表雄激素额外
epiregulon的配套软件包，具有额外的绘图、微分和图形功能
生物导体版本：释放（3.19）
基因调控网络对驱动基因表达和观察表型的潜在基因调控层次进行建模。表皮调节子通过构建基因调节网络（regulon）推断单个细胞中的TF活性。这是通过整合scATAC-seq和scRNA-seq数据以及合并公共批量TF ChIP-seq数据实现的。通过计算染色质可及性和基因表达之间的相关性，建立了调控元件与其靶基因之间的联系。
作者：姚晓赛[aut，cre]
，Tomasz Włodarczyk[aut]，蒂莫西·凯斯[aut]，陈尚阳[aut]
维护人员：姚晓赛<姚晓赛在gmail.com>
引文（从R中输入引文（“epiregulon.extra”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“epiregulon.extra”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“epiregulon.extra”）
细节
| 生物视图 |
芯片芯片,差异表达式,基因表达式,基因调控,基因目标,图形和网络,网络,规范化,软件,转录 |
| 版本 |
1.0.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 3.19（R-4.4）（<6个月） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.4），单细胞实验 |
| 进口 |
尖叫声,复杂热图,矩阵,总结性实验,将死,绕圈子,clusterProfiler（群集探查器）,ggplot2,gggraph图,记录仪,生命周期,拼凑的,重塑2,规模,散射，统计信息 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/xiaosaiyao/epiregulon.extra/ |
| 错误报告 |
https://github.com/xiaosaiyao/epiregulon.extra/issues |
查看更多
| 建议 |
表调节子,针织物,rmarkdown公司，平行，仿生风格,测试那个(>= 3.0.0),扩展浏览器,msigdbr公司,多萝西娅,scMultiome公司,S4载体,舷窗,vdiffr公司,ggrastr公司,gg排斥 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
