GNU宽松通用公共许可证，LGPL-3

此软件包为CoreArray Genomic Data Structure（GDS）数据文件提供了一个高级R接口，这些数据文件可以跨平台移植，具有层次结构，以存储多个具有元数据信息的可扩展的面向阵列的数据集。它适用于大规模数据集，尤其是远大于可用随机访问内存的数据。gdsfmt包提供了专门为小于8位的整数设计的高效操作，因为二倍体基因型，如单核苷酸多态性（SNP），通常占用的位少于一个字节。数据压缩和解压缩可以通过相对高效的随机访问实现。还允许与包并行支持的多个R进程并行读取GDS文件。

发行版本：v1.38.1

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/gdsfmt.html

帮助文档

新闻

http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/gdsfmt/inst/doc/gdsfmd.html

Zheng X、Levine D、Shen J、Gogarten SM、Laurie C、Weir BS（2012）。用于SNP数据的相关性和主成分分析的高性能计算工具集。生物信息学.内政部：10.1093/bioinformatics/bts606.

Zheng X、Gogarten S、Lawrence M、Stilp A、Conomos M、Weir BS、Laurie C、Levine D（2017）。SeqArray——用于WGS变量调用的高效存储高性能数据格式。生物信息学.DOI:10.1093/bioinformatics/btx145.

郑秀文博士(zhengxwen@gmail.com)

https://bioconductor.org/packages/gdsfmt

https://github.com/zhengxwen/gdsfmt

• 生物导体储存库：

如果(！requireNamespace（必需命名空间）("生物技术经理",安静地=真的))安装.包("生物技术经理")生物技术经理::安装("gdsfmt公司")

• Github的开发版本（仅适用于开发人员/测试人员）：

图书馆("开发工具")安装github("郑克文/gdsfmt")

这个安装github（）该方法要求您从源代码构建，即。制作和编译器必须安装在您的系统上--请参阅R常见问题适用于您的操作系统；您可能还需要手动安装依赖项。

• CoreArray C++库，LGPL-3许可证，2007-2021，郑秀文
• zlib，zlib许可证，1995-2017，Jean-loup Gailly和Mark Adler
• LZ4，BSD 2语言许可证，2011-2019，Yann Collet
• liblzma，公共领域，2005-2018，Lasse Collin和其他xz贡献者
• 自述文件

在R环境中，

安装.包("获得选择权",回购="http://cran.r-project.org")安装程序包("optparse（操作程序）",回购="http://cran.r-project.org")安装.包("蜡笔",回购="http://cran.r-project.org")如果(！requireNamespace（必需命名空间）("生物技术经理",安静地=真的))安装.包("生物技术经理")生物技术经理::安装("gdsfmt公司")

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视图gds是用R编写的shell脚本(viewgds（视图）。R（右）)，以查看GDS文件的内容。R包gdsfmt公司,获得选择权和optparse（操作程序）应在运行前安装视图gds、和包蜡笔是可选的。

用法：viewgds[options]file

使用命令行进行安装，

卷曲-Lhttps://raw.githubusercontent.com/zhengxwen/Documents/master/Program/viewgds.R>视图gdschmod+x视图##或者wget-qO---无检查证书https://raw.githubusercontent.com/zhengxwen/Documents/master/Program/viewgds.R>视图gdschmod+x视图

diffgds（差异）是用R编写的shell脚本(差异gds。R（右）)，比较两个文件GDS文件。R包gdsfmt公司,获得选择权和optparse（操作程序）应在运行前安装diffgds（差异）.

用法：diffgds[options]file1 file2

使用命令行安装，

卷曲-Lhttps://raw.githubusercontent.com/zhengxwen/Documents/master/Program/diffgds.R>diffgds（差异）chmod+x差异##或者wget-qO--无证书https://raw.githubusercontent.com/zhengxwen/Documents/master/Program/diffgds.R>diffgds（差异）chmod+x差异

图书馆(gdsfmt公司)#创建GDS文件
（f） <-创建fn.gds("测试.gds")添加gdsn(（f）,"整数",val值=1:10000)添加.gdsn(（f）,"双重的",val值=序列号(1,1000,0.4))添加gdsn(（f）,"性格",val值=c（c）("整数","双重的","符合逻辑的","因素"))添加gdsn(（f）,"符合逻辑的",瓦尔=代表（c）(真的,错误的,纳),50))添加gdsn(（f）,"因素",val值=as系数（c(纳,"AA公司","科科斯群岛")))添加gdsn(（f）,"位2",瓦尔=样品(0:三,1000,代替=真的),存储="位2")#列表和data.frame添加gdsn(（f）,"列表",val值=列表(X（X）=1:10,年=序列号(1,10,0.25)))添加gdsn(（f）,"数据帧",val值=数据帧(X（X）=1:19,年=序列号(1,10,0.5)))文件夹 <-添加文件夹.gdsn(（f）,"文件夹")添加gdsn(文件夹,"整数",val值=1:1000)添加gdsn(文件夹,"双重的",val值=序列号(1,100,0.4))#显示内容
（f）

#关闭GDS文件关闭fn.gds(（f）)

文件：test.gds（1.1K）+    [  ]|--+整数{整数32 10000，39.1K}|--+双精度{Float64 2498，19.5K}|--+字符{Str8 4，26B}|--+逻辑{Int32，逻辑150，600B}*|--+因子{Int32，因子3，12B}*|--+比特2｛比特2 1000、250B｝|--+列表[列表]*||--+X{整数32 10，40B}|\--+Y{浮点64 37，296B}|--+数据帧[数据帧]*||--+X{整数32 19，76B}|\-+Y｛浮动64 19、152B｝\--+文件夹[]|--+整数{整数32 1000，3.9K}\--+双{Float64 248，1.9K}

侏儒：核心阵列基因组数据结构（GDS）文件的Python接口

jugds.jl：核心阵列基因组数据结构（GDS）文件的Julia接口