决策支持系统

测序数据的离散收缩


生物导体版本:释放(3.19)

DSS是一个R库,用于对基于国家的测序数据进行差异分析。它检测来自RNA-seq的差异表达基因(DEG),以及来自亚硫酸氢盐测序(BS-seq)的差异甲基化位点或区域(DML/DMR)。DSS的核心是一种新的色散收缩方法,用于从Gamma-Poisson或Beta二项式分布估计色散参数。

作者:郝武(Hao Wu)<郝武(Hao.Wu)at emory.edu>,郝峰(Hao Feng)<hxf155(hxf155-case.edu>

维护人员:郝武(Hao Wu)<郝武(Hao.Wu)at emory.edu>,郝峰(Hao Feng)<hxf155(hxf155-case.edu>

引文(从R中输入引文(“DSS”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“DSS”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“DSS”)
DSS用户指南 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 脱氧核糖核酸甲基化,差异表达式,差异甲基化,基因表达式,RNA序列,排序,软件
版本 2.52.0
在生物导体中 生物技术2.11(R-2.15)(12年)
许可证 GPL公司
取决于 R(>=3.5.0),方法,博科生物,BiocParallel公司,bsseq公司,并行
进口 utils,图形,统计,样条曲线
系统要求
统一资源定位地址
查看更多
建议 仿生风格,针织物,市场营销,边缘R
链接到
增强功能
取决于我 DeMixT公司
导入我 北极光,基斯德,亚eqR2,甲基Sig
建议我 饼干商,methrix公司,纳米MethViz
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 DSS_2.52.0.tar.gz
Windows二进制 DSS_2.52.0.zip文件
macOS二进制(x86_64) DSS_2.52.0.tgz
macOS二进制(arm64) DSS_2.52.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DSS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/DSS
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/DSS/
包短Url https://bioconductor.org/packages/DSS/
软件包下载报告 下载统计信息