SGSeq公司
RNA-seq数据的剪接事件预测和量化
生物导体版本：释放（3.19）
SGSeq是一个用于分析RNA-seq数据剪接事件的软件包。输入数据是以BAM格式映射到参考基因组的RNA-seq读取。基因表示为剪接图，可以从现有注释中获得或从映射序列读取中预测。拼接事件从图中识别出来，并在每个拼接变量的开始或结束处使用结构兼容读取进行局部量化。该软件包括剪接事件预测、量化、可视化和解释功能。
作者：伦纳德·戈尔茨坦
维护人员：莱昂纳德·戈尔茨坦（Leonard Goldstein）<ldgoldstein at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SGSeq”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“SGSeq”）
细节
| 生物视图 |
交替拼接,免疫肿瘤学,RNA序列,软件,转录 |
| 版本 |
1.38.0 |
| 在生物导体中 |
BioC 3.0（R-3.1）（10年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=4.0），I范围(>= 2.13.15),基因组范围(>= 1.31.10),Rsamtools软件(>= 1.31.2),总结性实验，方法 |
| 进口 |
注释Dbi,生物遗传学(>= 0.31.5),生物串(>= 2.47.6),基因组比对(>= 1.15.7),基因组特征(>= 1.31.5),基因组信息Db,RUnit（运行单位）,S4载体（>=0.23.19），gr设备，图形，记录仪，平行，rtracklayer公司（>=1.397），统计数据 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
