灰色列表ChIP

灰色列表——基于ChIP输入的人工制品区域屏蔽

生物导体版本：释放（3.19）

识别ChIP实验中输入信号较高的区域，这些区域在峰值调用期间会导致虚假峰值。在峰值调用之前删除与这些区域对齐的读取，以便进行更干净的ChIP分析。

作者：马特·埃尔德里奇[cre]，戈德·布朗[aut]

维护人员：马特·埃尔德里奇<matthew.Eldridge at cruk.cam.ac.uk>

引文（从R中输入引文（“GreyListChIP”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“GreyListChIP”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“GreyListChIP”）

生物视图	对齐,ChIPSeq公司,新闻报道,差异峰值呼叫,基因组注释,预处理,排序,软件
版本	1.36.0
在生物导体中	生物技术3.1（R-3.2）（9年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.0），方法，基因组范围
进口	基因组比对,牛基因组,Rsamtools软件,rtracklayer公司,MASS（质量），平行，基因组信息Db,总结性实验，统计，实用程序
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格,生物遗传学,RUnit（运行单位）,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19
链接到
增强功能
取决于我
导入我	差异绑定,会厌HMM
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	灰色列表ChIP_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	灰色列表ChIP_1.36.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	灰色列表ChIP_1.36.0.tgz
macOS二进制（arm64）	灰色列表ChIP_1.36.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GreyListChIP
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/GreyListChIP
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GreyListChIP/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/GreyListChIP/
软件包下载报告	下载统计信息