斑点

分析单细胞RNA-seq数据的统计方法

生物导体版本：释放（3.19）

散斑软件包包含分析单细胞RNA-seq数据的功能。散斑软件包目前包含分析细胞类型比例差异的功能。还有一些函数可以根据给定的计数矩阵估计Beta分布的参数，还有一个函数可以将计数矩阵归一化为中值库大小。有绘图功能可以可视化细胞类型比例以及细胞类型比例和计数的平均方差关系。随着我们对单细胞数据专业分析的研究继续进行，我们预计该软件包将更新新功能。

作者：贝琳达·菲普森[aut，cre]

维护人员：贝琳达·菲普森（Belinda Phipson）<Phipson.b at wehi.edu.au>

引文（从R中输入引文（“散斑”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“斑点”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“斑点”）

散斑：分析单细胞RNA-seq数据的统计方法	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	基因表达式,RNA序列,回归,单个单元格,软件
版本	1.4.0
在生物导体中	生物柴油3.17（R-4.3）（1.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.2.0）
进口	利马,边缘R,单细胞实验,修拉,ggplot2、方法、统计、grDevices、图形
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格,针织物,市场营销,随机反演,牢房工作台,散射,拼凑,硅钠铝石,vdiffr公司,测试那个(>= 3.0.0)
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	斑点_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	斑点_1.4.0.zip
macOS二进制（x86_64）	斑点_1.4.0.tgz
macOS二进制（arm64）	斑点_1.4.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/speckle
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/斑点
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/speckle网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/speckle/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源代码包	源存档