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鹿吉尼斯®分子流行病学分析POT套装(绿脓菌用)

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绿脓菌(Pseudomonas aeruginosa)是自然环境中存在的代表性的常在菌的一种。
在医疗相关感染中,对主要抗生素广泛获得抗药性的多药抗药性绿脓菌
(Multiple-Drug-ResistantPseudomonas aeruginosa:MDRP)成为问题。
由藤田医科大学的铃木匡弘老师和金泽医科大学的饭沼由嗣老师等人开发的PCR-based
ORF Typing(POT法)使用多Prex PCR放大绿脓菌中的多个特定基因区域
然后,分析通过电泳放大的带图案,比较菌体之间的同性。

*参考:厚生劳动省科学研究费补助金新型流感等新兴・再兴感染症研究事业、新型耐药性菌相关研究平成23年度总结・分担研究报告书、研究代表者荒川宜亲

特长

●约4小时内可以进行分子流行病学分析
●与脉冲场凝胶电泳(PFGE)不同,可通过通用设备进行测量
●通过将分析结果数值化(POT值),可以比较菌体之间的同性
●和PFGE、Multiclocus Sequence typing(MLS)具有同等的识别能力。

配套元件构成

 个别名称容量数量
试剂A AptaTaq DNA Master(5×Conc.)* 500 μL 一枝
试剂B PCR辅助食品 500 μL 一枝
试剂C 标准混合α 250 μL 一枝
试剂D 标准混合β 250 μL 一枝
试剂E 积极控制 250 μL 一枝
试剂F 6×负载缓冲存储器(BPB・XC) 500 μL 一枝

*AptaTaq DNA Master(5×Conc.)是Roche Diagnostics K.K.的商品。

操作步骤

隔离(培养)绿脓菌
进行DNA提取,制备模板DNA
两种多功能PCR
阿加索凝胶电泳
读取带图案
POT值的计算
各样品POT值的比较分析

分析方法

s_pot_pseudo_photo1.jpg
电泳模式

50:50bp DNA拉达
P:积极控制
1:ATCC®27853
2:ATCC®35554
3:PAO1
4:IMP阳性临床分离股
5:VIM阳性临床分离股
6:临床分离股
7,8:从集体感染事例1得到的临床分离股
9,10:集体感染事例2得到的临床分离股
游泳条件是4%的外脊KANTO HC(0.5×TBE缓冲液),使用电泳装置,120V为50分钟。
使用25个孔的梳子,3μL的样品进行了游泳。

检测ORF的种类(目标区域)及其PCR放大产品尺寸

 POT No.放大尺寸(bp)目标区域

Reaction
mixture 1
PCR PC 506 P. aeruginosapositive control
POT 1-1 336 Genomic Islet-1
POT 1-2 281 Genomic Islet-2
POT 1-3 235 Genomic Islet-3
POT 1-4 201 Genomic Islet-4
POT 1-5 175 Genomic Islet-5
POT 2-1 151 VIM
POT 2-2 126 职业父亲-1
POT 2-3 103 职业父亲-2
POT 2-4 85 职业父亲-3
Reaction
mixture 2
PCR PC 506 P. aeruginosapositive control
POT 1-6 324 Genomic Islet-6
POT 1-7 271 Genomic Islet-7
POT 1-8 238 Genomic Islet-8
POT 1-9 204 Genomic Islet-9
POT 1-10 176 Genomic Islet-10
POT 2-5 150 职业父亲-4
POT 2-6 124 职业父亲-5
POT 2-7 105 IMP

PCR PC是绿脓菌检测用PCR的积极控制。
①从两个多应用PCR的电泳结果中读取带图案。
②使用该电泳带的有无结果,用二进制输入POT值解析用Excel表,计算两个类别的POT值。
i)PCR PC为阳性时,可以确认该样品为绿脓菌。
另外,MDRP的情况下,POT2的值合计为64以上或奇数。
ii)通过比较样品间的POT值,可以客观地推测菌体之间的同性。
ⅲ)从集体感染中得到的菌体,POT1~2的POT值全部相同。


分类
样本编号
12345678910
POT 1 636 572 382 646 207 887 410 410 646 646
POT 2 48 58 0 9 122 6 8 8 8 8

产品一览表

产品编号 产品名称 保存温度 规格 包装 价格
08178-96 传感器R DNA提取试剂
Cica geneusR DNA extraction reagent
冷藏 分子生物学用 1pack(120次) ¥22,000
08187-96 系统R分子流行病学分析POT脚注(绿脓菌用)
Cica geneusR Pseudo POT kit
冷冻 分子生物学用 1pack(50次) ¥64,000

本套装得到爱知县的专利许可,正在制造销售。
关于其他厂家的商品的许可证和专利,请向各厂家确认。

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Cica geneusR AmpC Genotype detection kit
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08158-96 传感器传感器R套管平底板Manefic遗传基因型检测脚轮2
Cica geneusR Carbapenemase Genotype detection kit 2
冷冻 分子生物学用 1pack(30次) ¥42,000
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Cica geneusR E.coli POT kit
冷冻 分子生物学用 1pack(30次) ¥42,000
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Cica geneusR ESBL Genotype Detection KIT2
冷冻 分子生物学用 1pack(30次) ¥42,000
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分离培养基。
产品编号 产品名称 保存温度 包装 价格
72108 天窗MDRP平台培养地
CHROMagarTM MDRP medium
冷藏 十张 ¥3,500

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小册子

鹿吉尼亚斯®分子流行病学分析POT套装(绿脓菌用)

使用说明书

鹿吉尼斯®分子流行病学分析POT套装(绿脓菌用)

计算表(ZIP文件、Excel)

POT值解析用excel表(ZIP文件,522KB)

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