量规

用于路径分析的通用基因集富集

生物导体版本：释放（3.19）

GAGE是一种已发表的基因集（富集或GSEA）或通路分析方法。GAGE通常独立于微阵列或RNA-Seq数据属性（包括样本大小、实验设计、分析平台和其他类型的异质性）而适用，并始终取得优于其他常用方法的性能。在量具包中，我们提供基本量具分析、结果处理和显示功能。我们还为一批中的多个GAGE分析、并行分析之间的比较以及来自不同来源/研究的异构数据的组合分析建立了流水线例程。此外，我们提供了基于KEGG通路和GO术语的演示微阵列数据和常用基因集数据。这些功能和数据对于使用其他方法进行基因集分析也很有用。

作者：罗伟军（Weijun Luo）

维护人员：罗伟军（音译）

引文（从R中输入引文（“gage”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“量规”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“规格”）

基因集和数据准备	PDF格式	R脚本
通用基因集/通路分析	PDF格式	R脚本
RNA-Seq数据通路和基因集分析工作流	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	差异表达式,GO（开始）,基因表达式,GeneSet扩展,遗传学,微阵列,多重比较,一个频道,路径,RNA序列,排序,软件,系统生物学,双通道
版本	2.54.0
在生物导体中	生物碳2.7（R-2.12）（14年）
许可证	GPL（>=2.0）
取决于	R（>=3.5.0）
进口	图表,KEGGREST公司,注释Dbi,政府.db
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/datapplab/gage http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161

建议	路径视图,仪表数据,组织Hs.eg.db,hgu133a.db公司,GSEA基地,Rsamtools软件,基因组比对,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,设计2,边缘R,利马
链接到
增强功能
取决于我	EGSEA公司
导入我
建议我	FGNet公司,路径视图,SBG视图,量具数据
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	量规_2.54.0.tar.gz
Windows二进制	量规_2.54.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	量规_2.54.0.tgz
macOS二进制（arm64）	量规_2.54.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gage网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/规格
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/gage/
包短Url	https://bioductor.org/packages/gage/
软件包下载报告	下载统计信息