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西卡西尼亚®分子疫学解析POT配件(绿脓菌用)

s_pot_pseudo_title.jpg

绿脓菌Pseudomonas aeruginosa)是自然环境中具有代表性的常在菌的一种。
在医疗关联感染中,对主要的抗生素广泛地获得了耐性的多药耐性绿脓菌
(Multiple-Drug-ResistantPseudomonas aeruginosa:MDRP)是问题。
由藤田医科大学的铃木匡弘老师和金泽医科大学的饭沼由嗣老师们开发的PCR-based
ORF Typing(POT法)利用多路复用PCR放大绿脓菌中的多个特定基因领域
解析通过阿加洛斯电泳放大的带状图案,比较菌体间的同性方法。

*参考:厚生劳动省科学研究费补助金新型流行性感冒等新兴・再兴感染症研究事业、新型药剂耐性菌関研究平成23年度总结・分担研究报告书、研究代表者荒川宜亲

特点

●约4小时可以进行分子疫学解析
●和脉冲场凝胶电泳(PFGE)不同,可以用通用机器进行测量
●通过将分析结果设定为数值化(POT值),可以比较菌体间的相同性
●具有与PFGE和Multilocus Sequence typing(MLST)相同的识别能力。

配套元件配置

 单独名称容量数量
试剂A AptaTaq DNA Master(5×Conc.)* 500μL 一瓶
试剂B PCR附录 500μL 一瓶
试剂C 主混合α 250μL 一瓶
试剂D 初级混合β 250μL 一瓶
试剂E 积极控制 250μL 一瓶
试剂F 6×加载缓冲器(BPB·XC) 500μL 一瓶

*AptaTaq DNA Master(5×Conc.)是Roche Diagnostics K.K.的商品。

操作程序

单离(培养)绿脓菌
进行DNA抽出,调制模板DNA
2种多路复用PCR
阿加洛斯凝胶电泳
读取带图案
计算POT值
各检体POT值的比较分析

分析方法

s_pot_pseudo_photo1.jpg
电泳模式

50:50 bp DNA拉达
P:积极控制
1:ATCC®27853
2:ATCC®35554
3:PAO1
4:IMP阳性临床分离股
5:VIM阳性临床分离股
6:临床分离股
7,8:集体感染事例1得临床分离株
9,10:集体感染事例2得临床分离株
游泳条件是4%阿加里斯KANTO HC(0.5×TBE缓冲液),使用电泳装置,120 V 50分钟。
用25孔的焦急,3μL应用样品游泳了。

检测ORF的种类(目标区域)及其PCR放大产物尺寸

 POT No.放大尺寸(bp)目标区域

拉丁堡
mixture 1
PCR PC 五十六 P.aeruginosapositive control
POT 1-1 336 Genomic Islet-1
POT 1-2 281 Genomic Islet-2
POT 1-3 235 Genomic Islet-3
POT 1-4 201 Genomic Islet-4
POT 1-5 175 Genomic Islet-5
POT 2-1 151 VIM
POT 2-2 126 代理商-1
POT 2-3 103 简档-2
POT 2-4 85 代理商-3
拉丁堡
mixture 2
PCR PC 五十六 P.aeruginosapositive control
POT 1-6 324 Genomic Islet-6
POT 1-7 271 Genomic Islet-7
POT 1-8 238 Genomic Islet-8
POT 1-9 204 Genomic Islet-9
POT 1-10 176 Genomic Islet-10
POT 2-5 一百五十 代理商-4
POT 2-6 124 代理商-5
POT 2-7 105 IMP

PCR PC指的是用于检测绿脓菌的PCR积极控制。
①从2个多路复用PCR的电泳结果读取带图形。
②使用这个电泳带的有无的结果,在POT值解析用excelset里二进制输入,算出2个类别的POT值。
如果PCR PC是阳性的话,那个检体可以确认是绿脓菌。
另外,在MDRP的情况下,POT 2的值的合计为64以上或奇数。
此外,通过比较验体间的POT值,可以客观地推测出菌体间的相同性。
从集体感染中得到的菌体,POT 1~2的POT值全部相同。


分类,分类
样品编号
12345678910
POT 1 636 572 382 646 207 887 410 410 646 646
POT 2 48 58 0 9 122 6 8 8 8 8

产品一览

产品编号 产品名称 保存温度 规格 包装 价格
08178-96 ジャジューアージューR DNA抽出试剂
Cica geneusR DNA extraction reagent
冷藏 分子生物学用 1pack(120次分) ¥22,000
08187-96 新鲜拉丝R分子疫学分析POT油(绿脓菌用)
Cica geneusR Pseudo POT kit
冷冻 分子生物学用 1pack(50次分) ¥64,000

本套装从爱知县得到专利许可,制造销售着。
关于其他厂家的商品的许可证和专利,请向各厂家确认。

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分离培养地
产品编号 产品名称 保存温度 包装 价格
72108 橄榄油+MDRP脂质培养地
CHROMagarTM MDRP medium
冷藏 十张 ¥3,500

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・购买试剂和使用试剂时

小册子,小册子

西卡西尼亚®分子疫学解析POT配件(绿脓菌用)(1,909KB)

使用说明书

分子疫学解析POT配件(绿脓菌用)(971KB)

计算表(ZIP文件、Excel)

用于解析POT值的Excel表(ZIP文件,522KB)

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