seqArchRplus公司

启动子序列结构的下游分析和HTML报告生成

生物导体版本：释放（3.19）

seqArchRplus有助于对seqArchR（或任何其他工具/方法）识别的启动子序列架构/簇进行下游分析。利用其他可用信息，如CAGE标记簇的TPM值和分位数间宽度（IQW），seqArchRplus可以按其形状（IQWs）对输入启动子簇进行排序，并将簇信息写入浏览器/IGV跟踪文件。提供的可视化有两种：每个样本/阶段和每个集群的可视化。第一类包括：每个样本的绘图面板，显示每个簇的形状、TPM和其他分数分布、序列徽标和峰值注释。第二类包括每个簇的染色体和链分布、基序发生热图和GO项富集。此外，seqArchRplus还可以生成HTML报告，以便于查看和比较样本/阶段之间的启动程序架构。

作者：萨维什·尼库姆[aut，cre，cph]

维护人员：Sarvesh Nikumbh<Sarvesh.Nikumbh at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“seqArchRplus”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“seqArchRplus”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“seqArchRplus”）

seqArchRplus促进启动子序列结构簇的下游分析	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	注释，群集，GO（开始），Motif注释，报告写作，软件，可视化
版本	1.4.0
在生物导体中	生物柴油3.17（R-4.3）（1年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.2），基因组范围，I范围，S4矢量
进口	生物并行，生物串，牛基因组，ChIP寻求者，克莱，clusterProfiler（群集探查器），奶牛场，事实附加，基因组信息Db，ggplot2，吉吉图像、图形、grDevices、，额外网格，热浪，魔法、方法、，R彩色啤酒，规模，seqArchR，seqPattern（序列模式），统计，实用程序
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/snikumbh/seqArchRplus网站
错误报告	https://github.com/snikumbh/seqArchRplus/issues网站

建议	英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm6号机组，仿生风格，CAGEr公司(>= 2.0.2),覆盖（covr），针织物(>= 1.22),组织Dm.eg.db，pdf工具，市场营销(>= 1.12),光滑的（光滑的），TxDb（发送日期）。梅勒诺加斯特。UCSC.dm6.ens基因，xfun游戏
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
链接到我
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	seqArchRplus_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	seqArchRplus_1.4.0.zip
macOS二进制（x86_64）	seqArchRplus_1.4.0.tgz
macOS二进制（arm64）	seqArchRplus_1.4.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqArchRplus
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/seqArchRplus
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/seqArchRplus/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/seqArchRplus/
软件包下载报告	下载统计信息