电视广播公司

TVTB:VCF工具箱

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包提供了S4类和方法，用于过滤、总结和可视化存储在VCF文件中的遗传变异数据。特别是，该包扩展了FilterRules类（S4Vectors包），以定义适用于VCF对象的各个插槽的过滤规则的新闻类。功能在Shiny web应用程序Shiny Variant Explorer（tSVE）中集成和演示。

作者：Kevin Rue-Albrecht【aut，cre】

维护人员：Kevin Rue-Albrecht<kevinrue67 at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“TVTB”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“TVTB”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignette（“TVTB”）

TVTB简介	HTML格式	R脚本
闪亮变型探险家	HTML格式	R脚本
VCF筛选规则	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	对齐,新闻报道,DNASeq公司,数据导入,数据表示,图形用户界面,遗传变异性,遗传学,基因组变异,多重比较,序列匹配,排序,软件,变量注释,可视化,全基因组
版本	1.30.1
在生物导体中	生物化学3.4（R-3.3）（8年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.4），方法，实用程序，统计
进口	批注筛选器,生物遗传学(>= 0.25.1),生物并行,生物串,集成数据库,基因组信息Db,基因组范围,GGally公司,ggplot2,Gviz公司,利马,I范围(>= 2.21.6),重塑2,Rsamtools软件,S4载体(>= 0.25.14),总结性实验,变量注释(>= 1.19.9)
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/kevinrue/TVTB
错误报告	https://github.com/kevinrue/TVTB/问题

建议	EnsDb公司。哈皮恩斯v75(>= 0.99.7),闪亮的(>= 0.13.2.9005),DT公司(>= 0.1.67),rtracklayer公司,仿生风格(>= 2.5.19),针织物(>= 1.12),rmarkdown公司,测试那个,覆盖（covr）,迎合
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
链接到我
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	TVTB_1.30.1.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）	电视TB_1.30.1.tgz
macOS二进制（arm64）	电视TB_1.30.1.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TVTB
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：套餐/TVTB
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TVTB/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/TVTB/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档