标签:轨道集线器

冠状病毒宿主基因调控元件现在由RefSeq功能元件注释

新冠肺炎大流行已引起人们对与SARS-CoV-2进入相关的人类宿主基因以及调控这些基因表达的因素的关注。在NCBI,我们优先考虑了对这些基因在RefSeq功能元素项目。 我们的注释包括一些增强子、启动子、顺调控元件和蛋白质结合位点等特征类型。 在最新的人类注释发布中,我们注释了27个不同生物区域的236个调控特征(109.20200522)包括ABO公司ACE2公司,ANPEP公司CD209型CLEC4G公司CLEC4M系列CTSL公司,DPP4(DPP4)、和TMPRSS2型 基因

您可以使用我们的新轨道枢纽我们最近宣布。您还可以看到生物区域和特征轨迹。这些都有功能性和描述性元数据,包括生物区域摘要、实验证据类型、出版物支持等。

图1中的例子显示了NCBI的基因组数据查看器(GDV)中ABO基因区域(GRCh38,NW_009646201.1:73864-103789)人类ABO血型的测定者。最近一项全基因组关联研究发现,非编码ABO变异与新型冠状病毒肺炎严重程度相关(PMID:32558485),映射到此区域中的某些RefSeq功能元素。显示GDV生物区的ABO区域图1。人类ABO基因区在NCBI GDV中显示RefSeq功能元素功能。生物区域聚集轨迹显示ABO上游增强子的潜在特征注释(LOC112637023号),启动子区(LOC112679202号),+5.8内含子1增强子(LOC112679198号),3′调控区(LOC112639999号)和a+36.0下游增强子(LOC112637025号).功能元件特征包括许多增强子、启动子、顺调控元件和蛋白质/转录因子结合位点。

我们在网站,包括数据下载和提取选项。请继续关注NCBI见解以及其他NCBI社交媒体,以便将来发布RefSeq Functional Elements!

dbVar临床和常见结构变体track hub现已上市

数据库变量,NCBI的大规模遗传变异数据库,有一个新的轨道枢纽用于在流行的基因组浏览器中查看和下载结构变异(SV)数据。初始跟踪包括临床和普通SV数据集。可以使用NCBI查看dbVar的新轨道中心基因组数据查看器通过“用户数据和跟踪中心”功能(图1)和其他基因组浏览器,从公共跟踪列表中选择“dbVar Hub”或指定以下URL。

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/dbVar/sandbox/dbvarhub/hub.txt

主支架双轴拨号

图1。在Genome Data Viewer中加载dbVar跟踪中心。浏览器左栏的Track Hubs功能允许您通过搜索或输入直接URL来添加曲目。您可以从Configure Track Hub(配置曲目中心)对话框中选择要加载的特定曲目,例如“NCBI管理的公共SV:所有人口”。 继续阅读“dbVar临床和常见结构变体轨道中心现已可用”

Genome Data Viewer中的批量跟踪中心设置

您现在可以访问的批量设置选项轨道枢纽在中基因组数据查看器(GDV)序列查看器。这些设置允许您从所选的曲目中心选取加载到查看器中的默认曲目。您可以通过单击Configure track Hubs对话框中轨迹分组右端的折叠菜单或“汉堡包”图标(水平条堆栈)来访问的批量选项菜单(图1)。Bulk_设置图1。GDV中的“配置轨道集线器”对话框。您可以通过单击轨迹分组右侧的汉堡图标来激活已连接轨迹中心的批量设置菜单。单击“选择默认轨迹”将检查该组中的所有轨迹,“平滑”PhyloCSF公司在这种情况下。  继续阅读“Genome Data Viewer中的批量跟踪中心设置”