CRAN任务视图：系统遗传学

概述

生命的历史是在系统发育的背景下展开的，系统发育树（通常简称为“树”）是用来代表这一进化历史的。比较系统发育方法是分析沿着这种系统发育树的历史模式的统计方法。这个任务视图描述了R包，它（i）有助于处理、操作和分析系统发育树；（ii）采用比较系统发育方法；（iii）将系统发育方法应用于特定学科。这是一个活跃的研究领域，许多信息可能会发生变化。许多重要的软件包都不在CRAN上：它们以前在CRAN中，后来被存档（例如，如果在R更新时没有包含必要的更改），或者它们是在其他地方开发的，目前在CRAN还没有。这些软件包可以在GitHub、R-Forge、，生物导体，或作者的网站。在该域中，至少有十个包以phy*开头，包括两对同名包（phytools和phylools、phylobase和phybase）；鼓励用户仔细阅读并区分包名称。

如果您有任何问题，请随时联系任务视图维护者或特定包的维护者。也可以向R-SIG-Phylo公司订阅后的邮件列表。

范围

核心包

• 猿实现S3 phylo类，该类通常用于在R中存储系统发育树。它通常用于读取、写入和可视化Newick/Phylip和NEXUS格式的树。它还具有许多操作树（例如，生根树、滴尖、随机解析多面体）、推断树（例如，邻居连接、bio-nj和快速ME方法）的功能，进行系统发育比较分析（例如，重构离散和连续性状，拟合性状进化和多样化的基本模型）。它还可以用于生成随机树，从GenBank（基因银行）并通过时间和相关图创建谱系。

• 藻糖酶实现了S4 phylo4类，该类结合了系统发育树和比较数据。虽然没有像S3 phylo类那样常用，但这个新类在实现系统发育比较方法（例如。，阿德菲罗和门信号).

• 盖革实现了一大套用于特征进化和多样化分析的模型拟合方法。它最常用于拟合和比较各种离散和连续特征进化模型（例如，布朗运动、奥恩斯坦-尤伦贝克、佩格尔变换和趋势模型）。它还常用于模拟系统发育以及离散和连续性状的进化。它还具有其他包经常使用的几个辅助功能。

• 植物醇具有不断增加的功能，用于执行系统发育比较分析和可视化（例如，投影到形态空间）、操作（例如，分支长度缩放和转换、添加提示、查找子树）、读取或写入，甚至推断系统发育树和比较数据。

任务

任务视图中的包属于以下一个或多个任务类别：

1. 在R中使用树木：用于处理、操作和可视化系统发育数据的软件包
2. 在R建造树木：系统发育推断和树模拟软件包
3. 比较系统发育方法：用于执行各种比较系统发育方法的软件包，包括处理性状进化和多样化的方法
4. 其他领域的系统发育学：用于进行特定领域系统发育分析的软件包，包括古生物学、群落生态学、生物地理学和遗传学
5. 其他有用的软件包和杂项：用于执行系统发育分析（例如分类匹配）的软件包

使用R中的树

让树木进入R

• 藻糖酶和它较轻的兄弟姐妹rncl公司可以使用Nexus类库读取NEXUS、Newick和其他树格式。
• 树酶可以从联机树存储库中搜索和加载树树基地.
• RNeXML可以读取、写入和处理NeXML格式。
• 树工具可以从中的外部文件读取树TNT公司格式和NEXUS格式，包括不支持的NEXUS格式扩展猿，以及来自的元数据形态银行.
• IP地址可以从加载树野兽,贝叶斯先生和其他系统发育学程序。此包可用于解析BEAST或MrBayes输出中的节点支持和其他值。
• 叶状的能读写猿-NEXUS和Newick格式的兼容系统发育树，同时保留注释。
• 物理文本2可以读取和写入各种树格式，包括simmap格式。
• 旋转可以从开放的生命之树项目。
• 这个树（treeio）该包可以读取Newick、Nexus、New Hampshire eXtend格式（NHX）、jplace和Phylip格式的树，以及来自BEAST、EPA、HyPhy、MrBayes、PAML、PHYLDOG、pplacer、r8s、RAxML和RevBayes的数据输出。
• 谱系图可以将Newick文件转换为树状图对象。
• 右旋糖可以操纵这样的树状图对象。
• 植物醇可以以简单的Newick和Nexus格式读写树，以及“simmap”具有编码离散字符的树。

树操作

• 藻糖酶具有遍历树的功能（例如，从仅由其两个子节点指定的特定节点获取所有子节点）。
• 盖革可以将树和数据修剪为一组重叠的分类群。它还可以用于使用ACDC执行分支长度缩放；Pagel（1999）λ、δ和kappa参数；和Ornstein-Uhlenbeck alpha参数（仅适用于超公制树）。它也可以用来修剪已灭绝的分类群。
• 树工具具有量化和操纵树木形状和平衡的功能，包括应用约束；并测定树木的系统发育信息含量。
• 流氓标识通配符分类群，生成信息更丰富的摘要树。
• 花边可以将树对象转换为整洁的数据帧，并有其他整洁的方法来操作树数据。
• 进化风险可以对名称进行模糊匹配（以允许一些差异）。
• SigTree公司查找对某些处理有反应的分支，同时允许对多次比较进行校正。
• 右旋糖可以操作树状图，包括细分树、添加叶子等。
• 顶可以处理多个基因DNA比对，使其在树推断中的使用和分析更容易猿和潘戈恩.
• 蚜虫可以基于系统发育对序列进行加权，并可以将隐马尔可夫模型（HMM）用于多种目的，包括多序列比对。
• 潘戈恩和树搜索可以执行树重排（NNI、SPR和TBR）。
• 古树具有基于化石分类单元出现的采样问题以及更普遍的转换来操作树的功能。
• 右旋糖可以操作树状图，包括细分树、添加叶子等。
• 脚轮可以用来操作超大的树（多达数百万个提示）。
• 植物醇可以在预先指定的点切割树，将分类群随机添加到树，将物种添加到属，将单个尖端绑定到树或两棵树，使用可单击的界面折叠树上的分支，执行中点生根，在树上绘制用户特定的离散字符区域以创建“simmap”对象，将具有映射字符的树转换为简单的“phylo”（物理）具有非分支节点的对象或将根边合并为单个非分支节点的对象，以及其他事物。

树可视化

• 猿,阿德菲罗,藻糖酶,植物醇,哎哟、和右旋糖具有绘制树的功能；其中一些有基于某些标准（祖先状态、树结构等）的分支或分类单元着色选项。此外，植物醇具有在树端绘制比较数据、绘制比较分析结果图表以及绘制共同系统发育图的强大功能。
• 古植物学和古树专门绘制古生物系统发育图。
• 毒蛇可以使用分支支持、HPD间隔等来注释系统发育。
• 流行的R可视化软件包ggplot2可以通过以下方式扩展ggtree（ggtree）和ggtree额外为了可视化系统发育，可以使用深时间.
• 带子可以用于将地质时间刻度与地层范围一起添加到系统发育中。
• 标识符0可以用于交互式地探索树（作为树状图）。
• 藻纲纲是一个用于“htmlwidgets”的小部件，可以使用phylocanvasjavascript库嵌入系统发育树。
• ggmuller公司允许绘制系统发育和频率动力学。
• RPANDA公司可用于绘制系统发育的光谱密度和特征值。
• 杂色树有一个名为“plot2.phylo（）”的未报告函数，该函数允许生成镜象树的非常轻量级的PDF输出（可以通过调用diversitree:：：plot2.phylo（）).

树比较

• 苦恼的,树列表,四重奏,TBR列表,潘戈恩、和植物醇可以计算树之间的距离。
• 树列表和树空间可以绘制和评估树集的低维映射（“树空间”）。
• 猿可以计算树与树之间的距离，还可以创建一个图，显示两棵树，并在关联的提示之间建立链接。
• 右旋糖可以比较树状图来评估多种测量。

系统发育汇总统计

• 树木可用于计算广泛的树统计信息集合，并针对快速计算进行了优化。
• 无LTT专门用于计算和可视化nLTT统计。
• 脚轮包含Gamma、Colless和Sackin统计的快速计算。
• phyloTop公司可用于计算基于模式的汇总统计信息集合（例如梯子、楼梯、樱桃、干草叉）。
• 树形平衡可用于计算以度量（im）平衡为重点的汇总统计信息集合。
• RPANDA公司可以计算拉普拉斯谱相关统计。
• 皮坎特可以计算社区级别的汇总统计信息，如mpd、mntd和psv。
• 树中心度受网络科学启发，可以计算多个统计数据。

R中的植树

系统发育推断

• 潘戈恩可以使用距离（例如UPGMA）、简约性和似然来估计树。
• 树搜索使用Brazeau等人（2019年）对不适用数据的校正，可以识别简约下的大多数简约树，并包括用于详细分析结果的图形用户界面。
• 藻簇can聚类序列。
• 植物醇可以使用MRP超树估计和最小二乘法构建树。
• 藻纲可以在其他软件中构建用于分析的超大规模。
• EvoPhylo公司可用于执行贝叶斯系统发育分析的自动形态特征划分贝叶斯先生和野兽2它还可用于分析此类分析的宏观进化参数输出。
• 快车道可用于计算距离、构建系统发育树或在VCF或FASTA文件的样本之间执行层次聚类。
• rphenoscate公司通过构建正式的字符层次结构和相应的速率矩阵，有助于分析“不适用”字符，例如依赖于父性状的形态字符（Tarasov 2023）。

发散时间

• 猿实施非参数率平滑（NPRS）和惩罚似然。
• 盖革可以进行合并以拉伸源树以匹配指定的标准树。
• 包壳的从化石记录中生成经验校准信息。
• 树栖动物实现各种时钟模型、评估置信度的方法和检测异常值。
• 潘戈恩可以直接从序列中用严格的时钟模型推断超广度和最新的系统发育。
• 业务流程再造从程序中校准系统发育BPP公司。教程位于https://dosreislab.github.io/2018/08/31/bppr.html
• mcmc3r公司使用套件中的MCMCtree计算发散时间估计中的边际似然PAML公司它还计算了用于边缘似然计算中误差估计的块引导。

树模拟

• 树图像可以使用具有各种约束的恒速出生-死亡来模拟树。
• 植物醇可以在连续和离散时间内模拟具有各种约束的出生-死亡树。
• 盖革可以用来模拟树的出生-死亡过程。
• 尽职调查可用于模拟依赖于多样性的多样化过程中的树木。
• 古树可以模拟化石沉积、取样、由此产生的树木以及以观察到的化石分类群为条件的树木。
• 化石模拟人可以用于在保存和采样的机械模型下模拟现有系统发育树上的化石数据。
• TESS公司可以模拟具有与时间相关的物种形成和/或灭绝速率的树木，包括大规模灭绝。
• 古巴迪提供了一个灵活的界面来模拟各种用户定义的多元化动态，包括环境依赖性。
• 模拟时钟在放松时钟模型几何布朗运动（相关速率）和独立对数正态速率下，模拟具有每个站点替换次数的分支长度的树。

系统发育比较方法

祖先国家重建

• 哎哟可用于在布朗运动或奥恩斯坦-乌伦贝克模型下重建根祖先特征状态，但内部节点的祖先状态不是。
• 马尔基罗可以使用模型拟合一组广泛的离散字符类型，这些模型可以包含约束替换率、跨站点的速率分区、分支特定速率、采样偏差和非平稳根概率。
• 植物醇可以在多种模型下对连续和离散性状进行祖先性状估计，包括进化数量遗传学的阈值模型以及随机性状映射。
• Rphylopars公司可以对每个物种具有多个观测值和/或缺失数据的数据集执行祖先状态重建。
• 树搜索可以在简约的情况下执行字符映射，并允许不适用的数据。
• 脚轮可以用于在非常大的树上重建连续或离散的字符。

性状进化

• 猿,皮坎特，或跳跃可用于计算连续字符的独立对比度。跳跃还实现了brunch和crunch算法。
• 盖革可用于对离散性状进化进行分析，包括不相等速率或给定时刻速率变化的模型，以及Pagel变换。
• 植物醇可以用于拟合离散和连续字符演化的多个模型。例如，植物醇适用于具有或不具有速率异质性的布朗模型，速率异质性被指定为用户固定的或根据数据本身估计的状态。植物醇也可以用于拟合一系列离散字符演化模型，例如扩展的Mk个模型，一个异质Mk个具有制度变迁的模型、多态性状进化模型、隐藏率模型、阈值模型等。
• 盖革,古树、和摩托车可用于拟合布朗运动模型。
• 罗尼可以拟合多速率布朗运动模型。
• 盖革和OUwie公司可以用来研究布朗运动的偏差。
• mvMORPH公司可以拟合布朗运动、早期爆发、ACDC、OU，并将模型转换为单变量或多变量数据。
• 考菲使用柯西过程建立性状分布模型。
• 盖革,摩托车,哎哟,表面、和OUwie公司可用于适应Ornstein-Uhlenbeck（OU）模型。哎哟可以用多种方法实现模型，表面可以使用逐步AIC以多种方式实现模型，以及OUwie公司可以使用多种方法、速率和吸引力值实现模型。另请参见扩展曲面它结合了表面和OUwie公司.
• 摩托车可用于拟合在特定时间改变速率或模式的连续模型。
• Rphylopars公司可以用于将诸如上文所述的连续模型拟合到每个物种具有多个观测值和/或缺失数据的数据集。
• 盖革在系统发育背景下实现ANOVA和MANOVA。
• 猿,PHYLOGR公司,跳跃、和摩托车实施传统的GLS方法（sense Grafen或Martins）。
• 猿可用于计算系统发育自回归（sense Cheverud等人）。
• 猿和阿德菲罗可用于计算系统发育自相关（Moran’s I）。
• MCMCglmm公司可以使用GLMM评估性状之间的相关性。
• 类毒素可以使用快速算法拟合系统发育线性回归和系统发育logistic回归模型，使其适用于大树。
• 业务风险管理系统可以检测连续和离散性状之间的相关性，并可以对每个物种进行多次测量。
• metafor公司可以对系统发育结构进行meta分析。
• 项目管理委员会评估几个特征模型的模型充分性（来自盖革和哎哟)使用蒙特卡罗方法。
• 菲雷格实现了Grafen（1989）的系统发育回归。
• 地貌可以在系统发育背景下进行几何形态分析。
• 显示（dispRity）可用于通过时间计算差异并执行其他与差异相关的分析。
• MPSEM公司利用系统发育特征向量图，可以根据相关物种的信息预测一个物种的特征。
• 对流的和windex公司两者都可以在系统发育上测试聚合进化。
• 克拉迪斯可用于从离散特征数据和系统发育树上的进化速度中测量形态多样性。

特性模拟

• 哎哟,盖革,猿,皮坎特,OUwie公司,跳跃、和植物醇可以使用布朗运动模拟连续特征。
• 哎哟和OUwie公司可以使用Hansen模型（OU的一种形式）模拟连续性状。
• 盖革可以使用特殊模型模拟连续性状，可以使用连续时间马尔可夫模型（包括速率随时间变化的模型）模拟离散性状。
• 潘戈恩可以模拟DNA或氨基酸。
• 植物醇可以模拟多个模型下的离散特征进化。
• 类毒素可以沿树模拟连续或二进制特征。
• Rphylopars公司可以模拟缺少观测值的数据。
• 塞西可用于模拟具有多状态观察特征和隐藏特征的多样化模型。

多元化分析

• 猿和植物醇当你只有现存物种时（sense Nee et al.1994），可以适用于一个简单的出生-死亡模型，生存模型，以及优缺点测试（适用于测试多样化模型）。
• TESS公司可以计算树在具有时间依赖性变化（包括大规模灭绝）的模型下的可能性。
• 盖革可以计算净多样化率（sense Magellon和Sanderson）。
• 杂色树实施了BiSSE方法（Maddison等人，1997年）和后来的改进（FitzJohn等人，2009年）。
• 嘶嘶声实施各种隐藏状态多元化模型，包括HiSSE（Beaulieu和O'Meara 2016）、GeoHiSSE、MuHiSSE和MiSSE（Nakov等人2019）。
• 跳跃可以进行macrocaic测试来评估一个性状对多样性的影响。
• 尽职调查基于依赖多样性的出生-死亡过程实施最大似然方法，以测试物种形成或灭绝是否依赖多样性，并识别关键创新并模拟依赖密度的过程。
• PBD公司可以计算树在长期物种形成模型下的可能性。
• phyloTop公司具有调查树木形状的功能，具有与传染病树木相关的特殊功能和数据集。
• RPANDA公司可以用于将各种多样性模型拟合到系统发育中，包括时间依赖和环境依赖模型。
• 皮坎特可用于计算各种进化差异性度量，包括“等分”（ES）度量。
• 脚轮可用于估计树木的可识别多样化率参数（例如，物种形成的拉动率）。
• 塞西可用于拟合具有多状态观察特征和隐藏特征的多元化模型。
• 植物醇可以计算和可视化沿袭时间（LTT）图，并计算Pybus和Harvey（2000）的伽马统计。
• 蟹具有探索一致的系统发育出生-死亡模型的工具（参见Louca和Pennell 2020）。

特定领域的系统发育学

形态计量学

• 地貌和RRPP公司可用于评估多变量表型的进化趋势。可用的方法包括系统发育线性模型（系统发育方差分析/回归等）、系统发育偏最小二乘法、表型进化速率比较、系统发育整合和系统发育模块化。此外，排序方法包括系统发育PCA和系统发育对齐成分分析（PACA）。
• mcmc3r公司使用矩阵收缩去除纵向相关性，以估计Brownnian运动下的分支长度，最后从集合中估计MCMCtree中的发散时间PAML公司。有关详细教程，请访问https://github.com/sabifo4/morpho.

时间序列与古生物学

• 古TS可以使用基于likelihood的框架来分析古生物时间序列数据，以拟合和比较物种进化模型（使用模型测试方法）（基于随机游走或停滞模型）。
• 带子可以对系统发育树进行地层分析。
• 联邦国防军可用于从系统发育树和化石发生数据中估计多样性比率。
• R为通用时间序列建模提供了大量其他选项，其中许多选项列在时间序列任务视图。

群落与微生物生态学

• 皮坎特,素食主义者,SYNCSA公司,藻纲,PCPS公司,跳跃,潮湿的、和门区域将几种用于使用系统发育学和社区生态学的工具集成在一起。
• HMP树和GUniFrac公司提供比较微生物群落的工具。
• 分开允许计算成对差异（距离矩阵）和多重差异，分离分类（基于发生率和丰度）、功能和系统发育β多样性的周转和嵌套相关成分。
• 风区延伸分开以允许稀疏的社区矩阵，从而允许更大的数据集。
• 无线电测速仪可以计算生物多样性的各种指数，包括物种、功能和系统发育多样性，以及α、β和γ多样性。
• 熵（entropart）可以基于Tsallis熵测量和划分多样性，并计算α、β和γ多样性。
• 元码器提供了处理大型分类数据集的功能，如现代高通量测序生成的数据集，如元条码。
• 品学兼优提供了一组类和工具，以便于微生物种群普查数据的导入、存储、分析和图形显示。

物理气候建模

• 藻菌素集成了几个用于气候模拟的工具。

系统地理学和生物地理学

• 杂色树基于两个区域实施GeoSSE方法进行多样化分析。
• Herodotools公司可用于进行各种生物地理学宏观进化分析，包括探索空间生物多样性模式、进行祖先区域重建和进行进化区域分类。
• 电子产品管理（EcoPhyloMapper）可用于计算地理上的各种形态和系统发育群落指标。
• 生物地理熊允许对历史生物地理学（系统发育上的祖先地理范围）以及不同范围进化模型的比较进行概率推断。

流行病学

请参阅流行病学task视图，获取有关对流行病学有用的软件包的详细信息，包括系统发育流行病学。

组学

• 阿菲罗实现了一个简约的进化模型来分析和预测系统发育树中的基因功能注释。
• 加兰戈可用于搜索与定量/秩变量关联的注释术语（例如，Pfam ID、GO术语或超家族）。
• TreeExp公司可用于在系统发育背景下对基因表达进行比较分析。
• 完全性R（已存档）可以构建完美的系统发育（递归划分序列的根二叉树），以深入了解序列数据的祖先模式。
• 请参阅组学任务视图，了解有关其他有用包的详细信息。

基因树-物种树和物种定界

• 拆分使用基因树来推断基于GMYC（广义混合Yule凝聚）的物种极限。
• 第2C2M.GMYC页可以识别GMYC模型下的模型冲突。
• 业务流程再造可以使用BPP公司。教程位于https://dosreislab.github.io/2018/08/31/bppr.html.

其他有用的软件包和杂项

分类学

• 征税可以与一组web API交互以执行分类任务，例如验证物种名称、获取分类层次结构和验证名称拼写。
• 进化风险包含在更高分类级别生成树的功能，从NCBI或ITIS下载分类树，以及各种其他功能（模拟字符进化、计算D-统计信息等）。

与其他项目的互动

• 猿可以呼叫PhyML（物理建模语言）,Clustal公司,T-Coffee咖啡、和肌肉通过各种功能。
• 盖革可以通过其congruify函数调用PATHd8。
• IP地址包装了多个系统发育软件，用于序列比对、序列比对掩蔽、系统发育和祖先特征状态估计，包括MrBayes、Beast、，RAxML公司,分区查找器、和MAFFT公司允许在R中轻松使用。
• 动物搅拌器可以呼叫信标2进行系统发育分析，更漂亮的可以为BEAST2生成XML输入文件（例如BEAUti公司)、和追踪者可用于解析和分析BEAST2输出文件（如示踪剂).动物搅拌器是所有这些包的包装器。
• Rphylip公司包裹菲律宾，各种各样的程序，用于在简约、似然和距离、引导、字符进化等条件下进行树推理。
• BoSSA公司可以使用各种工具中的信息将查询序列放置到引用树中。
• BAMMtools公司是BAMM程序的接口，可实现利率变化的可视化、多样化模型的比较和其他功能。
• 重新详细说明可用于与RevBayes公司从R内，同时Rev小工具可用于处理RevBayes生成的输出。
• 业务流程再造可以使用BPP公司。教程位于https://dosreislab.github.io/2018/08/31/bppr.html
• mcmc3r公司可以使用套件中的MCMCtree准备控制文件以执行发散时间估计PAML公司它还生成phylip格式的形态比对，以便在MCMCtree的散度时间估计中使用连续特征模型。

工具书类

• Beaulieu，J.M.和O'Meara，B.C.，2016年。在依赖物种形成和灭绝的模型中检测隐藏的多样性变化。系统生物学，65（4）：583-601。doi:10.1093/sysbio/syw022.
• Borregaard，M.K.、Rahbek，C.、Fjeldsaa，J.、Parra，J.L.、Whittaker，R.J.和Graham，C.H.，2014年。物种分布的基于节点的分析。生态学与进化方法5（11）：1225-1235。doi:10.1111/2041-210X.12283.
• Brazeau，M.D.，Guillerme，T.和Smith，M.R.2019年。一种利用不适用数据进行形态学系统发育分析的算法。系统生物学，68:619-631。doi:10.1093/sysbio/syy083.
• Butler M.A.，King A.A.2004系统发育比较分析：适应性进化的建模方法。美国自然主义者164，683-695。doi:10.1086/426002.
• Caetano，D.S.、B.C.O'Meara和J.M.Beaulieu。2018年。隐藏状态模型改进了依赖于状态的多样化方法，包括生物地理模型。进化，72:2308-2324。数字对象标识代码：10.1111/evo.13602.
• Cheverud J.M.，Dow M.M.，Leutenger W.1985比较分析中系统发育限制的定量评估：灵长类动物体重的性别二型性。《进化论》第39卷，1335-1351页。doi:10.1111/j.1558-5646.1985.tb05699.x.
• FitzJohn R.G.、Maddison W.P.和Otto S.P.，2009年。从不完全解析的系统发育中估计依赖于拖尾的物种形成和灭绝率。系统生物学58:595-611。doi:10.1093/sysbio/syp067.
• Garland T.，Harvey P.H.，Ives A.R.1992使用系统发育独立对比分析比较数据的程序。系统生物学41，18-32。doi:10.1093/sysbio/41.18.
• Hansen T.F.1997年。稳定选择和适应的比较分析。进化51:1341-1351。doi:10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x.
• Louca，S.和Pennell，M.W.2020年。现存的时间树与无数的多样化历史相一致。《自然》，580（7804），502-505。doi:10.1038/s41586-020-2176-1.
• Maddison W.P.、Midford P.E.和Otto S.P.，2007年。估计二进制字符对物种形成和灭绝的影响。系统生物学56:701-710。网址：10.1080/10635150701607033.
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• Moore，B.R.，Chan，K.M.A.，Donoghue，M.J.（2004）《检测超级树中的多样化率变化》。在Bininda-Emonds ORP（ed）《系统发生超级树：结合信息揭示生命之树》中，Kluwer Academic第487-533页。doi:10.1007/978-1-4020-2330-9_23.
• Nakov，T.、Beaulieu，J.M.和Alverson，A.J.2019年。与海洋环境相比，硅藻在淡水中的多样性和周转速度更快。进化，73:2497-2511。doi:10.1111/evo.13832.
• Nee S.，May R.M.，Harvey P.H.1994年。重建的进化过程。伦敦皇家学会哲学学报B辑生物科学344:305-311。doi:10.1098/rstb.1994.0068.
• Pagel M.1999年。推断生物进化的历史模式。自然401877-884。数字对象标识代码：10.1038/44766.
• Pybus O.G.，Harvey P.H.2000。使用不完全分子系统发育测试宏观进化模型。伦敦皇家学会学报B辑生物科学267，2267-2272。doi:10.1098/rspb.2001.1278.
• Tarasov，S.2023。不适用形态特征的新系统发育马尔可夫模型。系统生物学，syad005。doi:10.1093/sysbio/syad005.

CRAN包

其他资源

• CRAN任务视图：流行病学
• CRAN任务视图：组学
• CRAN任务视图：时间序列
• 生物导体包装：快车道
• 生物导体包装：ggtree公司
• 生物导体包装：ggtree额外
• 生物导体包装：品学兼优
• 生物导体包装：树
• R-Forge项目：古植物学
• R-Forge项目：拆分
• GitHub项目：生物地理熊
• GitHub项目：业务流程再造
• GitHub项目：考菲
• GitHub项目：包被
• GitHub项目：扩展曲面
• GitHub项目：联邦国防军
• GitHub项目：Herodotools公司
• GitHub项目：mcmc3r公司
• GitHub项目：第2C2M.GMYC页
• GitHub项目：罗尼
• GitHub项目：rphenoscate公司
• GitHub项目：Rphylip公司
• GitHub项目：模拟时钟
• GitHub项目：树中心度
• GitHub项目：TreeExp公司
• GitHub项目：毒蛇