scBFA公司

一种使用基因检测模式降低scRNA-seq噪声表达谱的降维工具

生物导体版本：释放（3.18）

该软件包旨在通过二元因子分析模型对scRNA-seq的基因检测模式进行建模。该模型允许用户传递到细胞级协变量矩阵X和基因级协变量阵Q中，以解释干扰方差（例如批处理效应），并将输出低维嵌入矩阵用于下游分析。

作者：李若欣[aut，cre]，Gerald Quon[aut]

维护人员：李若欣（Ruoxin Li）<uskli at ucdavis.edu>

引文（从R中输入引文（“scBFA”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）生物管理器：：安装（“scBFA”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“scBFA”）

生物视图	ATACSeq公司,BatchEffect（批次效果）,尺寸缩减,基因表达式,KEGG公司,质量控制,单个单元格,软件,转录组学
版本	1.16.0
在生物导体中	生物技术3.10（R-3.6）（4.5年）
许可证	GPL-3+文件许可证
取决于	R（>=3.6）
进口	单细胞实验,总结性实验，修拉，马萨诸塞州，锌波，stats，copula，ggplot2，DESeq2公司，utils，网格，方法，矩阵
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/ucdavis/quon-titative-biology/BFA
错误报告	https://github.com/ucdavis/quon-titative-biology/BFA/issues

建议	knitr、rmarkdown、testhat、Rtsne
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在您的R会话中使用此软件包的说明。

源程序包	scBFA_1.16.0.tar.gz格式
Windows二进制	scBFA_1.16.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	scBFA_1.16.0.tgz型
macOS二进制（arm64）	scBFA_1.16.0.tgz型
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scBFA
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/scBFA
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scBFA/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/scBFA/
软件包下载报告	下载统计信息