加拿大
发布时间:通过弗朗西斯·柯林斯博士
大约10个月前的1月15日,一位旅行者拜访了中国武汉的家人,回到了西雅图地区。几天后,他开始感觉不舒服,成为美国第一例经实验室证实的2019年冠状病毒病(COVID-19)病例。其余的都是历史。
然而,杂志上发表了新的证据科学类这表明西海岸的第一例新冠肺炎病例并没有像滚雪球一样进入当前的疫情。相反,当华盛顿州公共卫生官员不懈努力并最终成功遏制其持续传播时,大约两周后,即2月初左右,新型冠状病毒通过另一个人传播。
新冠肺炎是由新型冠状病毒严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型引起的。去年冬天,研究人员对从返回西雅图的旅行者身上分离出的SARS-CoV-2的遗传物质进行了测序。虽然接触者追踪并没有发现这种被称为WA1的特殊病毒的任何传播,但当华盛顿州发现一种基因类似的病毒WA2时,问题就出现了。不久之后,类WA2病毒出现在加利福尼亚州;加拿大不列颠哥伦比亚省;最终在3000英里外的康涅狄格州。到3月中旬,WA2集群占了华盛顿州85%的绝大多数病例。
但WA2集群有可能是WA1的直接后代吗?WA1是否在数周内造成了未被注意的传播链,使西雅图成为北美疫情的中心?
为了回答这些问题和来自全球各地的其他问题,图森市亚利桑那大学的迈克尔·沃罗比和他的同事利用了多种信息来源。这些数据包括病毒基因组、航空客流和中国湖北省和其他地方的疾病发病率的数据,这些数据可能会影响受感染旅客将病毒传播到全球的可能性。根据所有证据,研究人员从1月15日开始,假设疫情始于WA1,在两个月的时间里,在计算机上模拟了疫情1000多次。而且,他们模拟的疫情没有一次与实际的基因组数据相匹配。
这些发现向研究人员表明,WA1这个想法对后来发生的所有事情负责是极不可能的。证据和模拟结果似乎也排除了华盛顿州最早病例经由加拿大进入美国的说法。对数据的深入研究表明,更可能的情况是,疫情是由一种或多种基因相似的病毒从中国引入西海岸引发的。虽然我们仍然不知道确切的地点,但西雅图地区是最有可能的地点,因为那里有大量WA2样病毒的样本。
沃罗贝的团队对欧洲的疫情进行了第二次分析,这些模拟结果与美国的情况类似。研究人员得出结论,欧洲第一例已知的新型冠状病毒肺炎病例于1月20日抵达德国,导致病例数量相对较少,随后通过积极的检测和接触者追踪工作将其消灭。那次小规模的早期疫情可能并没有引发意大利北部后来的疫情,最终蔓延到美国。
他们的研究结果还表明,与从中国直接传播到华盛顿州的疫情相比,从中国到意大利再到纽约市的传播链在2月份在东海岸引发的疫情稍晚。它证实西雅图疫情确实是第一次,比东海岸和加利福尼亚州的其他疫情都要早。
本报告中的发现再次提醒我们,在理解、,跟踪、和包含价差新冠肺炎疫情。他们还表明,当SARS-CoV-2首次进入美国和欧洲时,迅速果断的控制病毒的公共卫生措施发挥了作用,现在可以作为遏制的典范。
由于这一流行病在美国继续造成痛苦和死亡,从2020年初开始的这一历史性重建再次提醒我们,我们所有人都有机会和责任限制进一步传播。出门时戴上口罩;保持身体距离;经常洗手;不要聚集在风险最大的室内。这些经验教训将使我们能够更好地预测、预防和应对未来可能出现的新冠肺炎或任何其他新型病毒的进一步爆发。
参考:
[1]SARS-CoV-2在欧洲和北美的出现Worobey M、Pekar J、Larsen BB、Nelson MI、Hill V、Joy JB、Rambaut A、Suchard MA、Wertheim JO、Lemey P.Science。2020年9月10日:eabc8169[Epub提前印刷]
链接:
冠状病毒(COVID-19)(国家卫生研究院)
迈克尔·沃罗比(亚利桑那大学图森分校)
NIH支持:国家过敏和传染病研究所;福格蒂国际中心;国家医学图书馆
发布时间:新闻
标签:生物信息学,不列颠哥伦比亚省,加利福尼亚,加拿大,中国,社区传播,计算机模拟,康涅狄格州,接触追踪,冠状病毒,新型冠状病毒,基因组监测,基因组学,德国,湖北省,意大利,纽约市,新型冠状病毒,大流行,SARS-CoV-2型,西雅图,WA1公司,WA2公司,华盛顿州,武汉
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许多感染新型冠状病毒的人只有轻微的疾病,有时甚至没有任何症状。但其他人出现呼吸衰竭,需要氧气支持,甚至需要呼吸机帮助他们康复[1]。很明显,这种情况在男性身上发生的频率高于女性,在老年人或慢性病患者身上也会发生。但为什么呼吸衰竭有时也发生在年轻貌似健康的人身上?
一项新的研究表明,这个问题的部分答案可能存在于我们每个人携带的基因中[2]。虽然需要更多的研究来精确定位潜在的基因和机制全基因组关联)这项研究刚刚发表在新英格兰医学杂志研究发现,人类基因组中两个区域的基因变异与严重的新型冠状病毒肺炎相关,相应地,与新型冠状腺炎相关的死亡风险更大。
已知这两段DNA携带一些有趣的基因,包括决定血型的基因和在免疫系统中发挥各种作用的基因,这两段基因被认为具有感染新型冠状病毒的风险。事实上,研究结果表明,A型血患者如果感染新型冠状病毒,需要氧气支持或呼吸机的风险将增加50%。相比之下,O型血患者患严重新型冠状病毒肺炎的风险似乎降低了50%左右。
这些新发现首次从德国基尔市克里斯蒂安·阿尔布雷希特大学科学家安德烈·弗兰克(Andre Franke)和挪威奥斯陆大学医院的汤姆·卡尔森(Tom Karlsen)领导的一项大型研究中确定了具有统计学意义的新冠肺炎严重性易感基因。他们的研究包括1980名在意大利和西班牙的七个医疗中心接受严重新冠肺炎和呼吸衰竭治疗的患者。
为了寻找可能在严重疾病中起作用的基因变体,该团队分析了850多万名患者的基因组数据,即所谓的单核苷酸多态性(SNP)。在基因组中发现的这些单个“字母”核苷酸替换绝大多数都没有健康意义,但它们有助于确定基因变异的位置,这些变异更多地出现在与特定性状或条件相关的基因变异中,在本例中是与新冠肺炎相关的呼吸衰竭。为了找到它们,研究人员将重症新冠肺炎患者的SNP与来自相同人群的1200多名健康献血者的SNP进行了比较。
该分析确定了两个在严重新冠肺炎患者中比在健康人群中更常见的地方。其中一个位于第3染色体上,包含六个具有潜在相关功能的基因簇。例如,基因组的这一部分编码一种已知与之相互作用的转运蛋白血管紧张素转换酶2(ACE2)是一种表面受体,可使新型冠状病毒SARS-CoV-2与人类细胞结合并感染人类细胞。它还编码一系列趋化因子受体,在我们肺部气道的免疫反应中发挥作用。
另一个关联信号出现在9号染色体上,正好位于决定血型的基因组区域。你是否被归类为A、B、AB或O血型,取决于你的基因如何指示你的血细胞产生(或不产生)某种蛋白质。研究人员确实发现了血型与新冠肺炎风险之间的关系。他们指出,该区域还包括一个与白细胞介素-6水平升高相关的遗传变异,白细胞介素-6在炎症中起作用,也可能与新冠肺炎有关。
这些发现是在非常困难的临床条件下两个月内完成的,显然需要进一步研究以更全面地了解其含义。事实上,Franke、Karlsen和他们的许多同事都是新冠肺炎宿主遗传学倡议的一部分,该倡议是一项持续的国际合作努力,旨在了解新冠肺炎易感性、严重性和结局的遗传决定因素。一些NIH研究小组他们最近发起了一项研究,在美国和加拿大5000名新冠肺炎患者中寻找信息丰富的基因变异。
希望这些和其他尚未发现的结果将为更彻底地了解新型冠状病毒生物学指明方向。他们还建议,基因测试和一个人的血型可能为识别那些可能面临更大严重疾病风险的人提供有用的工具。
工具书类:
[1]中国2019年冠状病毒病疫情的特点和重要教训:72例报告摘要 中国疾病预防控制中心314例Wu Z、McGoogan JM等,2020年2月24日。[印刷前在线发布]
[2]严重新冠肺炎与呼吸衰竭的全基因组关联研究Ellinghaus D、Degenhardt F等。2020年6月17日。
链接:
新冠肺炎宿主遗传学倡议
安德烈·弗兰克(德国基尔大学Christian-Albrechts-University of Kiel)
汤姆·卡尔森(挪威里克什皮塔莱奥斯陆大学医院)
发布时间:新闻
标签:ACE2公司,血,血型,加拿大,趋化因子受体,新型冠状病毒,基因变体,基因,基因组,全基因组关联研究,基因组学,全球水资源系统,白细胞介素-6,免疫系统,白细胞介素-6,意大利,新型冠状病毒,氧气支架,大流行,呼吸衰竭,SARS-CoV-2型,严重新型冠状病毒肺炎,西班牙,敏感性,新冠肺炎宿主遗传学倡议,A型,O型,美国,通风机
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佩里·希斯塔德
学分:俄勒冈州州立大学汉娜·奥利里
大学毕业后,佩里·海斯塔德(Perry Hystad)去了印度,在游览几个大城市时,他注意到了汽车尾气、工厂烟雾和生物燃料炉灶的烟尘。当他看到周围城市的快速扩张时,海斯塔德记得当时在想:日复一日地吸入这种污染对这些人的健康有什么影响?
这个问题一直困扰着希斯塔德,他很快对环境健康产生了浓厚的兴趣。2013年,海斯塔德在他的祖国加拿大完成了博士学位,研究肺癌的环境风险因素[1,2,3]。现在,在国家卫生研究院院长早期独立奖的支持下,海斯塔德在俄勒冈州立大学科瓦利斯分校建立了自己的实验室,以进一步调查空气污染对健康的影响。最近的一项分析表明,空气污染每年可能导致全球数百万人死亡[4]。
发布时间:健康,科学类
标签:空气污染,空气质量,哮喘,孟加拉国,生物量,加拿大,心肺健康,清洁的空气,炊具,环境卫生,细颗粒物,化石燃料,全球卫生,印度,肺,NIH董事早期独立奖,纯净的,纯空气,呼吸道疾病,卫星技术,南非,可穿戴传感器