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pwalling(pwallign)

执行两两序列比对


生物导体版本:释放(3.19)

包中的两个主要函数是pairwiseAlignment()和stringDist()。前者解决了(Needleman-Wunsch)全局对齐、(Smith-Waterman)局部对齐和(无端点)重叠对齐问题。后者计算一组字符串的Levenshtein编辑距离或成对对齐分数矩阵。

作者:Patrick Aboyoun[aut]、Robert Gentleman[aut]、HervéPagès[cre]

维护人员:HervéPagès<hpages.on.github at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“pwalign”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“pwalign”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“pwalign”)
成对序列对齐 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 对齐,遗传学,序列匹配,排序,软件
版本 1.0.0
在生物导体中 生物活性碳3.19(R-4.4)(<6个月)
许可证 艺术-2.0
取决于 生物遗传学,S4载体,I范围,生物串(>= 2.71.5)
进口 方法,实用程序
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/pwalign
错误报告 https://github.com/Bioconductor/pwallign/issues
查看更多
建议 RUnit(运行单位)
链接到 S4载体,I范围,十六矢量,生物串
增强功能 Rmpi公司
取决于我 放大器,hiReads处理器,iPAC公司,方法目标NGS,Q实用程序,R453Plus 1工具箱,桑杰分析仪,sangerseqR公司
导入我 ChIPpeakAnno公司,俱乐部内部收益率,CNEr公司,清爽闪亮,多米诺效应,enhancer同源搜索,吉拉菲,指南eq,HTSeqGenie软件,IMMAN公司,IsoformSwitch分析仪,LinT和,甲基化酶,motifbreakR图案,MSA2分布,openPrimeR(打开底漆),四分之一交流,卢比,扫描最小值,ShortRead(短阅读),SPLINTER公司,结构变量注释,svaNUMT公司,TFBS工具,XNA字符串
建议我 生物串,国际数据保护协会,海事处,RSV模拟
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 pwalign_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 pwalign_1.0.0.zip文件
macOS二进制(x86_64) pwalign_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64) pwalign_1.0.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pwalign
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/pwalign
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/pwalign网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/pwalign/
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