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RM银行

处理串联MS文件和构建MassBank记录的工作流


生物导体版本:释放(3.19)

处理串联MS文件和构建MassBank记录的工作流。功能包括串联质谱的自动提取、串联质谱片段的公式分配、使用指定片段重新校准串联质谱、光谱清理、从互联网数据库自动检索化合物信息以及导出到MassBank记录。

作者:迈克尔·斯特拉夫斯(Michael Stravs)、艾玛·施曼斯基(Emma Schymanski)、斯特芬·诺依曼(Steffen Neumann)、埃里克·穆勒(Erik Mueller),托比亚斯·舒尔茨(Tobias Schulze)为其捐款

维护人员:Eawag的RMassBank<Eawag.ch的massbank>

引文(从R中输入引文(“RMassBank”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“RMassBank”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“RMassBank”)
RMassBank:非标准用法 HTML格式 R脚本
RMassBank:工作流示例 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 生物信息学,免疫肿瘤学,质谱学,代谢组学,软件
版本 3.14.0
在生物导体中 生物技术2.11(R-2.15)(11.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 卢比
进口 XML格式,rjson语言,S4载体,消化,rcdk公司,山药,毫兹罗、方法、,博科生物,M数据库,高温气冷堆,环境保护,断言,记录器,读取JDX,webchem公司,化学工程师,化学OB,R.utils公司,数据表,
系统要求 OpenBabel公司
统一资源定位地址
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建议 仿生风格,gplots(gplots),RMass银行数据(>= 1.33.1),xcms公司(>= 1.37.1),摄像机,RUnit(运行单位),针织物,rmarkdown公司
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 RM银行_3.14.0.tar.gz
Windows二进制 RMassBank_3.14.0.zip银行
macOS二进制(x86_64) RMassBank_3.14.0.tgz银行
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RMassBank网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/RPassBank
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/RPassBank网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/RMassBank/
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