注册并公开摘要对于生物2024

SBG视图

“SBGNview:SBGN路径的数据分析、集成和可视化”


生物导体版本:释放(3.18)

SBGNview是一套用于基于路径的数据可视化、集成和分析的工具。SBGNview与广泛使用的Pathview类似,并具有以下关键功能:1。广泛采用的系统生物学图形符号(SBGN)的路径定义;2.支持KEGG(Reactome、MetaCyc、SMPDB、PANTHER、METACROP)和用户定义的通路以外的多个主要通路数据库;3.默认覆盖5200个参考途径和3000多个物种;4.广泛的图形控制,包括字形和边缘属性、图形布局和子路径高亮显示;5.SBGN通路数据操作、处理、提取和分析。

作者:董晓熙*、维格斯纳*、罗伟军

维护人员:罗伟军(音译)

引文(从R中输入引文(“SBGNview”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“SBGNview”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignette(“SBGNview”)
利用SBGNview基因集进行通路分析 HTML格式 R脚本
快速启动SBGNview HTML格式 R脚本
SBGNview功能 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 差异表达式,基因表达式,GeneSet扩展,基因目标,遗传学,图形和网络,代谢组学,微阵列,路径,蛋白质组学,RNA序列,排序,软件,系统生物学,可视化
版本 1.16.0
在生物导体中 生物技术3.10(R-3.6)(4.5年)
许可证 AGPL-3型
取决于 R(>=3.6),路径视图,SBG视图.data
进口 Rdpack、grDevices、methods、stats、utils、xml2、rsvg、igraph、rmarkdown、knitr、,总结性实验,注释Dbi,高温气冷堆,KEGGREST公司,预订
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/datapplab/SBGNview网站
错误报告 https://github.com/datapplab/SBGNview/issues
查看更多
建议 测试,量规
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 SBG视图_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 SBG视图_1.16.0.zip
macOS二进制(x86_64) SBG视图_1.16.0.tgz
macOS二进制(arm64) SBG视图_1.16.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SBGNview网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/SBGNview
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/SBGNview网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/SBGNview网站/
软件包下载报告 下载统计信息