、子集、SB、过滤器	筛选与其他NCBI数据库链接的记录	固定列表，检查高级搜索索引术语列表页面	查找具有PubMed链接的记录 gds pubmed[过滤器]
GEO加入	ACCN，加入	GEO加入编号	有效的数据集（GDS）、平台（GPL）、样本（GSM）或系列（GSE）加入	查找在平台GPL570上执行的所有研究 GPL570[GEO加入]
MeSH条款	网格、MH、SUBH、SH、副标题	医学主题标题（MeSH）术语	医学主题标题（MeSH）术语，支持通配符（*）	查找具有MeSH项甲基化的记录甲基化[MeSH术语]
平台探测器数量	NPRO，n_探头	平台探测ID数	integer，支持范围函数	查找具有超过100万个探测器的平台 1000000:100000000[平台探头数量]
样品数量	NSAM，n_样本	数据集或序列中的样本数	整数，支持范围函数	查找100到500个样本的研究 100:500[样本数]
有机体	ORGN、PORGN、原生生物	有机体名称	NCBI分类术语、支持通配符（*）、分类谱系中的所有级别和通用名称都被索引	查找对小鼠进行的研究小家鼠[生物体]
平台技术类型	PTYP、ptechType	平台类型	固定列表，检查高级搜索索引术语列表页面	查找使用下一代测序技术进行的所有研究高通量排序[平台技术类型]
项目	项目	特色项目数据	固定列表，使用路线图表观基因组学、编码、导频编码或modencode	在NIH路线图表观基因组学项目中查找研究表观基因组学路线图
出版日期	PDAT、DP	记录发布日期	格式YYYY/MM，支持范围函数	查找2007年1月至6月期间发表的研究 2007/01:2007/06[出版日期]
相关平台	RGPL，相关GPL	检索指定数据集或序列的平台	有效的数据集（GDS）或系列（GSE）加入	查找与GSE22474相关的平台 GSE22474[相关平台]
相关系列	RGSE，相关GSE	检索指定数据集或平台的序列	有效的数据集（GDS）或平台（GPL）加入	查找与GPL570相关的系列 GPL570[相关系列]
报告者标识符	GEID、seqacc、clone、orf、unigene、基因标识符	平台探头的名称或标识符；仅适用于经过再吸入管线的平台	支持自由文本、通配符（*）	查找包含与Arg1对应的探测的数据集 Arg1[报告器标识符]
样品来源	SRC，源	样品生物材料的来源；警告：提交者提供的字段，未管理	支持自由文本、通配符（*）	用大脑样本进行研究大脑[样本源]
样品类型	STYP，样本类型	样品类型或分子	固定列表，检查高级搜索索引术语列表页面	寻找使用蛋白质样本的研究蛋白质[样品类型]
示例值类型	VTYP、valType	样本值类型；仅适用于管理的数据集	固定列表，检查高级搜索索引术语列表页面	查找具有对数比率样本值的数据集对数比[样本值类型]
提交机构	INST，研究所	提交人账户中给出的机构或组织	自由文本	查找Broad Institute提交的数据布罗德研究所[研究所]
子集描述	SSDE、SSDESC	数据集子集描述	支持自由文本、通配符（*）	查找子集描述中包含术语“男性”的数据集男[子集描述]
子集变量类型	SSTP、SSTYPE	数据集实验变量的名称	固定列表，检查高级搜索索引术语列表页面	查找将“年龄”作为实验变量的数据集年龄[子集变量类型]
补充文件	SFIL、SFILE、suppFile	补充文件类型名称	支持自由文本、通配符（*）	查找包含Affymetrix CEL文件的研究 cel[补充文件]
标签长度	TAGL，标记长度	基本对中的SAGE或MPSS标签长度	整数	查找10个碱基对SAGE数据 10[标签长度]
标题	标题，标题，TI	数据集、系列、平台和示例标题中的文本	支持自由文本、通配符（*）	查找标题中出现“Affymetrix”的记录 Affymetrix[标题]
更新日期	UDAT公司	上次更新记录的日期	格式YYYY/MM，支持范围函数	查找2010年6月期间更新的记录 2010/06[更新日期]

字段全名	字段别名	描述	搜索词值和规则	例子
所有字段	所有人*	所有可搜索字段中的所有术语。默认字段。	支持自由文本、通配符（*）	在调查吸烟的数据集中查找P450基因烟雾*和P450
注释类型	ATYP，注释_类型	注释的来源	固定列表，使用基因、核苷酸、unigene或蛋白质	使用基于基因的注释查找配置文件基因[注释类型]
基本位置	CPOS、CPOSITION、CHRPOS	染色体上的碱基对位置	整数，支持范围函数，必须与染色体字段结合使用	在小鼠8号染色体上找到介于10000到3000000个基本位置之间的轮廓（8[染色体]和10000:300000[基础位置]）和小鼠[生物体]
染色体	CHR、染色体、CH、铬	染色体编号或名称	染色体编号或名称	在小鼠8号染色体上找到介于10000到3000000个基本位置之间的轮廓（8[染色体]和10000:300000[基础位置]）和小鼠[生物体]
数据集类型	GTYP，gds类型	数据集类型	固定列表，检查高级搜索索引术语列表页面	查找MPSS配置文件通过mpss进行表达式评测[DataSet Type]
过滤器	过滤器、过滤器、子集、SB、过滤器	筛选与其他NCBI数据库链接的记录	固定列表，检查高级搜索索引术语列表的预览/索引页	查找具有NCBI基因数据库链接的配置文件地理基因[过滤器]
标志信息	FINF，FLAG_INFO，注释	特定的配置文件子集类型对于其中一个子集效应找到。GEO数据集被划分为反映实验设计。如果配置文件在实验变量。注意：子集效应评分方法是临时的，考虑到账户组中位数、平均值、组内偏差、罚款和任意截止阈值。此标志只是一种尝试潜在差异调节基因的可见性更高，而不是旨在提供对重要性的绝对确定。	固定列表，检查高级搜索索引术语列表页面	查找表现出年龄或发展阶段子集效应的个人资料年龄[Flag Information]或发展阶段[Flag信息]
标志类型	FTYPE（飞行类型）、FLAG_TYPE（标志类型）	显示特定类型的配置文件子集效应. GEO数据集被划分为反映实验设计。如果配置文件在实验变量。注意：子集效应评分方法是临时的，考虑到账户组中位数、平均值、组内偏差、罚款和任意截止阈值。此标志只是一种尝试潜在差异调节基因的可见性更高，而不是旨在提供对重要性的绝对确定。	固定列表，检查高级搜索用于索引术语列表	查找表现出秩子集效应的配置文件秩子集效应
GDS文本	GDST、GDStxt	数据集标题和摘要中的文本	支持自由文本、通配符（*）	查找肌营养不良调查数据集的配置文件肌营养不良
GEO加入	ACCN，加入	GEO加入编号	有效的数据集（GDS）、平台（GPL）、样本（GSM）或系列（GSE）加入	查找平台GPL570的配置文件 GPL570[GEO加入]
地理描述/标题文本	GEOT、TI、GEOtxt	数据集或系列描述、标题和其他元数据字段中提供的文本	支持自由文本、通配符（*）	从研究阿司匹林的研究中寻找资料阿司匹林[GEO说明/标题文本]
GI公司	GI公司	映射的GenBank标识符	整数	查找GenBank Identifier 89145416的配置文件 89145416【GI】
基因描述	GDSC、GEND、别名、GENE、GeneDesc	基因描述和别名来自Gene，标题来自UniGene。	支持自由文本、通配符（*）	在GDS182中发现激酶基因激酶【基因描述】与GDS182
基因本体论	GO（开始）	基因本体术语	基因本体论（GO）术语，支持通配符（*）	在GDS182中发现凋亡基因凋亡【基因本体论】与GDS182
基因符号	SYMB，基因符号	来自Gene或UniGene的基因符号	支持自由文本、通配符（*）	找到CYP1A1基因 CYP1A1[基因符号]
ID_REF（标识_参考）	ID、ID_REF	GEO平台ID、SAGE标签、Affy ProbeSet ID	支持自由文本、通配符（*）	查找Affymetrix问题ID 218973_at的配置文件 218973_位于[ID_REF]
最大值排名	RMAX、RNKMX	数据集中任何样本的最大值百分位秩	整数，0-100，支持范围函数	查找最大秩百分位位于第一个百分位的基因（即低表达基因） 1[最大值排名]
最小值排名	终端，RNKMN	数据集中任何样本的最小值百分位秩	整数，0-100，支持范围函数	查找最低排名百分位在第100个百分位（即高表达基因）的配置文件 100[最小值排名]
样品数量	NSAM，n_样本	数据集中的样本数	整数，支持范围函数	查找包含100到200个样本的配置文件 100:200[样品数量]
有机体	ORGN公司	有机体名称	NCBI分类术语、支持通配符（*）、分类谱系中的所有级别和通用名称都被索引	查找鼠标配置文件小家鼠[生物体]
平台报告器类型	RTYP，代表类型	用于注释的平台报告程序类型	固定列表，检查高级搜索索引术语列表页面	查找克隆ID是注释基础的配置文件小家鼠[生物体]
分级标准偏差	RSTD、RNSTD	与数据集中所有其他配置文件相比，配置文件标准偏差的百分比排名	整数，0-100，支持范围函数	查找具有高标准偏差的剖面 100[分级标准偏差]
报告者标识符	名称、标识符、基因标识符	平台探头的名称或标识符	支持自由文本、通配符（*）	查找包含对应于Arg1的探针的配置文件 D00636[报告者标识符]
样品来源	SRC，源	样品生物材料的来源；警告：提交者提供的字段，未管理	自由文本，支持通配符（*）	使用大脑样本查找个人资料大脑[样本源]
示例值类型	VTYP，值类型	样本值类型	固定列表，检查高级搜索索引术语列表页面	查找具有对数比率样本值的配置文件对数比[样本值类型]