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可伸缩异常拼接与表达式检索
生物导体版本：释放（3.19）
saseR是一个高效快速的异常表达和剪接分析框架。主要功能是：\itemize｛\item\code｛\link｛BamtoAspliCounts｝｝-将BAM文件处理为ASpli计数\item\code｛\link｛convertASpli｝｝-从ASpli摘要实验中获取基因、bin或连接计数\item\code｛\link｛calculateOffsets｝}-为异常表达式或剪接分析创建偏移分析\item\code{\link{saseRfindEncodingDim}}-估计平均表达式\item\ code{\ link{saseRfit}时要包含的最佳潜在因子数}-负二项分布的参数估计和计算异常表达式和拼接的p值}有关如何使用这些函数的信息，请查看我们的想定案例{https://github.com/statOmics/saseR/blob/main/vignettes/Vignette-Rmd}和saseR论文：Segers，A.等人（2023年）。交错偏移解锁了RNA-seq工具，用于快速可扩展的差异使用、异常剪接和表达分析。生物Rxiv。\网址{https://doi.org/10.1101/2023.06.29.547014}.
作者：亚历山大·塞格斯【aut，cre】，杰伦·吉利斯【ctb】，马蒂亚斯·范·海特维尔【ctb），埃尔弗里德·德·贝雷【ctb’，列文·克莱门特【ctb
维护人员：Alexandre Segers<Alexandre.Segers at ugent.be>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“saseR”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影（“saseR”）
细节
| 生物视图 |
交替拼接,差异表达式,差分拼接,基因表达式,RNA序列,回归,排序,软件 |
| 版本 |
1.0.0 |
| 在生物导体中 |
生物活性碳3.19（R-4.4）（<6个月） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=4.3.0） |
| 进口 |
ASpli公司,S4载体,生物遗传学,基因组特征,MASS（质量）,PRROC公司,总结性实验,边缘R,普拉克马,前crec,生物并行,设计2,DEX当量,数据表,利马、方法、，基因组范围,基因组比对,rrcov公司,矩阵泛型，统计，I范围,针织物,数字播放器,记录仪，平行 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/statOmics/saseR https://doi.org/10.1101/2023.06.29.547014 |
| 错误报告 |
https://github.com/statOmics/saseR/issues |
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