SingscoreAML变化
使用singscore从转录组特征预测AML突变
生物导体版本：释放（3.19）
此工作流包显示了如何使用转录组签名推断表型。工作流程首先显示如何使用TCGAbiolinks包下载和处理TCGA AML转录组数据。然后，它显示了如何使用来自MSigDB的singscore包和签名对样本进行评分。最后，显示了分数在预测AML特定突变方面的预测能力。该工作流程展示了生物导体包之间的相互作用，以实现基因集水平的分析。
作者：Dharmesh D.Bhuva[奥特，克]
，莫梅内·福鲁坦[aut]，易解[aut]，鲁谦·吕[aut]，马尔维卡·哈尔班达[aut'，约瑟夫·柯森（Joseph Cursons）[aut]，梅丽莎·戴维斯[aut]
维护人员：Dharmesh D.Bhuva<Bhuva.D at wehi.edu.au>
引文（从R中输入引文（“SingscoreAMLMutations”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“SingscoreAMLMutations”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“SingscoreAMLMutations”）
细节
| 生物视图 |
GeneExpressionWorkflow（通用表达式工作流）,基因组变异体工作流,免疫肿瘤学工作流,工作流 |
| 版本 |
1.20.0 |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=4.1.0） |
| 进口 |
数据转换器,边缘R,ggplot2,额外网格,GSEA基地,麦克卢斯特,组织Hs.eg.db,普利尔,重塑2,rtracklayer公司,单一得分,总结性实验,TCG生物链,生物文件缓存 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAML计算 |
| 错误报告 |
https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
