稀疏签名
稀疏签名
生物导体版本：释放（3.19）
基因组中发生的点突变可以根据突变碱基、突变碱基及其两个侧翼碱基分为96类。因此，对于任何患者，都可以将该患者肿瘤中发生的所有点突变表示为长度为96的向量，其中每个元素表示患者中给定类别的突变计数。突变特征表示细胞内诱变剂或诱变过程产生的突变模式。每个特征也可以由一个长度为96的向量表示，其中每个元素表示该特定诱变过程产生上述96个类别突变的概率。在这个R包中，我们提供了一组函数来提取和可视化突变签名，这些签名最能解释大量患者的突变计数。
作者：丹尼尔·拉马佐蒂
，Avantika Lal[aut]，Keli Liu[ctb]，Luca De Sano[cre，aut]、Robert Tibshirani[ctb]、Arend Sidow[aut]
维护人员：卢卡·德萨诺<Luca.desano在gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“SparseSignatures”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“稀疏签名”）
细节
| 生物视图 |
生物医学信息学,软件,体细胞突变 |
| 版本 |
2.14.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.7（R-3.5）（6.5年） |
| 许可证 |
文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.1.0），国家气象局 |
| 进口 |
尼拉索,nnls公司，平行，数据表,生物串,基因组范围,I范围,牛基因组,基因组信息Db,ggplot2,额外网格,重新整形2 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/danro9685/SparseSignatures网站 |
| Bug报告 |
https://github.com/danro9685/SparseSignatures网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
