管道框架

R中生物信息学的管道框架

生物导体版本：释放（3.19）

pipeFrame是用于构建组件化生物信息学管道的R包。该管道中的每个步骤都被包装在框架中，因此步骤之间的连接是无缝自动创建的。用户可以更专注于微调参数，而不是花费大量时间转换文件格式、将任务输出传递给任务输入或安装依赖项。组件化的步骤元素也可以灵活地定制到其他新管道中。该管道可以分为几个重要的功能步骤，因此用户更容易理解每个步骤的复杂参数，而不是整个管道的参数组合。同时，组件化管道可以在断点处重新启动，避免重新运行整个管道，这可能会为用户在管道调整或断电或处理其他中断等问题上节省大量时间。

作者：郑伟、闪亮马

维护人员：郑伟<qq.com>

引文（从R中输入引文（“pipeFrame”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“pipeFrame”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“pipeFrame”）

pipeFrame简介	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	基础设施,软件,工作流步骤
版本	1.20.0
在生物导体中	生物技术3.9（R-3.6）（5.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.0.0）
进口	牛基因组,消化,visNetwork（可视网络）,马格里特、方法、，生物串,基因组信息Db，并行，统计，实用程序，rmarkdown公司
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/wzthu/pipeFrame网站
Bug报告	https://github.com/wzthu/pipeFrame/issues

建议	生物技术经理,针织物,rtracklayer公司,测试那个,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19
链接到
增强功能
取决于我	esATAC公司
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	管道框架_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	管道框架_1.20.0.zip
macOS二进制（x86_64）	管道框架_1.20.0.tgz
macOS二进制（arm64）	管道框架_1.20.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipeFrame网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/pipeFrame
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/pipeFrame网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/pipeFrame网站/
软件包下载报告	下载统计信息