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.1997年9月1日;25(17):3389-402.
doi:10.1093/nar/25.17.3389。

缺口BLAST和PSI-BLAST:新一代蛋白质数据库搜索程序

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审查

缺口BLAST和PSI-BLAST:新一代蛋白质数据库搜索程序

S F Altschul公司等。 核酸研究. .

摘要

BLAST程序是广泛使用的工具,用于搜索蛋白质和DNA数据库中的序列相似性。对于蛋白质比较,这里描述的各种定义、算法和统计改进允许BLAST程序的执行时间大大缩短,同时提高它们对弱相似性的敏感性。触发单词点击扩展的新标准,结合生成间隙对齐的新启发式,产生了一个间隙BLAST程序,其运行速度大约是原始程序的三倍。此外,还引入了一种方法,将BLAST产生的具有统计意义的比对自动组合到特定位置的得分矩阵中,并使用该矩阵搜索数据库。由此产生的特定位置迭代BLAST(PSI-BLAST)程序每次迭代的运行速度与间隙BLAST大致相同,但在许多情况下,对微弱但生物相关的序列相似性更为敏感。PSI-BLAST用于揭示BRCT超家族的几个新的有趣成员。

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类似文章

引用人

工具书类

    1. 分子生物学杂志。1989年6月20日;207(4):647-53-公共医学
    1. 分子生物学杂志。1994年3月4日;236(4):1067-78-公共医学
    1. 自然遗传学。1996年12月;14(4):430-40-公共医学
    1. 《核酸研究》1997年1月1日;25(1):31-6-公共医学
    1. 病毒学。1986年12月;155(2):418-33-公共医学

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