注册打开对于生物20247月24-26日

XNA字符串

修饰寡核苷酸序列的高效操作


生物导体版本:释放(3.19)

XNAString软件包允许在单个物体中描述碱基序列和相关的化学修饰。XNAString能够捕获单链和双链分子。化学修饰被表示为与分子的不同特征(碱基序列、糖序列、骨架序列、修饰)相关联的独立字符串,并且可以读取或写入HELM符号。它还能够使用来自ViennaRNA的RNA折叠进行二级结构预测。XNAString被设计为基于核酸的治疗方法的有效代表,因此它存储有关靶序列的信息,并为Biostring和pwalign包的匹配和比对功能提供接口。

作者:Anna Górska[aut]、Marianna Plucinska[aut,cre]、Lykke Pedersen[aut]、Lukasz Kielpinski[aut】、Disa Tehler[aut’、Peter H.Hagedorn[aut

维护人员:玛丽安娜·普卢辛斯卡(Marianna Plucinska)

引文(从R中输入引文(“XNAString”))以下为:

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“XNAString”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“XNAString”)
XNAString类和功能 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
许可证 文本

细节

生物视图 对齐,遗传学,序列匹配,排序,软件
版本 1.12.0
在生物导体中 生物化学3.13(R-4.1)(3年)
许可证 GPL-2型
取决于 R(>=4.1)
进口 实用程序,生物串,pwalling(pwallign),牛基因组,数据表,基因组范围,I范围、方法、,卢比,斯特林吉,S4载体,未来应用程序,字符串,可格式化的,统计信息
系统要求
统一资源定位地址
查看更多
建议 仿生风格,针织者,rmarkdown公司,降价,测试那个,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,迎合者
链接到 卢比
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 XNAS字符串_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 XNAString_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64) XNA字符串_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) XNA字符串_1.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/XNAString网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/XNAString
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/XNAString网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/XNAString网站/
软件包下载报告 下载统计信息