卡特探测器
序列数据中Kataegis的检测、表征和可视化
生物导体版本：释放（3.19）
Kataegis是指区域性超突变的发生，是一种广泛的恶性肿瘤中观察到的现象。使用变化点检测katdetector的目的是从包含基因组变体的常见数据格式中识别假定的kataegis病灶。Katdetector已经证明是一个用于探测、表征和可视化kataegis的强大软件包。
作者：Daan Hazelaar[作者，作者]
，约伯·范·里特[aut]，Harmen van de Werken[ths]
维护人员：Daan Hazelaar<daanhazelaar at gmail.com>
引文（从R中输入引文（“katdetector”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“katdetector”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“katdetector”）
细节
| 生物视图 |
分类,SNP公司,排序,软件,变量注释,全基因组 |
| 版本 |
1.6.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.16（R-4.2）（1.5年） |
| 许可证 |
GPL-3+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.2） |
| 进口 |
博科生物(>= 2.54.0),生物并行(>= 1.26.2),牛基因组(>= 1.62.0),英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19(>= 1.4.3),英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38(>= 1.4.4),变点(>= 2.2.3),变更点.np(>= 1.0.3),将死(>= 2.0.0),数字播放器(>= 1.0.8),基因组信息Db(>= 1.28.4),基因组范围(>= 1.44.0),ggplot2(>= 3.3.5),ggtext（gg文本）(>= 0.1.1),I范围(>= 2.26.0),黑手党（>=2.10.5），方法（>=4.1.3），plyranges系列(>= 1.17.0),Rdpack公司(>= 2.3.1),爱尔兰航空公司(>= 1.0.2),S4载体(>= 0.30.2),规模(>= 1.2.0),易怒的(>= 3.1.6),第三年（>=1.2.0），工具，实用程序，变量注释(>= 1.38.0) |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://doi.org/doi:10.18129/B9.bioc.katdetector |
| 错误报告 |
https://github.com/ErasmusMC-CCBC/katdetector/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
