单一.mTEC。转录组

小鼠mTEC细胞单细胞转录组数据及分析


生物导体版本:释放(3.19)

该数据包包含用于分析单细胞RNA-seq的代码和来自题为“单细胞转录组分析揭示了髓质胸腺上皮细胞中协调的异位基因表达模式”的手稿的大量ATAC-seq数据。本文发表于《自然免疫学》16933-941(2015)。此包中提供的数据对象已经过预处理:可以从ArrayExpress下载原始数据文件,登录标识符为E-MTAB-3346和E-MTAB-3 624。这个数据包的小插曲提供了一个文档化的、可复制的工作流,其中包括用于从手稿中生成每个统计数据和数字的代码。

作者:亚历杭德罗·雷耶斯

维护人员:亚历杭德罗·雷耶斯<Alejandro.Reyes.ds at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“Single.mTEC.Transcriptomes”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“Single.mTEC.Transcriptomes”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“Single.mTEC.Transcriptomes”)
单细胞mTEC数据分析。 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式

细节

生物视图 实验数据
版本 1.32.0
许可证 LGPL公司
取决于 R(>=3.5.0)
进口
系统要求
统一资源定位地址
查看更多
建议 DESeq2公司,基因组范围,基因组特征,基因过滤器,随机反演,格达塔,R彩色啤酒,ggplot2,gplots(gplots),集群,线索,网格,额外网格,ggbio公司,Gviz公司,基因绘图仪,矩阵统计,情势图,仿生风格,针织物,生物并行
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 单一.mTEC。成绩单_1.32.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Single.mTEC.翻译
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Single.mTEC。转录组
包短Url https://bioconductor.org/packages/Single.mTEC.翻译/
软件包下载报告 下载统计信息