全能运动员

OmniPath web服务客户端等

生物导体版本：释放（3.19）

OmniPath web服务的客户端(https://www.omnipathdb.org)以及许多其他资源。它还包括转换和漂亮打印一些下载数据的功能，访问许多其他资源的功能，如BioPlex、ConsensusPathDB、EVEX、基因本体、药理学指南（IUPHAR/BPS）、Harmonizome、HTRIdb、人类表型本体、InWeb InBioMap、KEGG Pathway、PathwayCommons、Ramilowski等人2015，RegNetwork、ReMap、TF人口普查、TRRUST和Vinayagam等人，2011年。此外，OmnipathR与NicheNet方法紧密集成，用于从转录组学数据预测配体活性，以及其R实现“nichenetr”（仅在github上可用）。

作者：阿尔贝托·瓦尔迪利维斯，德内斯·图雷[cre，aut]，阿提拉·加博[aut]

维护人员：德内斯·图雷（Denes Turei）<Turei.Denes at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“OmnipathR”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“OmnipathR”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“OmnipathR”）

使用OmnipathR围绕毒品目标建立网络	HTML格式	R脚本
数据库管理器	HTML格式	R脚本
附加属性	HTML格式	R脚本
OmniPath生物导体车间	HTML格式	R脚本
OmnipathR:OmniPath web服务的R客户端	HTML格式	R脚本
通道施工	HTML格式	R脚本
将NicheNet与OmnipathR结合使用	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	注释,数据导入,数据表示,基因调控,基因信号,图形和网络,KEGG公司,网络,路径,单个单元格,软件,系统生物学,第三方客户,转录组学
版本	3.11.10
在生物导体中	生物技术3.10（R-3.6）（4.5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.0）
进口	将死,蜡笔,卷曲,消化,数字播放器(>= 1.1.0),高温气冷堆,记录仪,jsonlite公司,后来,记录器,杂交的,马格里特,进步,呜呜声,说唱歌手,阅读器(>= 2.0.0),读xl,爱尔兰航空公司,rmarkdown公司,服务器，统计，斯特林吉,字符串,易怒的,第三年,潮汐选择、工具、实用程序，用r,xml语言2,山药
系统要求
统一资源定位地址	https://r.omnipathdb.org/
错误报告	https://github.com/saezlab/OmnipathR/issues

建议	仿生风格,生物反应器,预订,ggplot2,gggraph图,g配置文件2,针织物,百万卢比,parallelMap（平行映射）,参数帮助器,Rgraphviz公司,西格玛（sigmajs）,斯莫夫,superHex（超十六进制）,测试那个
链接到
增强功能
取决于我
导入我	gINTomics公司,wppi公司
建议我	解耦器R,多萝西娅
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	全能R_3.11.10.tar.gz
Windows二进制	全能R_3.11.10.zip
macOS二进制（x86_64）	全能R_3.11.10.tgz
macOS二进制（arm64）	全能R_3.11.10.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OmnipathR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/全能旅行社
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/OnipathR（网址：https://code.bioconductor.org/browse/OnipathR）/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/OmnipathR/
软件包下载报告	下载统计信息