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空间实验

空间解析经济学数据的S4类


生物导体版本:释放(3.19)

定义用于存储空间组学实验数据的S4类。该类扩展了SingleCellExperiment,以支持从基于点和基于分子的平台存储和检索附加信息,包括空间坐标、图像和图像元数据。10x Genomics Visium平台的数据包含一个专门的构造函数功能。

作者:Dario Righelli【aut,cre】,Davide Risso【aut】,Helena L.Crowell【aut’,Lukas M.Weber【aut),Nicholas J.Eagles【ctb】

维护人员:Dario Righelli<Dario.Righelli at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“空间实验”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“空间实验”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“空间实验”)
空间实验课简介 HTML格式 R脚本
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新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,数据表示,基因表达式,免疫肿瘤学,基础设施,单个单元格,软件,空间,转录组学
版本 1.14.0
在生物导体中 生物柴油3.12(R-4.0)(3.5年)
许可证 GPL-3型
取决于 方法,单细胞实验
进口 rjson语言,gr设备,魔法,实用程序,S4载体,总结性实验,生物遗传学,生物文件缓存
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/drighelli/Spatial实验
错误报告 https://github.com/drighelli/SpatialExperimental/issues(https://github.com/drighelli/SpatialExperimental/issues)
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建议 针织物,rmarkdown公司,测试那个,仿生风格,凹凸矩阵,DropletUtils公司
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取决于我 实验子集,上海国际机场,雪花石膏.空间,imcR工具,tidy空间实验,imc数据集,MerfishData公司,鼠标胃部数据,空间LIBD,S示例数据,TENxVisium数据,VectraPolarisData公司,WeberDivechaLC数据
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 空间实验_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 空间实验_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64) 空间实验_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64) 空间实验_1.14.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/空间实验
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/空间实验
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Spacial实验/
包短Url https://bioconductor.org/packages/Spatial实验/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档