DEXSeq公司
RNA序列中不同外显子使用的推断
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包的重点是使用RNA-seq外显子计数在具有不同实验设计的样本之间发现不同外显子的用法。它提供的功能允许用户根据一个模型进行必要的统计测试，该模型使用负二项分布来估计生物复制和广义线性模型之间的方差，以进行测试。该软件包还提供了可视化和探索结果的功能。
作者：西蒙·安德斯（Simon Anders）<sanders at fs.tum.de>和亚历杭德罗·雷耶斯（Alejandro Reyes）<Alejandro.Reyes.ds at gmail.com>
维护人员：亚历杭德罗·雷耶斯<Alejandro.Reyes.ds at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“DEXSeq”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“DEXSeq”）
细节
| 生物视图 |
替代复制,差异表达式,差分拼接,基因表达式,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,软件,可视化 |
| 版本 |
1.50.0 |
| 在生物导体中 |
生物碳2.9（R-2.14）（12.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=3） |
| 取决于 |
生物并行,博科生物,总结性实验,I范围(>= 2.5.17),基因组范围(>= 1.23.7),DESeq2公司(>= 1.39.6),注释Dbi,R彩色啤酒,S4载体(>= 0.23.18) |
| 进口 |
生物遗传学,生物反应器,h写入程序、方法、，字符串,Rsamtools软件,随机反演,基因绘图仪,基因过滤器 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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查看更多
| 建议 |
基因组特征,txdb制造商,帕西拉(>= 0.2.22),甲状旁腺SE,仿生风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个,pasillaBamSubset系列,基因组比对,氧气2,全球伽马波依 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
IsoformSwitch分析仪,帕西拉,rna序列DTU |
| 导入我 |
内部专家,差速器,成对GSEA,窗框 |
| 建议我 |
基因组范围,班布,卫星,阶段E,subSeq（子序列）,BioPlex公司 |
| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
