扩展浏览器
通过基于集合和基于网络的浓缩分析的组合结果无缝导航
生物导体版本:释放(3.18)
EnrichmentBrowser包实现了基因表达数据富集分析的基本功能。该分析结合了基于集合和基于网络的富集分析的优点,以获得在研究的表达数据中受到差异调节的高置信基因集和生物途径。此外,该软件包有助于可视化和探索此类集合和路径。
作者:Ludwig Geistlinger[aut,cre],Gergely Csaba[aut],Mara Santarelli[ctb],Mirko Signorelli[ctb],Rohit Satyam[ctb],Marcel Ramos[ctb],Levi Waldron[ctb],Ralf Zimmer[aut]
维护人员:路德维希·盖斯林格(Ludwig Geistlinger)<Ludwig.Geistlinger at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“EnrichmentBrowser”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“EnrichmentBrowser”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“丰富浏览器”)
细节
生物视图 |
差异表达式,基因表达式,GeneSet扩展,图形和网络,免疫肿瘤学,微阵列,网络,网络丰富,路径,RNA序列,报告写作,软件,可视化 |
版本 |
2.32.0 |
在生物导体中 |
BioC 3.0(R-3.1)(9.5年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
总结性实验,图表 |
进口 |
注释Dbi,生物文件缓存,生物技术经理,GSEA基地,政府.db,KEGGREST公司,KEG图形,Rgraphviz公司,S4载体,SPIA公司,边缘R,石墨,h写入程序,利马、方法、,路径视图,安全的 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/lgeistlinger/EncrichmentBrowser/issues |
查看更多
建议 |
所有,仿生风格,复杂热图,设计2,报告工具,气道,生物图像,hgu95av2.db型,基因绘图仪、knitr、msigdbr、rmarkdown、statmod |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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导入我 |
GSEA基准,天顶 |
建议我 |
基因组超级特征,烤肉 |
指向我的链接 |
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生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。