svaNUMT公司
结构变量调用的NUMT检测
生物导体版本：释放（3.19）
svaNUMT包含从结构变量调用中检测NUMT事件的函数。它接受断裂符号GRanges中的结构变量调用，并通过核-线粒体断裂连接识别NUMT。如果在一定距离阈值内的核基因组上发现一对有效的插入位点，则主功能报告候选NUMT。候选NUMT由事件报告。
作者：东瑞宁[aut，cre]
维护人员：Ruining Dong在gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“svaNUMT”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“svaNUMT”）
细节
| 生物视图 |
注释,数据导入,遗传学,排序,软件,变量注释 |
| 版本 |
1.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.14（R-4.1）（3年） |
| 许可证 |
GPL-3+文件许可证 |
| 取决于 |
基因组范围,rtracklayer公司,变量注释,结构变量注释,生物遗传学,生物串，R（>=4.0） |
| 进口 |
断言,字符串,数字播放器、方法、，拉朗,基因组信息Db,S4载体,基因组特征,pwalling（pwallign） |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
|
| 错误报告 |
https://github.com/PapenfussLab/svaNUMT/问题 |
查看更多
| 建议 |
TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,ggplot2,开发工具,测试那个(>= 2.1.0),氧气2,针织物,阅读器,plyranges公司,绕圈子,I范围,总结性实验,rmarkdown公司 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
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| 链接到我 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
