锌波
RNA-Seq数据的零膨胀负二项模型
生物导体版本:释放(3.19)
实现了一个通用且灵活的零膨胀负二项模型,可用于提供单细胞RNA-seq数据的低维表示。该模型考虑了零通货膨胀(辍学)、过度分散和数据的计数性质。该模型还考虑了库大小的差异,并可选地考虑了批处理效应和/或其他协变量,从而避免了对数据进行预归一化的需要。
作者:大卫·里索[aut,cre,cph],斯维特拉娜·格里布科娃[aut],范妮·佩劳多[aut',珍妮·菲利佩[aut]
维护人员:Davide Risso<gmail.com上的Risso.Davide>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“zinbwave”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“zinbwave”)
细节
生物视图 |
尺寸缩减,基因表达式,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录组学 |
版本 |
1.26.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.6(R-3.4)(7年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=3.4),方法,总结性实验,单细胞实验 |
进口 |
BiocParallel公司,softImpute软件,统计,基因过滤器,边缘R,矩阵 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/drisso/zinbwave/issues网站 |
查看更多
建议 |
针织物,rmarkdown公司,测试那个,矩阵统计,马格里特,scRNA序列,ggplot2,生物反应器,仿生风格,Rtsne公司,设计2,稀疏矩阵统计 |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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导入我 |
河坝的,集群实验,scBFA公司,单细胞TK,数字DLSorteR,空间DDLS |
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程序包档案
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