svaRetro公司
结构变异的逆转录转座子检测
生物导体版本：释放（3.19）
svaRetro包含从结构变量调用中检测逆转录转座子（RT）的函数。它在断端符号的G范围内接受结构变量调用，并通过外显子-外显子连接和插入位点识别RT。候选RT由事件报告，并用插入的成绩单信息进行注释。
作者：东瑞宁[aut，cre]
维护人员：Ruining Dong在gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“svaRetro”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignette（“svaRetro”）
细节
| 生物视图 |
注释,新闻报道,数据导入,遗传学,排序,软件,变量注释,变量检测 |
| 版本 |
1.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.14（R-4.1）（3年） |
| 许可证 |
GPL-3+文件许可证 |
| 取决于 |
基因组范围,rtracklayer公司,生物遗传学,结构变量注释，R（>=4.0） |
| 进口 |
变量注释,断言,生物串,字符串,数字播放器、方法、，爱尔兰航空公司,基因组特征,基因组信息Db,S4载体，实用程序 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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| Bug报告 |
https://github.com/PapenfussLab/svaRetro/issues |
查看更多
| 建议 |
TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,ggplot2,开发工具,测试那个(>= 2.1.0),氧气2,针织物,仿生风格,plyranges系列,绕圈子,tictoc公司,I范围，统计，总结性实验,rmarkdown公司 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
