转录本R

基于ChIP-和RNA-Seq的初级转录检测和定量的集成工具

生物导体版本：释放（3.19）

正在测序的RNA类型的差异会对测序结果产生影响。mRNA-seq数据丰富了来自外显子的读码，而GRO-、nucRNA-和chrRNA-seq-显示了外显子和内含子区域的广泛覆盖范围。在GRO-seq类型的数据中，内含子读取的存在使它可以用于计算识别和量化分布在基因组中的所有从头开始的连续转录区域。然而，与mRNA-seq相比，这类数据的解释更具挑战性，且不太常见。初级转录检测面临的挑战之一是紧密间隔基因的同步转录，需要将其正确划分为各个转录单元。R包转录物R结合了组蛋白修饰的RNA-seq数据和ChIP-seq数据，这些组蛋白修饰标记了活性转录起始位点（TSS），如H3K4me3或H3K9/14Ac，以克服这一挑战。与使用基因注释相比，这种方法的优势在于，这种方法是数据驱动的，因此也能够处理新的和特定于案例的事件。此外，整合ChIP和RNA-seq数据可以识别给定样本中所有已知和新的活性转录起始位点。

作者：Armen R.Karapetyan<Armen.karapetyan87，网址：gmail.com>

维护人员：Armen R.Karapetyan<Armen karapetyan87在gmail.com上>

引文（从R中输入引文（“转录本R”）):

安装

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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“转录本R”）

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文档

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转录本R：一种基于ChIP和RNA-seq的初级转录物检测和量化的综合工具	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	新闻报道,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,软件,转录
版本	1.32.0
在生物导体中	生物多样性3.3（R-3.3）（8年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=3.5.0），方法
进口	生物遗传学,插入符号,芯片序列,e1071号,基因组比对,基因组范围,基因组特征,基因组信息Db,ggplot2、图形、grDevices、，I范围(>= 2.11.15),pROC公司,重塑2,Rsamtools公司,rtracklayer公司,S4载体，统计，实用程序
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格,针织物,rmarkdown公司,TxDb（发送日期）。Hsapiens。UCSC.hg19.known基因,测试
链接到
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程序包档案

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源程序包	转录本R_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	转录R_1.32.0.zip
macOS二进制（x86_64）	转录本R_1.32.0.tgz
macOS二进制（arm64）	转录本R_1.32.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transcriptR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/转录本R
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/transcriptR/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/transcriptR/
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