tidy单细胞实验
将单细胞实验引入潮汐宇宙
生物导体版本:释放(3.19)
“tidySingleCellExperiment”是一个适配器,它以“tible”的形式抽象了“SingleCell Experience”容器。这允许“整洁”的数据操作、嵌套和绘图。例如,“tidySingleCellExperiment”与“tidyverse”包“dplyr”和“tidyr”中的函数以及使用“ggplot2”和“plotly”绘制的函数直接兼容。此外,该软件包还提供了特定于单细胞组学数据分析的各种实用功能(例如,将细胞级数据聚合为伪块)。
作者:斯特凡诺·曼吉奥拉[aut,cre]
维护人员:Stefano Mangiola<mangiolastefano at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“tidySingleCellExperiment”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“tidySingleCellExperiment”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“tidySingleCellExperiment”)
细节
生物视图 |
分析域,群集,差异表达式,基因表达式,基础设施,规范化,质量控制,RNA序列,排序,单个单元格,软件 |
版本 |
1.14.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.12(R-4.0)(4年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.3.0),单细胞实验 |
进口 |
数字播放器,第三年,tt服务(>= 0.4.0),总结性实验,易怒的,ggplot2,马格里特,爱尔兰航空公司,呜呜声,pkg配置,生命周期、方法、实用程序,S4载体,潮汐选择,省略,压控变压器,支柱,字符串,克莱,范西,矩阵,统计信息 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
https://github.com/stemangiola/tidySingleCell实验 |
错误报告 |
https://github.com/stemangiola/tidySingleCellExperiment/issues |
查看更多
建议 |
仿生风格,测试那个,针织物,rmarkdown公司,单细胞信号,单个R,散射,尖叫声,潮汐热图,记录仪,GGally公司,超高速,细胞索引,同上顺序,巧妙地 |
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增强功能 |
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取决于我 |
tidy空间实验 |
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潮汐学 |
建议我 |
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程序包档案
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