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.2000:29:291-325.
doi:10.1146/annurev.biophys.29.1.291。

基因和基因组的比较蛋白质结构建模

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基因和基因组的比较蛋白质结构建模

马蒂-雷诺姆等。 生物物理生物分子结构年鉴. 2000.

摘要

比较建模主要基于与一个或多个已知结构的蛋白质(模板)的比对来预测给定蛋白质序列(目标)的三维结构。预测过程包括褶皱赋值、目标模板对齐、模型构建和模型评估。由于已知蛋白质结构数量的增长和建模软件的改进,可以建模的蛋白质序列数量和预测的准确性正在稳步增加。在识别弱序列-结构相似性、将序列与结构对齐、刚体位移、变形、回路和侧链建模以及检测模型中的错误方面,需要取得进一步的进展。尽管存在这些问题,但目前有可能以有用的精确度对所有已知蛋白质序列中约三分之一的重要部分进行建模。在生物学中使用个体比较模型已经是有益的,并且越来越广泛。比较建模的一个主要新挑战是将其与基因组测序项目以及功能和结构基因组学的大量数据集成。特别是,需要开发适用于整个基因组的自动化、快速、稳健、敏感和准确的比较建模管道。基于其在家族、有机体或功能网络层次上的大量和完整性,这种大规模建模可能会鼓励对许多结果模型进行新类型的应用。

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