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GSEA基础

基因集富集数据结构和方法


生物导体版本:释放(3.19)

这个包提供了支持基因集富集分析(GSEA)的类和方法。

作者:Martin Morgan[aut]、Seth Falcon[aut]、Robert Gentleman[aut'、Paul Villafuerte[ctb](从Swave到Rmarkdown/HTML的“GSEABase”小插曲翻译)、Bioconductor Package Maintainer[cre]

维护人员:生物导体包维护者<Bioconductor.org上的维护者>

引文(从R中输入引文(“GSEABase”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“GSEABase”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“GSEABase”)
GSEABase简介 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 GO(开始),基因表达式,GeneSet扩展,图形和网络,KEGG公司,软件
版本 1.66.0
在生物导体中 生物化学2.1(R-2.6)(16.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=2.6.0),生物遗传学(>= 0.13.8),博科生物(>= 2.17.8),注释(>=1.45.3),方法,图表(>= 1.37.2)
进口 注释Dbi,XML格式
系统要求
统一资源定位地址
查看更多
建议 hgu95av2.db型,政府.db,组织Hs.eg.db,Rgraphviz公司,报告工具,测试那个,生物风格,针织物,RUnit(运行单位)
链接到
增强功能
取决于我 AGDEX公司,比卡雷,CCPROMISE公司,承诺,TissueEnrich公司,cpvSNP公司,npGSEA公司,样条线计时器,GSVA数据,OSCA基本
导入我 AUCell公司,生物活性炭,类别,扩展浏览器,GSRI公司,GSVA公司,GlobalAncova公司,GmicR公司,承诺,帕诺米尔,Rcis目标,报告工具,TFutils(TFutils),取消,类别比较,单元格HTS2,宇宙R,梦想家,逃跑,gep2pep公司,桅杆R,miRSM公司,莫格萨,奥帕尔,现象测试,scTGIF公司,签名搜索,单细胞TK,辛斯科,回转,麻雀,视觉系统E,天顶,msigdb公司,SingscoreAML变化,群集极,裂谷热(RVA)
建议我 生物集,GOstats公司,GSAR公司,桅杆,量规,全球测试,现象测试,基本集
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 GSEA基础_1.66.0.tar.gz
Windows二进制 GSEABase_1.66.0.zip型
macOS二进制(x86_64) GSEA基础_1.66.0.tgz
macOS二进制(arm64) GSEA基础_1.66.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GSEABase网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/GSEABase
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GSEABase网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/GSEABase网站/
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