ChromS磁带
使用Shiny应用程序分析单细胞表观基因组数据集
生物导体版本：释放（3.19）
ChromSCape-单细胞染色质横向分析-是一个现成的、用户友好的闪亮应用程序，用于分析单细胞表观基因组数据集（scChIP-seq、scATAC-seq、scCUT&Tag…），从对齐数据到差异分析和基因集富集分析。它具有高度的交互性，使用户能够保存他们的分析，并涵盖广泛的分析步骤：质量控制、预处理、过滤、批量校正、降维、可视化、聚类、差异分析和基因集分析。
作者：Pacome Prompsy[奥特，克里]
，席琳·瓦洛
维护人员：Pacome Prompsy＜在curie.fr的Pacome.Prompsy＞
引文（从R中输入引文（“ChromSCape”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ChromSCape”）
对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignette（“ChromSCape”）
细节
| 生物视图 |
ATACSeq公司,注释,BatchEffect（批次效果）,ChIPSeq公司,分类,群集,差异峰值呼叫,表观遗传学,GeneSet扩展,甲基Seq,多重比较,规范化,路径,预处理,主要组件,质量控制,报告写作,ShinyApps公司,单个单元格,软件,可视化 |
| 版本 |
1.14.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.1） |
| 进口 |
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| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/vallotlab/CromSCape |
| 错误报告 |
https://github.com/vallotlab/ChromSCape/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
