移动RNA
mobileRNA:研究RNA流动团和人口规模的变化
生物导体版本:释放(3.19)
基因组分析可用于确定两种条件下RNA种群之间的差异,包括产量和丰度。这包括识别生物系统中多个基因组产生的RNA。例如,宿主内病原体产生的RNA或植物移植物系统中的移动RNA。mobileRNA软件包提供了一种方法,在同时将读取结果映射到所有基因型的前提下,对sRNA和mRNA群体进行预处理、分析和可视化。
作者:凯蒂·杰恩斯·库珀[aut,cre],马可·卡托尼[aut]
维护人员:凯蒂·杰恩斯·库珀(Katie Jeynes-Cupper)<kej031 at student.bham.ac.uk>
引文(从R中输入引文(“mobileRNA”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“mobileRNA”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“mobileRNA”)
细节
生物视图 |
对齐,群集,实验设计,基因组组装,预处理,质量控制,RNA序列,排序,小RNA,软件,可视化,工作流步骤 |
版本 |
1.0.12 |
在生物导体中 |
生物活性碳3.19(R-4.4)(<6个月) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.3.0) |
进口 |
数字播放器,第三年,ggplot2,生物遗传学,设计2,边缘R,gg排斥,gr设备,情势图,实用程序,潮汐选择,进步,R彩色啤酒,基因组范围,rtracklayer公司,数据表,模拟设计,规模,I范围,统计信息,方法,生物串,网状的,S4载体,基因组信息Db,总结性实验,拉朗,bioseq公司,网格 |
系统要求 |
GNU制造、ShortStack(>=4.0)、HTSeq、HISAT2、SAMtools、Conda |
统一资源定位地址 |
|
错误报告 |
https://github.com/KJeynesCapper/mobileRNA/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。